第二次海防大讨论后，晚清海军建设的主导思想有较大调整，明确在经费有限的情况下，停止两洋并建的方针，转而集中财力精练一支海军，即优先发展北洋海军。在此之后，北洋海军的发展建设步伐明显加快，除继续关注舰船等装备建设外，开始着意进行制度及章程建设。光绪十二年（1886）夏，醇亲王奕譞巡视北洋海防后上奏称：“将来船只成军，自应请专设提督等额缺，妥定章程，以专责成而固军志。”[128]光绪十四年（1888）奕譞致电李鸿章，命其将北洋海军定额、兵制、驻扎、会哨等草拟章程，上奏总署。李鸿章受命后召集周馥、丁汝昌、刘步蟾、林泰曾、罗丰禄等着手章程的起草工作。实际上，在《北洋海军章程》之前，各地在加强海防建设过程中形成了多部海军训练和管理规范，如《轮船章程六条》《经费章程》《保护船只章程》《水师补缺章程》《雷营章程》《轮船出洋训练章程》《轮船营规》《预筹防范章程》等。但从总体而言，这些章程缺乏系统性，章程间的照应不够，甚至还有规定彼此抵触的情形存在。[129]此外，还有丁日昌提出的《海洋水师章程》及薛福成的《北洋海防水师章程》，这两份文件虽名为章程，但更多的是在阐发海军建设思想，思想性强而操作性不足。所以此次《北洋海军章程》的制订除吸收以上各章程有益成分外，还特别借鉴了英、德海军章程的相关内容，突出了章程的完备性与系统性，如李鸿章所言，“所拟章程，大半采用英章，其力量未到之处，或参仿德国初式，或仍遵中国旧例”[130]。
1888年7月，《北洋海军章程》起草完毕，10月初，经慈禧批准，由奕譞颁布实施，至此在近代海军建设史上有重大影响的第一部经朝廷批准的近代海军条例宣布诞生。该部法规的出现，代表了海军建设思想最高水平，一般将其视作北洋海军正式成军的标志之一。
《北洋海军章程》（以下简称《章程》）是北洋海军的管理和日常操练的准则，共分船制、官制、升擢、事故、考校、俸饷、恤赏、工需杂费、仪制、钤制、军规、简阅、武备、水师后路各局等14款，下面分十个方面对其主要内容加以简要介绍：
一、船制。《章程》将舰船分为四类：战船、守船、练船、运船。规定“镇远”和“定远”两艘铁甲舰由总兵管带，每舰各编329人；“致远”“济远”“靖远”“经远”“来远”等五舰由副将管带，每舰编202人；“超勇”“扬威”两舰由参将管带，每舰各编137人；炮舰由都司管带，每舰各编54～55人；鱼雷艇由都司或者游击管带，每舰各编28～29人。舰船上的弁兵根据工作的不同各有名称：管驾、大副、二副、三副、炮弁、管轮、水手、升火、管油等。
二、官制。规定何官在何船任职。《章程》规定：整个北洋海军设立提督1员，总兵2员，副将5员，参将4员，游击9员，都司27员，守备60员，千总65员，把总99员，经制外委43员。此外，还保留了提标、中军左右翼、后军等称谓。尽管在结构上采用了英国海军的官制，但称谓上则保留了绿营兵的旧称。此外，规定提督统领全军操防事宜，归北洋大臣节制，选择于威海卫建衙署或建公馆办公；总兵以下各官终年住在船上，不建衙署，也不建公馆。但北洋海军似普遍缺乏这样的专业精神，兴建私宅者不乏其人。特别是在教习琅威理辞职后，“渐放渐松，将士纷纷移眷，晚间住岸者，一船有半”[131]。
