较之以往的发现，磨沟墓地的墓葬结构甚为复杂。根据墓穴部分的主要结构特点，可分竖穴土坑和竖穴偏室（或称偏洞，即洞室位于长方形竖穴墓道两侧，以区别于墓道与墓室呈纵向结构的洞室墓）两大类。在整体数量上，竖穴偏室墓数量明显居多，而竖穴土坑墓相对较少。但若将整个墓地分为北、中、南三区（或可分四区），则北区以竖穴土坑墓为主，估计应在70%以上（涉及未发掘部分），中区则锐减至30%左右，南区比例进一步降低。无论竖穴土坑还是竖穴偏室墓，竖穴部分一般为圆角长方形，只是圆角甚小。
竖穴土坑墓的结构相对比较简单，均为长方形竖穴土坑。成人墓葬一般长1.8～2.1米、宽0.5～1.2米、深1～1.9米，儿童墓穴相对小而浅。个别竖穴土坑墓发现有专门放置随葬器物的头龛，或头脚两端发现有用于棚架的水平状凹槽。竖穴墓中以单人一次葬居多，也有少数上下叠置、多人并列或推挤堆置的合葬现象，其中并列合葬的墓穴一般较宽。
竖穴偏室墓一般长1.8～2.2米、宽0.6～0.8米、深1.4～2.3米；偏室宽度差异较大，一般0.6～1.3米之间。依偏室数量可分单偏室、双偏室和多偏室三类。其中，单偏室墓葬数量最多，又以偏室位置分为左偏室和右偏室（以墓葬方向和仰身直肢葬为准）；双偏室墓葬相对较少，以偏室位置也可再分为左右偏室和位于同一侧的上、下偏室；多偏室墓葬最少，墓道左右两侧皆有偏室，其中一侧或两侧为上下偏室。竖穴偏室墓大多设有一个头龛，侧龛或脚龛少见；个别拥有上下两个头龛，或者既有头龛也有脚龛。竖穴墓道下部头脚两端，靠近偏室一侧多有对称的竖向凹槽，用以放置封堵偏室口的木板，可谓封门槽。少数仅墓道一端有封门槽，或者不设封门槽。另外，除个别墓道下部设有二层台外，一些墓道底部甚或偏室底部还发现有竖向柱洞遗迹，而一些墓道一端或一侧发现有水平状的凹槽、圆洞（图二）以及不见随葬器物的空龛等结构性迹象。这些迹象当与墓葬的使用或埋葬方式密切相关。偏室口一般呈长椭圆形，即两端呈圆弧形、中部近水平状；偏室底面一般略低于墓道底面（个别高于墓道底面），平面亦呈椭圆形，一般前半部分略宽而后半部分稍窄，也有前后宽窄基本一致者。根据保存较好的偏室结构来看，其周壁呈弧形结构，而顶部中央则为平顶。竖穴偏室墓以多人合葬居多，也有部分单人葬。不计墓道部分，合葬人数在2～10余人不等。
图二 M848墓道脚端柱洞与侧壁凹槽
地表坟丘的确认是磨沟墓地发掘在墓葬结构方面所获得的重要认识之一。
有关墓葬的地上标志始终是我们关注的重要问题之一。最初，在传统认识的影响下，未曾设想地表坟丘的存在。然而，发掘过程中遇到的一些现象确曾令我们百思不得其解。如有些墓葬开口部分时常发现有成层或成堆的碎石堆积，石堆多近圆形且大小不一，分布范围有时及于偏室顶部；再如一些墓穴开口部分大致呈圆形分布的花土堆积等。由于这些堆积缺乏明显的隆起特征，一时难以确认其性质和意义。尤其令人不解的是，在圆形浅穴内以石板围砌、内置火葬罐的火葬墓，其绝对高度往往高于墓穴开口，但开口层位却很难确认，而火葬罐的形态特征又与开口位置略低的竖穴偏室墓随葬的同类器物别无二致。(www.xing528.com)
直到2009年秋冬季，在墓地西南部（保存状况最好的区域）发掘时，一个探方南壁上出露了一处隆起的圆堆状黄土堆积，明显有别于周围广泛分布的黑褐色土（夹杂白色霉变物质，当地俗称鸡粪土，疑似黑垆土），疑为坟丘。随即观察处理，得到初步确认后便实施解剖性清理。结果证实，隆起的黄土四周向下倾斜，西北一侧已蔓延至墓道头龛之中；在与地表高度相当的黄土堆积中（即坟丘底部位置），还发现有呈圆形分布的碎石堆，从而获得了地表坟丘存在的可靠证据。该墓编号M901（图三），系竖穴墓道右偏室墓，偏室内未见人骨，仅墓道部分发现一具头向东南（即墓葬脚端）的侧身屈肢葬人骨，当为殉人。不过，从头龛中随葬陶器的情况来看，该墓曾正常使用过。进而，从偏室与墓道部分均为人为填埋的胶泥土分析，偏室曾整体塌陷，且塌陷土又被整体移出，最后再重新予以填埋。而移出塌陷土的直接原因，可能就是为了迁出被葬者。
图三 M901坟丘与墓道剖视图
由此看来，前述墓穴开口部分的圆形花土范围，不乏因偏室整体塌陷而下陷的坟丘下部堆积；而圆形分布的碎石堆积，也应是坟丘存在的重要证据。随后，进一步确认了墓葬坟丘也涉及竖穴土坑墓，甚或同一座坟丘下覆盖有1座竖穴土坑和2座竖穴偏室墓；而且，还在一座坟丘（M933）靠近其边缘部分发现了一处石板围砌的火葬墓（M934），是知这种火葬墓原本多建于坟丘之中（图四），其顶部绝对高度难免高于墓穴开口。最初的诸多疑惑，终于随着坟丘的确认及相关发现迎刃而解了。
图四 M934石砌火葬墓与M933坟丘
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