1.上网电价较低
水电工程投资大，导致按成本测算上网电价高，实际结算电价低，使企业生产经营先天不足。为鼓励发展电力事业，《中华人民共和国电力法》第三十六条明确规定：制定电价，应当合理补偿成本，合理确定收益，依法计入税金，坚持公平负担，促进电力建设。而准公益性水电项目因其枢纽库容大，水库移民多，建设规模宏大，虽然在建设期由国家注入防洪资本金，但后期运行维护费用、移民后期扶持基金等仍需由企业自身承担。市场经济的核心是价格理论，本着遵循商品原则、适当调控原则、公平负担原则，在合理考虑发电成本、各种税费、合理利润等的情况下，应合理制定准公益性水电项目的上网电价。企业的上网电价组成中，既包括发电成本，又包括社会公益成本，是防洪型水力发电企业的一大特征。2000年5月，根据江垭水电站发电成本及企业承担的社会公益成本等测算的还本付息含税电价应为0.4464元/（kW·h），不含税电价0.3815元/（kW·h），实际结算电价为0.315元/（kW·h），相差很大，国家对企业承担的这部分社会公益成本支出未予补偿，导致企业亏损严重，经济效益较差，生产经营陷入困境。
上网电价过低，未能真正反映发电成本和企业承担的社会公益成本，是准公益性水电项目亏损的最重要因素。
由于江垭水库抗旱、发电效益的发挥与防汛限制水位设计过低的矛盾日益突出，而溇水上游水利发展迅速，河道、水库的调蓄能力大为提高，因此应提高汛限水位，进一步扩大动态控制范围，实施实时洪水调度，抬高水库运行水位，以提高水能利用率，确保发电和抗旱用水。
2.防洪弃水没有得到相应补偿
因防洪需要大量弃水，导致上网电量达不到设计要求。防洪型水力发电企业以防洪为主，关系国计民生。在社会安危和企业自身经济利益相抵触时，企业利益必须服从国家和社会利益。而现行防洪调度体系为确保防洪，确保社会安危，对水库汛限水位的计算十分保守，水库汛限水位规定较低。每到汛期，因防洪需要，必须腾空库容，造成大量弃水，因此企业发电量也大受影响，直接影响到企业的经济效益。
作为湖南省防洪体系的骨干工程，每年汛期为确保澧水下游防洪保护区人民的生命财产安全，江垭水电站不得不腾空库容，大量弃水。仅2002年1年因弃水造成电站损失的电量就为2.12亿kW·h。汛期过后，澧水下游防洪保护区人民的生命财产安全得到了最大程度的保护，而江垭水电站的弃水损失却没有补偿来源。
防洪控制性工程社会效益明显，而经济效益十分低下。1998年汛期，湖南遭受特大洪水袭击，尚在建设中的江垭大坝削峰60%，降低慈利、石门、津市洪水位1.5～0.5m，减少洪灾损失约10亿元。1999年6月，澧水下游出现超警戒水位，江垭水库为下游拦洪削峰57.1%，保证了洞庭湖的防洪安全。2003年7月澧水突发的洪灾和秋季旱灾中，江垭水库也发挥了重要作用，社会效益得到充分体现。发电调度必须无条件服从防洪要求，经常出现有水不让发、能发没有水的状况。遇2004年、2005年、2006年三个枯水年头，江垭水库基本无水发电，发电量十分低下，其中2006年全年发电量不到设计的一半；同时，遇丰水年发电服从防洪需要，大部分来水预泄，腾空库容蓄洪，难以充分利用来水发电。自1999年5月发电至2006年12月止，累计上网电量37.38亿kW·h，收入11.22亿元，亏损1.33亿元。同时，销售收入回收较差，历年发电电费回收率只有95%左右，到2006年12月仍有0.6亿元收不回。由于连年亏损、收入资金回收率低，造成资金周转困难，贷款本息无法偿还，目前仍欠到期应还世界银行贷款本息约2400万美元（折合人民币1.8亿元）。
3.发电成本高，企业不堪重负
准公益性水电项目因投资大，移民多，财务费用高，库区后期扶持、大坝维护费用高，导致发电成本过高。而火电企业没有库区维护费、移民后期扶持基金等支出，其最大的成本是发电用煤。
需要着重指出的是，防洪型水力发电企业以社会效益为主，是民心工程，救命工程，枢纽建成后，为扶持库区移民，发展库区经济，企业每年需花巨资对库区移民进行扶持；而坝高库大，库区维护费用也过高。防洪效益是社会效益，本应由政府承担、扶持，在实际运行中却由在电力市场竞争中处于劣势的防洪型水力发电企业来承担，加重了企业负担。江垭水电站每年的发电成本和增值税之和约为19900万元，大大高于企业承受能力；而每年的移民后期扶持基金约1200万元，库区维护、维修费用约需600万元，两项之和共为1800万元左右。过高的发电成本和增值税征收额，是准公益性水电项目陷入经营困境的又一重要因素。
4.税率过高，没有税费减免
按国家税法规定，电力产品的增值税税率为17%，由于燃煤机组其发电用煤可作为增值税进项税额抵扣销项税额，其实际增值税税负率约为6%，而防洪型水力发电企业由于前期固定资产投资大，直接生产成本少，进项税抵扣几乎为零，其实际增值税税负率为17%。故不含税上网电价为：水电企业为0.269元/（kW·h），燃煤机组为0.34元/（kW·h），实际结算电价差异明显。按国家税法规定，江垭水电站每年上缴的增值税和附加税费之和约为3600万元，成为企业经营的又一沉重负担。
