（一）指挥决策体系层次不畅
1.指挥决策机构的设置与行政机关日常管理体系存在冲突
在我国，指挥决策机构多属于以应急委员会和专项指挥部为中心的集中式应急指挥决策模式。例如，根据《北京市突发事件总体应急预案》的规定，一般突发事件（Ⅳ级）与非重点地区的较大突发事件（Ⅲ级）由事发地区应急委或相关部门进行指挥与决策；重点地区的较大突发事件（Ⅲ级）由市相关专项指挥部、有关部门进行指挥与决策；重大突发事件（Ⅱ级）和特别重大突发事件（Ⅰ级）由市相关专项指挥部、相关部门负责具体指挥和处置，市应急委负责统一指挥应急处置工作。此外，根据需要，可组建现场指挥部。这种集中式指挥决策模式本应具有较强的权威性，但由于我国传统行政管理是“以条为主”的管理模式，各职能部门习惯于遵从上级指令，而非听从与其同级的应急委或专项指挥部的指令。部门间的分散性与应急指挥体系的集中性，垂直化的管理结构与扁平化的指挥结构不可避免地存在矛盾，在实际运行中难以切换自如，使得应急指挥决策的权威性和高效性大打折扣。[31]
2.综合性应急指挥决策机构缺乏独立性
综合性应急指挥决策机构隶属于行政机关，如应急办设于政府办公厅，专项指挥部办公室设在相关职能部门。如此设置，易造成日常行政管理与应急指挥决策职能上的交叉与混淆。此外，就一级人民政府的目标和功能而言，其专业化水平实难应对当前错综复杂的突发事件，这也不符合当前世界发达国家应急指挥决策模式的发展趋势。
3.临时性应急指挥决策机构缺乏持续性
这类应急指挥决策机构是根据现场需要而临时设立的，事件解决后就解散，具有运行成本低、灵活方便的优点，但也存在人治色彩和实用主义倾向较重而规则意识则较为淡薄，法律责任承担主体缺位，不利于应急处置经验的积累等弊端，从长远来看，其偏离了应急法治的方向。[32]
（二）指挥决策机构职权不清(www.xing528.com)
除了应急指挥决策体系与日常行政管理体系结构上的冲突外，应急指挥体系内部不同的指挥决策部门之间还存在职权划分不清的问题。首先，应急指挥决策主体的确定以突发事件的严重程度为前提，虽然预案对突发事件的级别有所规定，但“一般”“较大”“重大”和“特别重大”等词语毕竟属于不确定法律概念，在实践中时常难以精准区分开来。此外，“根据需要组建现场指挥部”等表述也为自由裁量留下了较大的空间，而这些都直接关系到指挥决策权的分配与授予，关系到指挥决策机构的层次与效能。
其次，应急委与专项指挥部的职权划分标准十分模糊。例如，根据《北京市突发事件总体应急预案》的规定，市应急委设突发事件专项应急指挥部，专项应急指挥部具体指挥本市特别重大和重大突发事件的应急处置工作，依法指挥协调或协助事发地区应急委或相关部门开展相关较大、一般突发事件的应急处置工作。当组建现场指挥部时，市相关专项指挥部办公室又并入其中。在标准模糊、裁量空间较大的情况下，应急指挥决策权的分配会显得较为随意，有时甚至引起一些争论，出现多头指挥的现象，影响了指挥决策的效率。
最后，各专项指挥部办公室通常设在市有关职能部门之下，是专项指挥部的常设办事机构。因此，其开展的日常工作和作出的决策更多的是具有部门一致性，而与应急办之间的协调与合作较为缺乏。这就极易导致应急办与专项指挥部办公室在日常管理方面出现重复行政的问题，不但浪费了资源，也造成了政出多门的现象。若两者制定的政策、作出的决策不一致，还将产生具体适用的问题。[33]
（三）指挥决策机构成员组成较为封闭
通过梳理既有相关应急法律可知，各地应急委员会是本地突发事件应急管理的领导机构，其办公机构设在政府办公厅，组成人员包括本级政府主要负责人、相关部门负责人和驻当地部队有关负责人。应急委设秘书长、常务副秘书长、副秘书长等职，而这些职位通常也是由党委和政府相关领导兼任。所以，应急指挥决策机构在本质上也属于行政机关。众所周知，我国行政机关工作人员的知识结构和专业水平远不及专业机构、专家学者那样精而专，其不可能熟悉掌握各类应急知识。当前，相关法律和预案对专家参与权的授予主要侧重于突发事件发生前的政策制定或风险评估方面，对其在参与突发事件中指挥与决策方面的强制性规定比较薄弱，或者设定专家参与的硬性条件，如《北京市突发事件总体应急预案》规定，只有在发生特别重大、重大突发事件时，专家顾问组才能为相关应急处置工作提供科学有效的决策咨询方案；或者规定得较为抽象，难以落实，如《湖北省突发事件总体应急预案》规定，必要时，专家组参与突发公共事件的现场应急处置工作。对于第一种情况，应急预案设定了严格的准入标准，即只有当突发事件极其严重，事件级别达到为1级或2级时，才满足专家参与的条件。这种规定也将3级或4级突发事件中专家参与的可能性排除在外。从突发事件发生的频率和程度上来说，现实中发生1—2级突发事件的概率远低于3—4级，因而从概率论角度来看，专家参与应急指挥决策的频次非常低，参与的空间也非常小。对于第二种情况，涉及“必要性”的标准问题，而这似乎更难界定。总之，以上这种人员上的单调和封闭将极大地削弱指令的科学性、合理性与民主性。
（四）情报收集较为被动
毛泽东同志在《中国革命战争的战略问题》一文中对指挥决策有过这样的表述：指挥员正确的部署来源于正确的决心，正确的决心来源于正确的判断，正确的判断则来源于必要和周到的侦查以及对于各种侦查材料的连贯起来的思索。[34]美国国务院反恐办公室前主任安东尼·奎因顿曾言，若缺乏准确且最新的情报，则既无法将其作为危机决策的依据，也不能采取必要的反击措施。[35]由此可见，应急指令的形成与下达建立在情报收集的全面准确及对已掌握信息的科学研判的基础上，可以说，信息的精准与否与指令的正确与否是成正比的。然而，在应急处置与救援阶段，信息碎片化、残缺化的现状与应急指挥决策精准高效的要求形成了鲜明的反差，这种不对称性加大了应急指挥决策的难度。信息供应不足表现在三个方面：一是信息源缺失，如在汶川地震和南方雪灾等事件初期，受灾地区的电力和通信大面积中断，应急指挥部难以在第一时间获取一线信息。二是信息链传递不畅，如纵向上信息上报层级过多，横向上缺乏信息共享等。三是信息膨胀。这主要是指无关信息或低价值信息数量较多，基层部门提供的信息模糊，真实性与准确性有待验证，这给决策者依情报作出指令造成了信息困境。[36]当前，我国应急指挥决策机构获取信息的来源主要依赖于下级报告，较为被动。一旦出现漏报、瞒报、迟报、谎报等情形，指挥与决策都将受到极大影响。
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