三、升擢。李鸿章上总理衙门的《议拟海军章程奏底》一文，说明了设立升擢一款的目的。认为海军作为新事物，若在管理上仍按老办法，趋新的动力则不能充分发挥出来，必须改变既往的办法，而采用新办法。按照李鸿章的认识：“各国水师皆以学堂、练船为根本，按资推擢，材武辈兴，未有不学而能任海军者。中国风气未开，士绅争趋帖括，议论多不着痛养，目前仅以公款设一二学堂，造就实虞不广，若升擢、保举两途仍如旧例，不能变通，实无以鼓励士心，启其观感”[132]。《章程》将海军军官分为三类：战官、艺官和弁目。战官由“水师学堂学生出身，能充任各船管带，及大二三副职事，其才艺兼备，博览天算、地舆、枪炮、鱼雷、水雷、帆缆、汽机诸学而精于战守机宜者”；艺官由“管船学堂学生出身，能充任各船管轮官，专司汽机者”；弁目由“练勇、水手出身，可充各船炮弁、水手总头目等”。不同军官薪俸亦有差异，但基本的思路是条件越艰苦，薪俸越高，如规定：“凡在铁甲、快船、鱼雷艇当差者，其所历岁月为外海战船之资俸；在守口、练、运各船当差者，为外海常船之资俸；在内河驾驶各船或充当船坞、学堂、机器局等差者，为内河之资俸。”[133]内河俸两年只抵外海常船俸一年，不可以折抵外海战船俸。另规定“凡海战军官，自受职守备之日起，按资推升，无论在船、在岸当差供职，统以二十年为限”[134]。
四、考校。该部分涉及学堂学生和船上练勇的招募。《章程》认为：“北洋战舰只有此数，而所调船政优等学生已不敷用。船可以随时购造，将材非可仓猝而得也。且每一学生髫年受学，计其在堂在船依次练习，非十年不能成就。中间除去事故应剔退者，或资性庸懦难当重任者，所得不过十之五耳。是宜宽立学额，优加奖励，庶多士奋兴，可以藉手利器，张威海上。”[135]基于这样的认识，《章程》对海军招考学生的条件进行了详细规定，要求“身家清白，身无废疾，耳目聪明，口齿清爽，文字清顺，年在十四岁以上，十七岁以下，已读二三经，能作论文及小讲半篇者，准其父兄觅具保人，送堂考验。如其合选，留堂习英文三个月，由堂中总办大员甄别，择其聪俊者，留堂肄业，名为海军官学生”[136]。对在堂学生四年中应该学习的功课、在船应考学问、各科应得分数等也作了详细规定。至于练勇，规定“海军练勇，原为备补兵额。北洋练勇向养二百五十人，遇有各船水手告假、革退、病故等事，即在练勇内挑补，随招沿海船户、渔户年轻者，以补练勇之缺”[137]。这部分明显吸收了《法国海军职要》的相关内容。《章程》还对考校官弁、水手、炮目、兵匠、练勇制度等作了详细的规定。
五、俸饷。《章程》将海军人员的俸禄分为官俸和船俸。“其数划分十成，以四成为本官之俸，视官职大小而定；以六成为带船之俸，视船只大小而定。”[138]船俸需在船当差方能支给，不在船不准支给，由此鼓励官员住船。规定“所有旗、绿营例支养廉、薪蔬、烛炭、心红纸张、案衣什物、马乾等名目，一概删除，以归简易”[139]。实际上是将八旗、绿营俸饷中过细的且在实行中难于落实的薪俸名目进行了归并，使海军的薪俸更为明确，避免了麻烦。《章程》还对海军各级军官的薪俸数额进行了明确，如规定水手薪俸分为三等，月饷4～6两；升火分三等，月饷8～12两。总体上看，这些薪俸标准较八旗、绿营、淮军更高，因此上船当水兵较之陆军有更大的吸引力。(www.xing528.com)
六、恤赏。之前的各类水师章程均缺乏恤赏的内容，这部分明显是受西洋海军章程启发的结果。《章程》规定：“大副以下人等，遇有积劳在船身故者，按一月薪粮给发恤赏；其因病离船尚未开缺旋即身故者，减半给发；倘有在洋因风飘没及阵亡、伤亡者，加倍给予两月薪粮。”[140]但似对士兵的优抚额度偏低。
