由于读者数量的增加，在阅览流通方面，1959年也有较大的突破，全年借书人次有69148人次，外借图书达327962册次。1960至1961年，图书馆着手解决50年代院系调整、学校分合遗留下来的图书混乱问题，据时图书馆副主任陈海波1961年5月16日《图书馆关于前段工作情况和目前存在的问题的报告》一文记载：“根据党委强调劳逸结合、强调以教学为中心，师生员工外出和劳动较少读书风气大为增强、读者较为增多的特点，图书馆继续开展技术革新，改进工作方法，改进服务态度的学习，修订了规章制度，简化了借书手续，进行了合理分工，因此开学初期，读者排队借书、书库混乱、大量积压图书不能上架等现象均有了改进。”同时，为了解决师生剧增、图书馆馆舍面积与资料供应不足的矛盾，图书馆一方面在教学东楼308室开辟了一个402座的学生阅览室（原图书馆阅览室改为教学设备科办公室），备有报纸18种，期刊190种，并设辅助书库1个，备有各项课程参考图书6781册，室内报纸、期刊、图书可以自由阅览，押证入室，手续简便，“颇受读者欢迎”。另一方面，图书馆加大了馆际合作的力度，与国家图书馆、清华大学图书馆等18个单位建立了馆际互借关系，仅1961年3—4月份，两个月时间就借出图书352册次。
图书馆为了解决自1953年10月实施开架借阅带来的图书丢失、排架混乱问题，于1962年底开始采用闭架借阅管理（除文艺书库外），闭架后，拒借率非常高，调查数据显示，1962年12月6日188个读者填写索书条3791张，平均每人填写24张，共借书251册，平均每人不到2册。拒借率高达93%。1963年开始采用抽卡借书，以中文科技图书为试点（占全部中文图书的14%），制作了12050张图书卡片，一书一卡，卡在书在，书借卡空。在1963年2月11日至3月23日抽卡借书量为3152册，占同期全馆总外借图书（11318册）的40%。这一方法得到了读者的认可，“意见簿上32条意见有27条是赞扬抽卡借书办法的。”“现在整个流通组工作量比以前约增加一倍，但人力不致增加，工作效率大有提高。”(www.xing528.com)
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