磨沟齐家文化墓地位于遗址东部偏北处，临近洮河。墓地中部偏北处遭到后世堡墙基槽及现代冲沟（包括小片洼地）的破坏，被分割成南北两部分。其中，冲沟南侧的墓葬已于2010年发掘完成，而其北侧的墓葬尚在发掘之中。墓地现存面积达10000平方米左右，被破坏部分面积约为2000平方米，所以磨沟墓地实际面积应在12000平方米左右（图一）。
图一 磨沟墓地远景（北一南）
因磨沟遗址面积较大，我们采用象限法分区（以顺时针方向）布方发掘，并以坐标法进行探方编号，探方规格5米×5米。墓地主要分布在Ⅰ、Ⅱ区。具体到墓葬发掘，最初采用传统的方法，在确认墓葬开口后即对墓穴进行水平式整体清理，墓穴内的堆积情况并未得到高度关注。但在发掘过程中，一些墓葬结构（多偏室）或偏室堆积现象甚为复杂，为审慎起见，便随机实施局部性解剖清理。如M206的右偏室，解剖清理的堆积状况充分显示，该偏室的使用过程明显经历了三个阶段[70]。
经过两次发掘之后，我们觉得随机性解剖清理固然可以获得一些反映埋葬过程的堆积证据，但其他墓葬未必就不存在这些方面的相关证据。因此，自2009年秋季开始，对所有墓葬均采取解剖性发掘清理方法，包括竖穴土坑墓及竖穴偏室墓的墓道部分；偏室部分则采取不超过偏室平面范围的揭顶式解剖清理，以便最大限度地获取埋藏方面的堆积证据。事实证明，对墓穴部分这一发掘清理方法的改变是非常必要的，而不应把解剖性发掘清理方法仅仅局限于地表坟丘部分。有关埋藏方面的堆积证据，后文中屡有涉及，暂不赘述。(www.xing528.com)
在发掘过程中，见于随葬现象，尤其空间位置复杂多变，我们对同一座墓葬内随葬器物，根据空间位置上的显著差异，诸如墓道、头龛、脚龛、不同偏室甚至坟丘底面等进行分组编号。具体则是按照发现的先后顺序，依次编为A、B、C、D等不同组别，具体如M888：A1、A2……，M888：B1、B2……由于各墓葬的情况不一，所以A、B、C、D组别所表示的空间位置并不固定。即便如此，也不能完全反映随葬现象的复杂性。因为同一墓葬的头龛或偏室等空间范围内的随葬器物，还存在进一步分组的迹象。只是进一步的分组需要仔细分析，难免附加较多的主观判断因素，因而暂未区分，留待研究分组。
再者，以往对于墓葬发掘结果多采用表格式的记录形式，内容固定且所能容纳的信息量比较有限。尤其对于墓葬结构及埋葬现象极为复杂的磨沟墓地，表格式墓葬记录已不能充分体现实际发掘结果。针对这种情况，我们及时以发掘记录取代表格记录形式，从而保证墓葬记录能够容纳更加详细而丰富的信息内容。
截至目前，磨沟齐家文化墓地的发掘已近尾声。除了北部区域范围，其余大部已经发掘揭露，墓地布局基本得以显现。墓葬方向一般朝向西北，整体上由东北向西南排列。由西北至东南，计有29排墓葬。每排多者可达百余座，少者一两座。由于墓葬排列有时会出现弧形分布现象，致使两排墓葬之间的距离逐渐加大。于是，在这两排墓葬之间又会增加一排墓葬。其中有3排墓葬属于中间增加的，并未贯穿墓葬排列的始终。从现存状况来看，南部墓葬保存较好，而北部墓葬因修整梯田而遭到不同程度的破坏，墓地所在地形应是南高北低呈缓坡状。
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