七、钤制。《章程》对海军从提督一直到水手，每一层级的统属关系进行了明确，特别突出了海军提督的绝对权威地位。规定“提督在何海口，该口北洋兵船概听提督一人之令，总兵不得与提督平行。其中军、左、右翼及鱼雷艇、练、运各船管带官，皆不得自出号令”[141]。若提督无法行使其职权，则对何人代理职掌进行了明确，“提督他往，则听左翼总兵一人之令；如左翼总兵他往，则听右翼总兵一人之令；右翼总兵他往，则听副将之令；同为副将，则听资深副将之令；不分中军、左、右翼，以次递推”[142]。同时规定各船管带官有管理全船的职责。沿海陆路水师文武大员，如果没有明文规定节制北洋海军，兵船官一概不听调遣。如此则保持了海军的相对独立性，避免了过往水师被陆军大员征调而引发的指挥混乱局面。
八、军规。主要列举各类惩罚措施，不仅针对普通士兵，也有针对官弁的内容。如规定：官员违反军规，视情节轻重分别给予停资、降级、革职、撤任等处分；弁兵违反军令，根据情节分别给予不准登岸、鞭、械击、革退等处分；若有水手逃亡，拿回后或鞭责，或监禁；临阵逃亡者，斩立决。尽管《章程》对各级官兵违规均有处罚措施，但规定过于笼统，未进行细化，可操作性并不强。
九、简阅。是有关训练的相关规定。各船逐日小操，每月大操，两个月全军会操，均由提督亲自校阅。每年北洋各船须与南洋各船会哨一次。具体办法是：提督在立冬和小雪期间，统率铁甲船和快船开赴南洋，会同南洋各师船巡阅江浙闽广沿海的要隘，熟悉洋情，以资历练；也可以巡阅新加坡以南各岛，直至春分前后，回归北洋。南洋每年在春分后北上，调归北洋合操，暂归北洋提督节制，在奉天、直隶、山东、朝鲜各洋面巡阅，也可以游历俄、日各岛。通过巡历，借以保护商民，练习技艺。《章程》规定每年由北洋大臣阅操一次，每三年由海军衙门请旨特派大臣，会同北洋大臣出海校阅。
十、武备。《章程》对各船军械的名目呈报方式进行了规定，每年由提督会同营务处造具表册呈报批准。兵船旗子的颜色形状改为黄色长方形，图案为青色飞龙；统领将旗的颜色为五色长方旗；其余将领用三色长方旗，上角饰以锚形。通语旗采用国际通行的式样，而兵船号令仍用传统的铜角。
海军是与旧式水师完全不同的新事物，但近代海军在发展过程中，很长一段时期多以长江水师章程作为主要参照，其制度多是在旧章基础上的修订或补充，这在一定程度上制约了海军近代化的步伐。《章程》的颁行，基本上扭转了这一局面，摆脱了原有认识的羁绊，使海军在制度层面能够与时代和北洋舰船的实际相适应。可以说《章程》是晚清学习西方、探索海军发展的具体成果，在我国海防和海军建设史上，具有重要的地位。《章程》所反映出来的军事学术思想虽然在实际运用中并没有完全体现出来，但其历史价值是不容置疑的。
尽管《章程》都是明确的规条，缺少实际思想论证，但从这些规条可以看出随着一次次讨论的深入，官方对于海军的认识是在不断深化的，对于西方军事理论的认识也是逐步推进的。但也必须看到，《章程》未言及作战，尽管文内提到了军令，但未对军令做更多解释。除《章程》以外，在北洋海军或海军衙门的相关文献中也未见论及作战的法规性文献，这在一定程度上可归因于北洋海军领导层的敌情观念淡薄，以及建军方针的模糊。对作战问题的漠视，势必严重影响到尔后北洋海军的训练，甚至可以说，后来北洋海军的覆没，与《章程》对作战问题未能给予足够重视有一定的相关性。无怪乎参加过甲午海战的将士事后检讨说：北洋海军平时操练，“徒求其演放整齐，所练仍属皮毛，毫无裨益。此中国水师操练之不及他国者，弊在奉行故事耳”[143]。又说：“我军无事之秋，多尚虚文，未尝讲求战事。在防操练，不过故事虚行。故一旦军兴，同无把握。虽执事所司，未谙款窍，临敌贻误自多。平时操演炮靶、雷靶，惟船动而靶不动，兵勇练惯，及临敌时命中自难。”[144]
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