我国不起诉制度不是从来就有的，而是刑事司法制度尤其是公诉制度发展到一定历史阶段的产物。随着1979年《刑事诉讼法》的制定，不起诉制度在我国刑事诉讼中正式确立。从不起诉制度的类型来看，1979年《刑事诉讼法》确定了法定不起诉制度，即第104条第1款规定：“被告人有本法第十一条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。”[38]在此基础上，1979年《刑事诉讼法》还确定了免予起诉制度，即101条规定：“依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以免予起诉。”毫无疑问，免予起诉制度体现了检察机关一定的自由裁量权，是对法定不起诉制度的重要补充，对程序分流发挥重要作用。但是，由于免予起诉制度是由检察机关对被追诉人有罪定罪的情况下对其免予起诉，因此其“实质是未经人民法院审判而由人民检察院对被告人进行实体定罪但又不予追诉的一种处分，其具有与人民法院的定罪免刑判决相同的法律效力，侵犯了法院定罪权，不符合现代法治原则”。[39]
随着社会主义民主与法制建设的往前推进，犯罪形势也发生了新的变化，1979年《刑事诉讼法》在很大程度上已难以适应日益增长的打击犯罪需要，需要对1979年《刑事诉讼法》进行修改。1996年《刑事诉讼法》进行了第一次修改。这次修改对刑事诉讼的各个阶段都进行了修改，涉及诸多诉讼制度的改革。其中，在不起诉制度的改革中，在保留法定不起诉制度的基础上，考虑到免予起诉制度存在侵蚀法院定罪权的问题，废止了免予起诉制度。在此基础上，为了进一步强调法院行使定罪权的唯一性，1996年《刑事诉讼法》同时增加了“未经法院依法判决不得确认任何人有罪”原则，即第12条规定：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”我国2012年和2018年《刑事诉讼法》两次修改均保留了此原则。
需要指出的是，随着刑事案件的不断增加，单一的法定不起诉制度已不能满足案件繁简分流的实践需要。放眼域外，面对不断增长的刑事案件数量，赋予检察机关对符合起诉条件的案件的自由裁量权的起诉便宜主义成为诸多国家的选择。如在日本刑事诉讼中就实行起诉犹豫制度，允许公诉机关根据犯罪人的性格、年龄、境遇和犯罪的轻重、情节以及犯罪后的情况，认为没有必要提起公诉时，可以不提起公诉。[40]因此，我国1996年《刑事诉讼法》修改在借鉴起诉便宜主义做法的基础上，增设了酌定不起诉制度，即1996年《刑事诉讼法》第142条第2款规定：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”毫无疑问，酌定不起诉制度赋予检察机关自由裁量权，由检察机关根据案件的具体情况作出是否起诉的决定，能够起到繁简分流的作用，不仅有助于提高诉讼效率，而且是审查起诉阶段贯彻落实“宽严相济”刑事司法政策的重要途径。
此外，随着社会的不断进步，加之人权保障理念的深入发展，我国刑事立法认识到疑罪从无原则对于保障人权、防止冤错案件发生的重要意义，于是1996年《刑事诉讼法》修改不仅增设了证据不足的无罪判决规定，而且在审查起诉阶段确定了体现疑罪从无原则的证据不足不起诉制度，即第140条第4款规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”(https://www.xing528.com)
毫无疑问，酌定不起诉制度和证据不足不起诉制度写入1996年《刑事诉讼法》，不仅大大丰富了我国不起诉制度的内容，而且进一步扩展了我国检察机关的自由裁量权，使审查起诉阶段成为刑事案件繁简分流、贯彻“宽严相济”刑事司法政策的重要环节。
自1996年《刑事诉讼法》修改后，社会环境发生了深刻变化，司法领域也发生了重大的观念变化。一方面，我国民主法制建设取得了长足的发展，“保障人权”条款被写入《宪法》；另一方面，1996年《刑事诉讼法》在实施过程中出现了诸多问题，加之我国犯罪活动出现新的趋势，1996年《刑事诉讼法》已不能满足司法实践的需要，为适应我国司法实践的发展需要，2012年《刑事诉讼法》进行了第二次修改。此次《刑事诉讼法》修改是全方位的修改，不仅增加了“尊重和保障人权”的规定，而且对辩护制度、证据制度、强制措施、侦查措施、审查起诉程序、审判程序等进行了改革与完善。公诉制度尤其是不起诉制度也得到了较大改革完善，不仅保留法定不起诉制度、酌定不起诉制度和证据不足不起诉制度的规定，对证据不足不起诉制度的内容进行了调整，即第171条第2、3、4款规定：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”而且为了适应轻微犯罪处理的非犯罪化、非刑罚化的发展趋势，进一步贯彻落实“宽严相济”刑事司法政策，同时有效化解社会矛盾，构建和谐社会，2012年《刑事诉讼法》修改专门针对未成年人犯罪案件增设附条件不起诉制度，即第271条第1款规定：“对于未成年人涉嫌刑法分则第四章、第五章、第六章规定的犯罪，可能判处一年有期徒刑以下刑罚，符合起诉条件，但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。”这无疑进一步丰富了我国不起诉制度的内容。事实上，通过对符合特定条件的未成年人犯罪案件附有条件地先对其进行考验并根据考验的结果作出最后起诉或不起诉决定，能够使未成年人更好回归社会，起到化解社会矛盾、提高诉讼效率的效果。
自十八大召开以来，新一轮司法改革拉开序幕，十八届四中全会更是为刑事司法改革提供了方向。随着国家监察制度的确立以及反腐败工作的深入开展，加之新一轮刑事司法改革取得了重大成果，尤其是认罪认罚从宽制度的试点工作已经取得了显著成效，亟待通过修改《刑事诉讼法》将成熟经验以立法形式固定下来。在此背景下，我国现行《刑事诉讼法》进行了第三次修改。从修改的内容来看，此次《刑事诉讼法》修改主要涉及监察制度与刑事诉讼制度的衔接、认罪认罚从宽制度的立法以及刑事缺席审判程序的构建等问题。[41]其中，就认罪认罚从宽制度的立法而言，为进一步鼓励犯罪嫌疑人自愿认罪认罚，现行《刑事诉讼法》修改将认罪认罚从宽制度写入刑事诉讼法典时，增加了认罪认罚特别不起诉制度。按照现行《刑事诉讼法》第182条规定，检察机关对于符合以下三个条件的公诉案件，可以做出不起诉决定：一是犯罪嫌疑人自愿认罪认罚；二是犯罪嫌疑人有重大立功或案件涉及国家重大利益；三是须经最高人民检察院核准。[42]毫无疑问，认罪认罚特别不起诉制度写入法典，不仅有效推动了认罪认罚从宽制度的适用，而且进一步丰富了我国不起诉制度的内容。至此，我国公诉案件不起诉制度形成了种类繁多、适用条件不同的不起诉制度体系。
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