真正对近代兵学发展产生重大影响的是持续14年的太平天国农民运动。其主要影响即如左宗棠所言：“始以勇丁助兵，继且以勇丁代兵；始以将弁领兵，继且以文臣代将。”[4]在太平军的冲击下，清朝经制兵八旗和绿营趋于没落，动摇了清廷的统治基础。为保住王权，清廷不得不赋予督抚更大的自主性，由督抚主导下建立的勇营制部队——湘军由此登上历史舞台。在湘军建立过程中，督抚在制度安排、人员选择、武器配备上具有较大的自主性和灵活性，因此勇营的招募制度和编制体制，与八旗、绿营有明显差别。湘军不仅统系更为严密，同时在充分吸收传统兵学成就，特别是戚继光练兵思想的基础上，结合自身特点和武器装备水平，探索出了一套简单有效的训练方法和作战方法。
这一时期，对于兵学的发展产生更大影响的是文人统兵的出现。文人往往善于总结和思辨，但易脱离实际，如左宗棠对言兵者的评价：“近时言练兵者，多系套话。”[5]然而文人统兵，避免了文人谈兵的种种弊端。在经历了战场上生与死的磨炼后，这些统兵的文臣或士子对于战争的认识远比无战场经历的文人深刻得多，也切实得多。如左宗棠所说，“理可凭虚而悟，事必亲历而知，非练习之深，不敢深信也”[6]。在这一过程中，形成了一种文武之间的互动关系，扭转了长久以来文武两途的截然对立，实现了理论与实践在战场上的碰撞，使文人得以在战争实践中重新认识兵学的原则与规律，并对传统兵学的范畴进行剖析，对兵学中的基本原则进行验证，推动了兵学在近代的发展。曾国藩、胡林翼和左宗棠为这一时期的代表人物。
曾国藩曾说：“前缄所称大处着眼，小处下手，阁下推广其义，引朱子所谓真正大英雄须从临深履薄做出，暨浩然之气，盖敛然于规矩准绳、不敢走作之中。……推之齐家、治身、读书之道，何一不然。”[7]此言虽未提及兵事，但认真考察曾国藩的兵学思想来源，很容易就能看出兵学与儒学之间的关联性。湘军的很多将领都受过长期的儒学训练，“修身”“穷理”已经成为他们的一种思维自觉，会很自然地将儒学的价值观和方法论运用于分析兵学问题。比如左宗棠讲，“孝弟忠信礼义廉耻不可不随时讲究，心中明白，自然作事不差”[8]，带有鲜明的儒学特色。左宗棠更说，“能克己者，必能克敌”[9]，将儒学中看重的个人修为与操守上升到了决定战争成败的高度。湘军统领不仅以儒学治军，还以儒学指导作战。罗泽南原是理学名家，“持论平实稳惬，作事有条理”，“及其将兵，胆略俱壮，随机立应，竟为宿将所不及”[10]。当被问及制胜之道时，罗泽南的回答是：“无他，熟读《大学》‘知止而后有定，定而后能静，静而后能安，安而后能虑，虑而后能得’数语，尽之矣。”[11](www.xing528.com)
除儒学特色外，曾国藩、胡林翼、左宗棠等人在治军、选将、作战等领域也提出了不少超越前人的深刻见解。比如：在训练上，既强调技能，又突出“训”，即思想教育的重要性，“训作人，则全要肫诚如父母教子，有殷殷望其成立之意，庶人人易于感动”[12]。在选将上，强调将领要“勤、恕、廉、明”，要有忠义血性。在作战上，提出“打仗不慌不忙，先求稳当，次求变化”[13]；战略贵先，作战贵后；水陆相依等原则。对传统兵学范畴的认识也有所突破，如对奇正，认为，“总以并力为主，稳打为主，此是奇兵也。奇兵而出之以稳，尤奇之奇也”[14]。可以看出，这些思想虽仍是在传统兵学框架内的丰富或补充，但亦有所突破和创新。
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