通过中华人民共和国特别军事法庭审判这些日本战犯是必然的，但是中国政府仍然在考虑审判的方式和时机。早在1948年11月12日，远东国际军事法庭对25名日本A级战犯日本进行宣判。
审判现场，威廉·韦伯（远东国际军事法庭庭长）作出宣判：
远东国际军事法庭现在将根据起诉书上的罪状，宣布对每一名被告的定罪裁决。战犯土肥原贤二、广田弘毅、板垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、东条英机，根据最终的判决，远东国际军事法庭判处你绞刑。
作为国民政府派出的代表，中国法官梅汝璈见证了这场长达两年半的世纪审判。东京审判闭庭4年后，梅汝璈作为新中国政府的特别顾问在北京开设了特殊的一堂课，内容是关于国际法庭审判程序、律师和检察官的职责等问题。王石林也参加了梅汝璈法官1953年的那次秘密授课。
2019年5月，摄制组前往山西太原拜访已年过九旬的王石林，他曾经全程参与侦讯日本战犯工作，退休前他在山西省人民检察院工作。
王石林（摄制组摄于中国山西太原）
王石林（山西省人民检察院原检察官）：
在北京真武庙学习，跟我们说任务是要参加侦讯日本战犯！中华人民共和国成立不久，来侦讯日本战犯，有一定的荣誉感。但是同时也有不同的想法，我们对日本战犯侵略中国、实行“三光”政策、烧杀掠夺恨之入骨。侦讯工作或是预审工作，如果存在个人情绪，就很难达到公正、公平，带有个人情绪，容易犯错误。所以这个工作，既神圣，又很重要。
1954年，王石林带着复杂的心情和其他近300名东北工作团成员抵达抚顺和太原两地的战犯管理所，他们的到来意味着新中国政府对日本战犯的侦讯调查工作正式开始。
王石林（山西省人民检察院原检察官）：
侦讯调查工作经过从对抗、不承认犯罪到对话再到认罪三个过程。侦讯过程中也遇到了一些困难，像富永顺太郎，中国话说得相当好。按规定我们必须经过翻译，他在翻译的过程中就有时间考虑如何对待。
短视频4：东北工作团成员王石林老人回忆当年艰辛的日本战犯侦讯工作
1954年3月，东北工作团到达抚顺战犯管理所10天后，东北工作团主任李甫山把所有的日本战犯召集在一起，向他们宣读中国政府的政策——坦白从宽，抗拒从严。
由于当时的学习，战犯们认识到日本军队在中国的行径就是侵略。在1954年3月对他们的要求是，写下他们每个人具体在中国都做了些什么。如果写下来，那就说明是个人的问题。当然如果写得越多，罪名可能就更重，这样就会受到处罚，就有可能再也回不了国，会被处死。（对于自己的行为）到底写什么，哪些不写，战犯们陷入纠结的情绪中，寝食难安，心情逐渐开始烦躁。对于自己做了什么一个字都不敢写，带着这种情绪，他们过了数天、数周。(www.xing528.com)
动员大会后不久的一天，一位名叫宫崎弘的三十九师团少尉走上抚顺战犯管理所的室外礼堂，他用4个小时的时间讲述自己在中国犯下的罪行。
石田隆至（日本明治学院大学国际和平研究所研究员）：
为了进行对少年兵的训练（服役一年），为了让他们锻炼胆量，让他们习惯杀人，就用中国的农民和俘虏做成活靶子，让少年兵用枪刀刺死他们。要说出这些内容并不容易，而宫崎在坦白自己的罪行后，告诉所有人自己会接受任何惩罚。
深受宫崎弘认罪的影响，高桥哲郎在管理所内也写下自己的认罪笔供。他写道：“1944年6月中旬，在一家房舍内喝止住一位年约35岁的农民，不问缘由便用斧头将他的头砍成两半，最后我就这样丢下他离开。”
高桥哲郎（已故抚顺战犯管理所日本战犯）：
随便抓一些无辜的村民当训练的靶子，这种现象在日本每个军队里随处可见，是日本军队进行训练的固定形式。
西尾克己（已故抚顺战犯管理所日本战犯）：
我的长官掏出手枪杀了其中一个人，一枪毙命。之后长官说：“西尾！那个人你来！”我从未开过枪，第一枪打在肚子上，第二枪打在脸上，把他杀了。即使现在午夜梦回时，依旧会浑身是汗地惊醒。
美利坚大学历史系教授贾斯汀·雅各布是研究中国近现代史的专家。在对日本侵华战争的研究过程中，他发现了许多记载当年这些日本战犯罪行的档案。
贾斯汀·雅各布（美利坚大学历史系教授）：
谈起日本战犯的所作所为会让你不寒而栗，他们会把孕妇的肚子切开，然后把胎儿取出来。他们中的一些人是医生，用活人做人体实验，切开他们的喉咙，血液喷得满地都是，最后再杀死他们。这都是一些难以想象的行径，通常只会发生在恐怖电影和最惊悚的噩梦中。
1954年的战犯管理所里，大部分尉级以下的军官相继认罪，两个多月的时间里，东北工作团共收到4 000多份材料，揭发14 000多条罪行。
在中国中央档案馆里保存着当年战犯的笔供，在藤田茂的笔供中，他曾这样描述自己到中国时所下的命令：“我对军队全体教官说，为使士兵习惯于战场，杀人是快的方法，其实就是练胆。对此，使用俘虏比较好，刺杀比枪杀有效。”
短视频5：抚顺战犯管理所内的日本战犯相继认罪
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