行政执法的主体是行政机关。对于环境行政执法而言，其主体理所当然就是生态环境行政机关，即“参加环境行政法律关系，依法拥有环境行政职权，能以自己的名义行使行政职权，并能独立为自己行使职权的行为产生的后果承担相应的法律责任的国家机关或其他（社会）组织”[9]。2018年国家机构改革前，我国环境保护工作并非生态环境部门一家或几家的责任，而是牵涉到众多行政职能部门和相关组织，曾有学者将其概括为以下五类：①经法律、法规授权的各级人民政府；②依法设立的各级环境保护行政主管部门及其派出机构；③依法律、法规授权的政府职能部门，如海洋、港务监督、渔政渔港监督、军队环境保护部门、各级公安、交通、铁路、民航管理部门、土地管理部门、地质矿产管理部门、林业部门、农业部门、水利管理部门、卫生管理部门、城乡建设部门等；④依法行使环境行政职能的组织；⑤环境保护行政主管部门委托的特定组织。[10]立法上，2015年《环境保护法》第10条[11]也明确规定了环境行政执法主体，具体包括：①国务院环境保护主管部门；②县级以上地方人民政府环境保护主管部门；③县级以上人民政府有关部门和军队环境保护部门。基于当时我国环境行政执法机构设置的情况，有学者认为这种环境管理体制虽然发生了变化，但还是存在一些问题，具体表现为由原来的“各部门分工管理逐步转变为统一监督管理和分工负责相结合的管理体制。在体制转变过程中只注重对新机构的授权，不注意对原有机构及其相关职能整合，从而就发生了某些环境管理机构重复设置的现象，导致了政府内部某些管理机构的职能错位、冲突、重叠等体制性障碍”[12]。还有学者认为，2003年11月在国家环境保护总局内部专门设立的环境监察局（现生态环境部环境监察局）是我国负责环境行政执法的专门机关，但存在职能不明晰，内部架构设置粗放、外部设置重复，缺乏专业的跨部门联合协调机构等问题[13]。这些观点指出了我国当时环境行政执法机构设置的各种弊端，说明彼时分散、重叠的执法体制机制已经不能满足我国生态环境保护的需要，亟需进行改变。
党和国家早已洞察了当时环境行政执法体制机制中的问题。中共中央2018年3月印发的《关于深化党和国家机构改革方案》对原有体制进行了改革，将与环境保护有关的职能全部进行了整合[14]，由生态环境部及其下级生态环境机构行使管理权，职权包括“生态环境监测和执法工作，监督管理污染防治、核与辐射安全，组织开展中央环境保护督察”[15]等职能。自然资源所有者职能由自然资源部及其下属机构行使，统一行使“全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责”[16]等职能。根据2016年9月中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的指导意见》，县级生态环境局被调整为市级生态环境局的派出分局，由市级生态环境局直接管理，不再是县级政府职能部门。《深化党和国家机构改革方案》实施后，2018年12月中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《指导意见》，要求全国各地市级生态环境部门整合生态环境、自然资源和规划、农业农村、水利等部门相关污染防治和生态保护执法职责组建生态环境保护综合执法队，以市生态环境局的名义统一行使污染防治、生态保护、核与辐射安全的行政处罚权以及与行政处罚相关的行政检查、行政强制权。目前，我国生态环境行政执法权由整合后的生态环境保护综合行政执法机关行使。生态环境行政执法自上而下的体制框架为：生态环境部和各省生态环境厅设立生态环境执法局，地市级生态环境局成立生态环境保护综合行政执法支队，县级生态环境派出局成立生态环境保护综合行政执法大队，实行垂直管理。这种管理体制改革强化了生态环境保护部门的独立性和执法权力，一定程度上可以保证环境行政执法权不受地方政府的干预。(www.xing528.com)
值得注意的是，县级生态环境管理部门目前没有独立的环境行政执法权。市级生态环境局统一行使环境行政执法权这种管理体制调整后，县级生态环境局成为市级生态环境局的派出机构，失去了独立的法人资格，也失去了独立执法办案权，县级生态环境分局向同级公安机关移送涉嫌环境犯罪的案件只能以设区的市生态环境局的名义进行，凭空增加了许多环节，移送程序不是很畅通，移送成本增加，移送效率受到了影响，各地县级生态环境部门对此也颇有微词。县级生态环境局不能独立行使环境行政执法权与前述《指导意见》“加强市县环境执法工作”“环境执法重心向市县下移”“强化属地环境执法”等要求和目标相悖，会直接影响执法效率。为了破除执法中的体制机制纠葛，提高环境犯罪移送效率，建议相关环境立法在管理体制中明确赋予县级生态环境分局执法主体资格，使其享有独立的环境行政执法权。
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