司法行政化虽非全是弊处，但对司法能力带来的消极影响不容忽视。第一，诉讼程序的虚化。 司法的行政化运作使得回避制度、庭审质证认证、合议制度、辩护制度、直接言词原则等诉讼制度和原则形同虚设，导致法庭审理程序被架空，是对程序法权威的严重挑战。第二，独立审判能力的软弱。 当院庭领导掌握着法官的职务升迁、利益分配时，法官为了给领导留下良好印象，揣摩领导判案风格、法律观点等便顺理成章，甚而在遵行法律与迎合领导意志发生冲突时违心地选择后者，难以抵制来自院内外各种力量的不正当干预而独立、公正地处理案件。第三，司法效能的低下。当审批、汇报、信访等各种行政程序植入司法程序时，“裁而不断，断而不决”的司法拖沓现象便会涌现，司法效率低下难以避免。第四，司法职业能力的漠视。 当法官裁判经常需要院庭长、审委会把关时，当 “审者不判，判者不审” 现象经常出现时，当庭审程序沦为流于形式的 “表演” 时，法官追求法律知识、探索法律方法、磨砺法律技能的动力必然缺乏，因为无论是职位升迁还是个案审判，业务能力和素质并非那么重要，德性高尚和能力超群的法官很难被培育出来，审判一线优质资源甚至不断向管理岗位或其他职业流失。第五，司法汲取能力的不均。由于法院不直接产生经济效益，通过诉讼费收取来满足法院物质需求也明显违背司法伦理和规律，法院的硬件建设、工作经费等均需依赖地方财政，地方财政能力强的东部地区法院物质保障相对充足，接受培训和进修的机会也多；而地方财政能力弱的西部地区对法院建设投入有限，法院的硬件建设落后，法官知识和技能培训不足，待遇偏低导致审判人员的严重流失，这些都使得落后地区司法资源和能力局限性明显。(www.xing528.com)
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