在农村，由于农村合作医疗保险基金的筹集关乎农村合作医疗保险能否持续、健康地发展，因此，构建合理的合作医疗保险基金的筹集机制事关重大。新型农村合作医疗在基金筹集上坚持“个人缴费和政府资助相结合”的原则。据初始时的筹集标准，在《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》中明确为：“农民个人每年的缴费标准不应低于10元，经济条件好的地区可以相应提高缴费标准”；“地方财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助不低于人均10元，具体补助标准和分级负担比例由省级人民政府确定”；“从2003年起，中央财政每年通过专项转移支付对中西部地区除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民按人均10元安排补助资金。”2014年4月25日，财政部、国家卫生计生委、人力资源社会保障部发布《关于提高2014年新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险筹资标准的通知》，2014年新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险筹资方法为：各级财政对新农合和居民医保人均补助标准在2013年的基础上提高40元，达到320元。其中：中央财政对原有120元的补助标准不变，对200元部分按照西部地区80％和中部地区60％的比例安排补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。农民和城镇居民个人缴费标准在2013年的基础上提高20元，全国平均个人缴费标准达到每人每年90元左右。个人缴费应在参保（合）时按年度一次性缴清。之后，伴随着经济的发展、国家财力的增强、人民收入的提高及卫生服务需求的逐渐释放，缴费水平和国家补助标准逐年上升。
考虑到农业税取消后村集体经济尤其是中西部地区的村集体经济面临枯竭的尴尬境地，现行政策并未规定村集体交纳合作医疗保险基金的义务。但在实际操作中，经济发达地区的村集体也承担了部分合作医疗保险基金的交纳义务。中央和地方政府对农村地区合作医疗参与者的财政补助不仅是农村合作医疗保险基金的重要来源，而且在自愿参与的制度背景下，政府财政补助成为吸引农民参与合作医疗保险的重要手段，起到了引导需求的重要作用，极大地激发了农民参与合作医疗保险的积极性。(www.xing528.com)
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