设计综合课程应该首先呈现这一学科中最一般和包容范围最广的那些观念，然后这些观念再依照细节和具体项目越来越分化，这样，科目从一般到个别地展开，学生进行下位学习的机会就会增多，学生对这门科目的学习就会容易些，就会产生最优的学习和保持。这就是奥苏伯尔所倡导的渐进分化的科目组织原则。在那本《教育心理学：一种认知观》中，他愤愤地指责许多科目的组织只考虑了学科内容本身的逻辑关系，并没有考虑学生学习的心理特点而违背了渐进分化的科目组织原则。他说：尽管这个原则似乎是不证自明的，而在实际的教学过程或者大多数教科书的组织中却很少遵循这个原则。许多典型的实际做法是把主题上相同的材料分成若干单独的章和节，只是根据主题的关联性而确定主题和亚主题（以及每一个主题和亚主题之内的材料）的排列，而不管它们的抽象性、概括性和包容性的相对水平。这种做法既是同大多数学科的实际结构相矛盾的，又是同所假定的有意义的学习依次发生的过程不相符合的。因为在有意义的学习中，认知结构的层次组织是按包容性逐渐下降的方式进行的，而且这种学习具有通过一个使未分化的领域逐渐分化的过程而获得增长的机制。而在大多数教材中，却错误地要求学生在习得一定数量并处于适当概括水平的相关的起归属作用的观念以前，先学习新的和不熟悉的那些学科的细节。
这样做的结果是，学生和教师都被迫把有潜在意义的材料当作仿佛是机械的来教和学。因此，学生们在学习和保持时，都会体验到不必要的困难，而很少有成功的机会。……学生们势必陷入混乱的泥潭中，他们除了机械地记忆学习材料以达到考试的目的外，几乎没有其它选择的余地。（《教育心理学：认知观点》，第227—228页）
在组织科目时，除了要求从纵的方面遵循由一般到具体、渐进分化的科目组织原则以外，奥苏伯尔还倡导了另一条科目组织原则——融汇贯通原则：某些情况下，所要学习的新内容可能是与从前学过的内容相似的或者有关的，但不是相同的；有时，新内容与已学内容表面上不同或没有联系，但本质上却是相同的或相一致的。这些，都应该明确地加以指出，否则就会导致混淆或混乱。因此，在组织科目时，就要通过加强新旧概念、原理、课题乃至章节之间的联系，引导学生努力探讨相关的新旧观念之间在哪些方面基本上是类似的，在哪些方面本质上是不同的，从而消除学生认识中表面的或实际存在的不一致之点。但教科书中常见的却是把某些特殊的观念或课题肢解在它们相应的章或节里而相互隔离。奥苏伯尔指责这种实际做法中暗含的假定在逻辑上或许是正确的，但在心理上肯定是站不住脚的。（《教育心理学：认知观点》，第229—230、456页；《教育心理学》，第265页）
这种做法的不良后果是：（1）学生不知道许多表面上不同的术语实际上代表着本质上相同的概念，从而导致认识上不可胜数的负担和混乱，并且还鼓励了机械学习；（2）给学生设置了人为的障碍，使他们看不清许多有关的课题或隐蔽的重要特征之间的共同性；（3）学生不能利用先前习得的有关知识作为后继学习的基础；（4）学生不能清楚而明确地识别那些表面上类似的概念之间的重大差异，所以会误把不同的概念当作相同的概念来领会和保持。（《教育心理学：认知观点》，第229—230页；《教育心理学》，第265—266页）
关于从一般到个别、渐进分化的科目组织原则，布鲁纳在《教育过程》中有与其相一致的观点：如果先前的学习能使往后的学习更为容易的话，那就得提供一个一般的图景，按照这个图景，把先前与往后所遇到的事物之间的关系尽可能弄得清楚。……学习不但应该把我们带往某处，而且还应该让我们日后再继续前进进更为容易。学习为将来服务有两种方式。一种方式是通过它对某些工作（这些工作同原先学做的工作十分相似）的特定适应性。……先前学习使日后工作更为有效的第二种方式，则是通过所谓非特殊迁移，或者，说得更确切些，原理和态度的迁移。这种迁移，从本质上说，一开始不是学习一种技能，而是学习一个一般观念，然后这个一般观念可以用作认识后继问题的基础，这些后继问题是开始所掌握的观念的特例。这种类型的迁移应该是教育过程的核心用基本的和一般的观念来不断扩大和加深知识。……至少有四个有助于教授学科基本结构的一般论点，这些论点需要进行详细的研究。
第一点是，懂得基本原理可以使得学科更容易理解。……不仅物理学和数学中是这样，而且社会学科和文学中也完全是这样。一个民族为了生存，必须进行贸易。只要抓住了这个基本观念。那么美洲殖民地三角贸易这个似乎特殊的现象就更容易理解……有的人反对教一般原理和一般态度。持这种观点的人，其主要论点也许是：第一，通过特殊来研究一般，也许好些；第二，使工作态度保持内隐比使它外现要好些。……(www.xing528.com)
教专门的课题或技能而没有把它们在知识领域更广博的基本结构中的脉络弄清楚，这在几个深远的意义上说来，是不经济的。第一，这样的教学，使学生要从已学得的知识推广到他后来将碰到的问题，就非常困难。第二，不能达到掌握一般原理的学习，从激发智慧来说，不大有效果。使学生对一个学科有兴趣的最好办法，是使这个学科值得学习，也就是使获得的知识能在超越原来学习情境的思维中运用。第三，获得的知识，如果没有完满的结构把它联在一起，那是一种多半会被遗忘的知识。一串不连贯的论据在记忆中仅有短促得可怜的寿命。根据可借以推断出论据的那些原理和观念来组织论据，是降低人类记忆丧失速率的唯一的已知方法。……
怎样依照既有成效且有趣味的方式去教一般原理，问题很多。……非常清楚的是，还要做很多工作去考察当前有效的教育实践，编制可以在实验基础上试行的课程，以及完成几种能够支持并指导改善教学的一般努力的研究工作。（《布鲁纳教育论著选》，第27—28、31、35、38—39、41页）
布鲁纳等甚至讨论了这样一个问题：能不能在低年级就用各种具体实例把在所有各门自然科学中都有的某些反复出现的一般观念有效地揭示出来，把这样的“科学通论（general science）当作高年级严密的科学入门来教，以便为儿童后来在各种专门学科的学习中领会这些观念奠定较好的基础，使日后的学习比较容易。布鲁纳充满信心地说：“在这个有前途的课题上，需要进行许多研究工作；不仅要研究这样一种学习途径的用处，并且还要研究可能要教的普通科学观念的类别。”（《布鲁纳教育论著选》，第37—38页）
综合课程在设计时要注意与高中阶段学习的衔接。整个义务教育阶段的九个学年进行整体设计。
同时，综合课程的设计还要注意教材系列化设计，保证与教科书配套的教学参考书、学生练习和实验册、音像资料，以及实验设备器材、实验室配置等及时到位。（【选读材料2.8“国内外综合理科课程研究综述”】）、【选读材料2.9“一个范例：初中社会科课程设计建议”】
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