这主要源于司法机关在认定非法证据的边界时，出现大量模糊不清的现象，结果运行过程中出现功能异化以及非法证据、瑕疵证据不当转化现象。
1.司法机关在认定非法证据的边界时，具有模糊性与开放性，导致一些非法手段获得的证据难以纳入排除规则
根据刑事诉讼法规定，采用刑讯逼供等非法方法收集的供述应当予以排除，但实践中如何理解和把握这里的“等非法方法”，仍有较大争议，尤其是“不当压力”，比如引诱、欺骗、威胁是否为刑讯逼供等非法手段之一种？实践中，案情复杂多样，实务部门难以把握。以引诱为例，谈判筹码完全不同，有的是个人的前景考量，有的是近亲属的事业为考量，有的则以利害关系人合法利益为考量，不一而足。整体来看，不当压力中，引诱的比例更高，大约有60%左右；欺骗与威胁比较接近，分别占到20%。
表格3 犯罪嫌疑人在讯问过程中受到的不当压力
2.司法机关排除非法证据时出现功能异化现象，并不是考虑证据资格之有无、取证是否合法这一程序问题，相反，是以不影响实体问题的处理为前提，从刑事政策角度讲，不影响“侦查效果、追诉效果、审判效果”为前提
经过问卷调查与分析，具体分为如下情形：
（1）定罪量刑都不影响。比如多份证人证言，多份犯罪嫌疑人供述，多份辨认笔录，排除其中的一份或几份，对案件的定罪量刑都不会产生影响。
（2）不影响定罪，只影响量刑。比如受贿案件中，犯罪嫌疑人存在多笔受贿项的供述，排除其中一笔或者几笔的供述，只影响到量刑，不影响定罪。
（3）影响定罪数量，但不影响追诉犯罪的效果。比如犯罪嫌疑人犯有盗窃，诈骗、伤害等数罪，侦查机关只要能够达到追诉效果，就可以放弃其中部分犯罪的追诉，与之有关的非法证据可以排除。
（4）因排除非法证据而无罪释放的，几乎没有。
表格4 排除非法证据与定罪量刑的关系(www.xing528.com)
3.非法证据排除与瑕疵证据补正之间存在不当转化
关于非法证据与瑕疵证据的区别，在实践中仍然缺乏明确界限，以至于经常出现混淆的情况。这种模糊导致非法证据与瑕疵证据的模糊与转化适用现象严重。经过调研发现实践中界分与处理非法证据与瑕疵证据的方式多种多样，其中有很多处理方式已然超越立法所设定的底线，混淆了两者的边界，可以归纳为如下两大类现象：
（1）通过不同方式扩大理解非法证据的含义。比如辩护方往往出于辩护的需要，对“非法证据”作扩张解释，例如“第一次讯问笔录是传唤之后连续变相羁押形成的”“侦查人员应当回避而未能回避所取得的证据”“供述是非法羁押状态中所作”“供述笔录前后雷同，有复制粘贴嫌疑”“侦查机关超越管辖范围办案”。还有某证言是“同一时间段内不同的询问人、记录获取”，等等。[2]
一些法官、检察官出于证据真实性的考虑，也有对三种非法言词证据持广义理解的情形，比如法官以侦查机关违反了程序保障性规定为由排除争议证据，以“所外讯问，无法排除非法取证的合理怀疑”为由排除争议证据。检察官将不是非法证据视为非法证据进而主动撤回该“非法证据”，等等。
（2）非法证据视为瑕疵证据来处理。主要是扩大适用瑕疵证据及其补正规则，将非法证据视为瑕疵证据来处理并出现瑕疵证据泛化的景象。这主要表现为两种范式：一是把非法实物证据视为瑕疵证据来处理，比如有司法机关对搜查、扣押法律手续不完备，甚至没有相关的法律手续所获得的物品都视为瑕疵证据。实践中，侦查机关通过提供相关情况说明，来弥补相关程序不足；二是对非法证据通过瑕疵证据补正方式来补救。主要表现为通过补充侦查重新获得被排除的证据：
【案例1】某生产、销售伪劣产品案中，法院根据当事人排除非法供述的申请，怀疑侦查机关在讯问过程中有刑讯逼供行为，便要求检察院予以说明，检察院则将整体案件退回补充侦查。公安机关会对犯罪嫌疑人重新讯问，讯问人员对被告人的讯问以如下开场白开始：以前说的都不算了，现在重新开始讯问。犯罪嫌疑人在愕然中再度作了与以前相同的陈述。然后再度到庭审，最终作为定案依据。
表格5 非法证据通过瑕疵证据补救的情况
这种排除方式很多情况下不过是走形式，因为重新获得的供述与涉嫌非法供述具有高度相似性甚至相同。另外，检察院在很多情况下对非法证据不是考虑排除，而是向侦查机关发出“纠正违法通知书”，侦查机关纠正完毕重新获得证据后再移送过来。
实践中，还存在司法机关对非法供述的特殊补正——异化适用证据补强规则，补强非法证据为合法证据。比如司法机关综合考虑被告人供述的情况，通过供述的客观真实性来否认刑讯逼供的存在，从而“变相补正”地漂白非法供述，如认为“翻供的理由多变”，“犯罪嫌疑人第一次接受公安机关讯问时所作的供述自然、客观”，有多次“详细、稳定的有罪供述”等，对受到刑讯逼供一事予以否认。[3]还比如辨认中有暗示甚至明示的，应当排除该辨认笔录，但检察院或法院主要通过让侦查机关予以合理解释或者再次组织辨认的方式予以补救。
表格6 非法供述的特殊补正——异化适用证据补强规则
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