根据公益性支出类型的不同，其计算方法也有所不同。直接公益性支出中的第二项属于公益性的专项支出，其实际发生的数额即为公益性支出费用，本书将其称为公益性支出1；对于直接公益性支出中的第一项日常管理维护费用在项目的财务报表中有所反映，本书将这部分公益性支出称为公益性支出2，在财务报表中日常维护管理费用是整个项目的共同费用支出，并没有单列公益性支出的费用，可以按功能法来计算公益性支出的部分；间接公益性支出也是由于发挥公益性功能而产生的费用，但这部分费用支出在财务报表中没有对相关数据的反映，因此国家也没有对相应的费用进行补偿，但由于该部分是发挥公益性功能产生的成本，国家对其也应给予一定的补偿，因此，本书将间接支出的第一项称为公益性支出3，将间接支出的第二项称为公益性支出4，其具体计算方法如下。
1.公益性支出1的计算方法
2.公益性支出2的计算方法
根据2004年水利部和财政部共同制定的《水利工程维修养护定额标准（试点）》和《水利工程管理单位定岗标准 水利工程维修养护定额标准》的规定，对准公益性水利工程，要按照工程的功能或资产比例划分公益部分，具有防洪、发电、供水等功能的准公益性水利工程，参照《水利工程管理单位财务制度（暂行）》〔（1994）财农字第397号文〕，采用库容比例法划分：公益部分维修养护经费分摊比例=防洪库容÷（防洪库容+兴利库容）
准公益性水利工程包括准公益性水电项目，因此，该规定也适用于准公益性水电项目。目前还没有针对准公益性水电项目的运行维护管理人员工资、福利及公用经费等基本支出方面的相关规定，因准公益性水电项目的此项费用是公益性功能和经营性功能的共同支出，并没有针对公益性功能或经营性功能单列费用支出，因此该项费用也可利用功能法中的库容比例法来区分其公益部分的支出。因这两部分的计算方法相同，因此本书将这两项费用通称为公益性支出2。
公益性支出2的计算方法有两种，分别为功能法和市场化法，一般都采用功能化法进行计算。
功能法是从准公益性水电项目功能的角度，对其公益性支出进行计算。该方法主要根据准公益性水电项目的设计功能或实际运用功能来计算公益性支出。准公益性水电项目具有发电、供水、防洪、排涝等多种功能，对准公益性水电项目的公益性支出进行计算，就是在准公益性水电项目设计功能的基础上结合实际运用，按照准公益性水电项目各工程技术指标（如库容、水量、功能经济效益等），分摊准公益性水电项目的总支出。也就是按照工程各收益单元利用的水量、库容、工作量或各功能获得的经济效益等比例分摊总支出费用。(www.xing528.com)
利用功能法来计算直接公益性支出，首先要选取有代表性的运行年份或有代表性的几年的平均水平的财务报表，通过该财务报表统计该准公益性水电项目的总支出费用，然后采用库容比例法来确定准公益性水电项目的直接公益性支出的分摊系数，用公益性支出分摊系数乘以总支出费用就可计算出该准公益性水电项目的直接公益性支出费用。
其具体计算公式如下：
3.公益性支出3的计算方法
国家目前对公益性支出3的补偿没有作相关规定，但根据公共产品理论，该项费用也属于政府补偿的范畴，应该对其予以补偿。公益性支出3的计算思路是将由于发挥公益性功能而产生的弃水时，虽然弃水是必要的，但由于弃水而产生的费用，国家应予以补偿，这部分的费用就是公益性支出3，其计算公式如下：
4.公益性支出4的计算方法
同公益性支出3类似，国家目前对公益性支出4的补偿没有做相关规定，但根据公共产品理论，水电机组承担电网的调峰、调频、旋转备用及输送无功的任务而产生的费用也属于政府补偿的范畴，应该对其予以补偿。其计算公式如下：
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