2012年《刑事诉讼法》确立的非法证据排除规则虽然无直接表述，但在实质上区分了非法证据与瑕疵证据并以此为基点形成两种运行路径：非法证据直接予以排除，瑕疵证据若能补正或者作出合理解释仍然保留适用，否则予以排除。由此，排除规则形成一种“双轨制”：排除规则与补正规则，其价值在于缓和了保障人权、防止冤假错案与侦查效能、侦查压力之间的紧张与矛盾。无疑，非法证据与瑕疵证据能够准确区分是这充满智慧的制度安排之前提。遗憾的是，美好的制度初衷被实践击碎，因为实践中经常相互转化，尤其是非法证据转化为瑕疵证据来处理。根本原因在于，立法为非法证据与瑕疵证据的混淆埋下了伏笔，具体而言：
1.立法目的设定不清晰，非法证据与瑕疵证据的设定都是为了防止冤假错案
如此一来，理论上自设僵局：“非法证据”与“瑕疵证据”本质皆为非法证据，并非泾渭分明的两类证据。按照《刑事诉讼法》第54条的界定，瑕疵证据并非完全独立于非法证据，实为广义非法证据的一种，因此“非法证据”与“瑕疵证据”并非泾渭分明、老死不相往来的两个证据类型，而是皆为问题证据、争议证据。由于非法证据和瑕疵证据有许多相似之处，按照严格的程序法治的视角，两者都违反了法律对收集证据的规定，也都欠缺证据的合法性要件等，因此增加了区分的难度。一般情况下，非法证据与瑕疵证据有“质”的区别，但很多情形下两者只是“量”的差异，界限模糊在所难免。
2.立法技术的失误：用模糊的一刀切的立法，试图分割实践性很强的问题
表面上看，非法证据与瑕疵证据区分并非难事，而且学界也提炼出一系列区分标准。但两者的混淆仍然不可避免，这主要是立法技术、策略的安排与实践脱节所致，主要体现为实践中难以解释并适用“可能严重影响司法公正”“予以补正或者作出合理解释”等关键词。(www.xing528.com)
根据《刑事诉讼法》第54条的规定，瑕疵证据是否转化为非法证据予以排除，取决于两个条件，一是收集物证、书证是否符合法定程序，并是否“可能严重影响司法公正”；二是能否“予以补正或者作出合理解释”。实践地看，这两个要素都存在解释上的空间。其一，如何判断“可能严重影响司法公正”？《刑事诉讼法》对物证、书证取证行为的合法性一般都作了明确规定，关键是如何判断“可能严重影响司法公正”。虽然《高检规则》与《高法解释》都提出了细化标准：违法的严重程度与造成后果的严重程度，[6]但这仍然是弹性的要求，仍然难以直接指导实践。又因为物证、书证的客观性较强，通常是定案的重要证据，所以，保守的法官会谨慎的不排除非法物证、书证，尤其是遇到重大案件，比如恐怖活动犯罪、黑社会性质组织犯罪以及杀人犯罪、绑架犯罪等危害国家安全和社会稳定的严重刑事犯罪，侦查机关可能基于维护国家安全和社会公共安全的必要，在特定情况下违反法定程序收集实物证据，这类案件排除非法实物证据的社会压力非常大，极易出现非法证据瑕疵化处理，不会轻易排除。[7]
其二，如何判断已经“补正或者作出合理解释”？这是非法证据与瑕疵证据的重要分水岭。一般而言，补正主要针对取证程序性、手续性要件；合理解释往往针对侦查取证中的特殊与紧急情况。《高检规则》第66条则给出了直接的标准，补正是指对取证程序上的非实质性瑕疵进行补救；合理解释是指对取证程序的瑕疵作出符合常理及逻辑的解释。但该规定在补正方面只是明确了补正对象，即非实质性瑕疵，但何为补救成功并无解释。合理解释方面，明确了解释所遵循的原则——符合常理及逻辑，这也应当认定为解释成功的标准，但该标准采用了生活化的解释，是一种极富有弹性与流动感的标尺，谨慎的法官仍然难以直接适用。
《高法解释》对此虽没有直接回应，但第73条关于物证、书证的审查与认定规则似乎给出了一个明确的补救标准，即通过补正或合理解释，“能够证明物证、书证来源”。这是对现实的有力回应，因为实践中物证、书证出现最为广泛的问题是，侦查机关在勘验、检查、搜查过程中提取、扣押的物证、书证，未附相关笔录或者清单，不能说明物证、书证来源，结果其客观性、相关性都难以保障。这貌似给出了满意的答案，但只能说它回应了主要问题或者当下亟待解决的问题，却不能回应所有问题，因为实践中一些严重瑕疵取证行为，由于立法缺乏完备的程序性规范，实际上很难判断是否已经证明清楚物证、书证来源。[8]
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