5.即将开征的发电水费、水资源费将加大企业负担
《湖南省水利工程水价核定及水费计收使用管理办法》（湘政发〔2003〕17号）第十三条第四款规定，水力发电用水价格按以下标准核定：从水利工程取水发电结合灌溉等其他用水的，按水电站售电电价的12%核定。从水利工程取水发电不结合其他用水的，按水电站售电电价的24%核定。贷款建设的水电站，还贷期间，发电用水价格按略低于上述同类型用水价格标准核定。(www.xing528.com)
本应由政府承担的移民后期扶持基金、库区维护费用等，已导致准公益性水电项目发电成本较高，如再开征发电水费、水资源费等，防洪型水力发电企业将不堪重负，更使企业经营陷入困境。
6.非市场化因素影响
防洪型水力发电企业因其库容较大，调节性能优越，因此，常担任电力系统的调峰调频任务，对保持电力系统的稳定发挥了重要作用。由于调峰调频时，机组处于非最优工况下运行，甚至有时处在最恶劣的工况下，此时对机组的损害是相当大的。而在电费结算时仅考虑了有限的有功电量，而且电价亦非完全按市场运作，低于测算的上网价。因此，防洪型水力发电企业的电能优势往往在实际中变成竞争劣势，成为事实上的不平等竞争。
7.航运、灌溉、供水等综合效益成为企业的又一大包袱
防洪型水力发电企业兼有航运、灌溉、供水等综合效益，但由于综合效益的公益性，公益事业企业管理，而相关收费机制未能配套，加上部分受益人法制观念淡薄，市场意识不强，导致企业在费用回收方面困难重重，甚至根本无法回收。但综合效益的建设与维护费用、人员管理成本、航运费用、有关税费必须支出，导致综合效益成为防洪型水力发电企业的事实上的又一大包袱。
8.产生的后果及对策
（1）产生的后果。江垭工程投产近10年，部分设备日趋老化，安全隐患不断增加，大坝运行维护和更新改造费用数额较大且逐年增加。作为这种以承担防洪任务为主的准公益性工程，大坝工程运行维护费用本应纳入政府财政预算，但由于目前体制上的障碍，只能从江垭水电站的发电收入中支出，使澧水公司亏损持续飙升，企业的发展困难重重。皂市水利枢纽即将建成，该电站设计年发电量仅3亿kW·h，发电收入将远远无法弥补水库运行管理费用，这同样属于突出的需要及时解决的问题。水利部想给予公司一定的支持，碍于财政性资金不能通往企业，没有合理来源和正常渠道。
由于江垭、皂市水库是以防洪为主的准公益性工程，发电要服从于防洪，二者矛盾较大，因而收入甚微。而公益性资产的大坝和库区维护、维修和管理费用很大，光靠发电收入难以承担。特别是江垭大坝蓄水后有世界上罕见的大坝抬升现象，根据专家意见应加强监测和研究，需要较多费用，以确保大坝安全。由于发电量少，公司收入来源有限，加之没有新建设项目，公司部分员工跳槽情况严重。
（2）对策。
1）适当地提高上网电价。国家发展和改革委员会为疏导电价矛盾，同意湖南省电网将销售电价提高0.022元/（kW·h），而江垭水电站的上网电价反而降低了0.012元/（kW·h），理应适当地提高。
2）减轻税负，实行优惠的税赋政策。国家应该设法降低防洪型水力发电企业的增值税税率，调整到企业能承受的合理水平，执行6%的增值税税率标准；或改变现行的增值税进项额抵扣方法，将防洪型水力发电企业枢纽投资中增值税进项额分摊到以后各年予以抵扣，以降低枢纽投资成本和增值税税负，减轻企业负担。也可考虑“先征后返”的优惠政策，将返回的增值税用于偿还贷款本金。鉴于防洪型水力发电企业的特征，对所得税实行优惠政策，增强企业的还贷能力和维持企业合理的滚动发展能力。
3）拨防洪工程维护专项款移民后期扶持专项款。防洪型水力发电企业为防洪弃水、大坝维护、库区维修及维护等与防洪效益密切联系，完全由企业自身承担极不合理，因此，政府应研究公益部分专项款的投入比例，加大投入力度，以减轻企业负担，如从防洪保安基金中给予补偿。
4）在确保防洪安全的情况下，适当上调防洪限制水位。防洪限制水位过低，防洪型水力发电企业汛期大量弃水，直接影响到企业的经济效益，也不利于自然资源的合理利用，因此，在确保防洪安全的情况下，详细研究、精确计算，适当上调防洪限制水位，以提高防洪型水力发电企业的经济效益。
5）合理分配调节效益。防洪型水力发电企业对下游电站的调节效益与调节库容、坝址流量、电站装机水头、径流特点有关，其调节效益约为下游电站出力的10%。对此外溢的经济效益，国家应制定法规对该部分效益合理分配，以补偿防洪型水力发电企业的巨大前期支出。
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