由于抗日战争的不断扩大，华中华北一片疮痍，沦陷区机关学校、厂矿企业相继内迁。遵义这一川黔重镇，不仅是西南交通枢纽，也是抗战大后方。随着陆军大学、步兵学校、浙江大学等院校陆续来遵复校上课，人口骤增。其中尤以浙江大学的迁临遵义，给遵义文教事业的振兴增添了生气，也给遵义县中增设高中提供了师资和一定的物质条件。
1939年冬，遵义县立初级女子中学为了适应当时社会发展的需要招收了男生班，进入了男女同校不同班的新时期，1940年后，开始男女混合编班，学校名也更为遵义县立中学，增设高中班，招收第一期新生，成为三三制的完全中学，也是当时全省唯一的县级完全中学。
遵义县立中学的首任校长是傅梦秋，由于班级的增多，学校除将原女中校舍培修扩建外，还将礼堂的菩萨搬走，将校舍延伸至附近的祝厘寺，以作该校四乡及外地学生宿舍。学校按《中等学校行政组织补充办法》的规定设置教务、训导两处负责学生的教学与训育工作。此时的学生来自黔北各县，浙江大学住遵家属子女多在学校上读书。学校除将“尊师重道，敬业乐群”校训一以贯之外，浙大带来的科学民主和求是精神直接渗入师生之中，沾溉影响学校文化，对其办学历史及良好文化的形成产生了深远的影响。
1940年秋，花寿全接任遵义县中校长，国民党加强对遵义文化教育的控制，对学生施行奴化教育，导致该年十月学生强烈抗议和反对，曾一度自发罢课，花寿全被迫离职。1941年春，曹鹏翔继任校长。1942年夏，刘植培继任校长。1943年秋，张有民继任校长。
遵义县立中学的办学经费主要来源是县府下拨，其次是学生所交学杂费。据《遵义县政》记载，学校1940春年有高中一班，初中五班（含简易师范一班）；1940年秋有高中两班，初中六班，学生628人，教职员工48人；从1941年到1944年，学校发展为高中四个班，初中八个班，全校共十二个班的规模。从1940年春起到1944年秋止，高中部共毕业三期，初中毕业十一班，毕业生498人。学校高初中课程开设有公民、体育、童子军（初中）、军事看护（高中）、国文、英文、数学、生理卫生（初中）、植物（初中）、动物（初中）、生物（高中、）化学、物理、中外史地、伦理学（高中）、劳作（初中）、图画、音乐等，每周为28—31课时，高中部学生在学年内要受一次集中的军事训练。(www.xing528.com)
据1941年的相关统计，遵义县立中学有专任教师35人。本着广招名贤的原则，学校师资来源主要有：一是遵义著名的老教师，如赵乃康先生（前清廪贡生）、朱穆伯先生（北京大学早期毕业生）等；一是抗日战争内迁来遵义的，如乔剑秋（交通大学）、夏征杞（国立北京大学毕业）、李相因（国立北京大学毕业）等；一是内迁来遵的高等院校生，如浙江大学毕业的胡光惠、赵梦寰、蔡壬侯、戎文言等，外语斑的许葆钧（任物理课），步兵学校的崔玉璠（任历史课）等；其他大学或专科学校毕业的如岳五六（任体育课）、张岳崇等。教师们绝大多数是学有专长，业有专攻的。
在遵义县立中学短短的五年办学期间，还兼负了筹建省立遵义高级中学的工作。1944年秋，学校将高中部三个班并入省立遵义高级中学，保留原初中部，再次更名为遵义县立初级中学。
表3 遵义县立中学校历任校长姓名一览表
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