清朝是一个少数民族建立的王朝。满洲人虽凭借比较强的军事力量迅速入主中原，但由于无法在思想和文化上确立优势地位，甚至无法保持满族文化的独立性，因此在取得政权后，为维护家国天下的长期安全、稳定，必须在制度层面上有所设计，以便确立满族在国家政权中的长期优势地位。
清朝在雍正时期设立军机处。在以后的相当长的时期内，军机处是皇帝直接督责的最高决策机构，凡国家层面上的重大问题皆通过该机构由皇帝亲自裁定，防止权力偏移。清朝沿用明代总督、巡抚制，但将简任改为常任，成为地方最高级别的行政长官。随着清代督抚制度的确立，中央集权体制形成了“大小相制”“内外相维”，“既有纵向节制制约，又有横向制衡的分层交叉权力关系，皇帝处于这个架构的中心和顶端，而督抚则处于这个架构的中间层次”[12]。内以中央六部综理最高行政之权，此为“部臣守经”；外则将治理地方之权分寄于督抚，此为“疆吏达权”[13]。这样，既将督抚置于“统率文武军民为一方保障”的重要地位，又使督抚的权力受到中央的控驭。在军事上形成内重外轻的格局，“八旗兵由皇帝直接指挥，集中控制于京师及全国各战略要点，具有国家和地区主力机动兵团的性质，而绿营兵则由各省军、政长官指挥，分散驻防于全国各城镇，有地方镇戍部队的性质”[14]，由此形成了八旗集中驻防和绿营分汛各地的局面。
太平天国农民运动爆发后，在太平军的冲击下，清朝经制兵八旗和绿营趋于没落，动摇了清廷的统治基础。为保住王权，清廷不得不赋予督抚更大的自主权，“统一的财政权和军事权是清朝中央集权统治的基础。财政权和军事权的下放，是督抚权力扩展的契机”[15]。咸同军兴以后的地方督抚在士兵招募和筹饷上有更大自主性，使督抚获得比以往更多的权力，而相应地，清廷中央的权力则在这种关系转变中不断被销蚀。(www.xing528.com)
尽管晚清在不同时期都有名义上的最高军事改革机构存在，但这些机构的统筹、规划、领导作用始终不强。无论是洋务运动时期的军机处、总理各国事务衙门，或是甲午期间的督办军务处，再到后来的练兵处都存在这一问题，由于这些机构的机构组成和人员素质均有问题，对于改革的方向、重点认识不足，缺乏统揽全局的能力，使得近代军事改革的推动不是自上而下，而是下层推动，上层观望然后被动响应，最终导致各地改革进展差异极大。第二次鸦片战争后提出了“自强求富”的总方针，但这仅仅是一个模糊的改革目标，对于如何进行改革，如何使改革突破器物层面而逐步向纵深推进，始终缺乏比较深入的理论阐发。没有全局的改革思路，就不可能在改革路径选择上有所创造，终致各省督抚对改革的认识程度不一，各省各行其是，改革成效上各省也千差万别。在诸如兵役制度等必须全国统一协调的制度层面上的改革，迟至晚清覆亡之前才有所动作，原因也在于缺乏统一领导。
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