从设置动因看，违法所得没收程序的设立是为了打击犯罪。立法者强调，违法所得没收程序是适应腐败犯罪、恐怖犯罪等重大犯罪的跨国性因素不断增多、流动性不断增强、打击难度不断加大的法律举措，明确指出程序的立法目的就是打击犯罪，及时保护国家利益和被害人利益。同时，在诉讼价值上，这一程序应突出诉讼效益和程序公正。但这一诉讼目的并未得到很好的坚持，在确立违法所得没收程序的同时，立法者又过分担心司法机关会滥用该程序，会为谋钱而懈怠对犯罪的追诉，并担心如果允许广泛适用该程序，可能会有导致诸如文革式抄家现象出现的危险，因此在程序设置上又着重强调了实体公正、人权保障理念，认为这一新设程序不宜大范围运用，为了防范可能出现的侵犯公民财产权的情况，还为程序适用设置了层层制度障碍。[41]将其适用的案件范围严格限定在贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪两类案件，要求对于犯罪嫌疑人、被告人逃匿的，公安司法机关应当尽力通缉、抓捕，以使之尽快到案并依照法定程序追诉，只有对确实在通缉一年后仍无法抓捕到案的，才可以适用这一特别程序。此外，还从级别管辖、公告期限、庭审方式上做了种种限制。表面上看，这些规定旨在平衡诉讼公正与诉讼效益、打击犯罪与保障人权的关系，但实际上却没有认清违法所得没收程序的定位，过多限制了程序适用的范围和条件，使保障人权某种程度上成为打击犯罪的障碍，最终导致程序功能无法得到正常发挥，立法目的也难以实现。
实际上，犯罪收益独立没收程序与普通刑事程序存在较大差别，其解决的核心问题不是人的定罪量刑问题，而是犯罪收益和资产的没收问题。这一程序具有鲜明的“对物”特点，本质上是一种在不过多考虑定罪因素情况下的独立财产没收程序。从国外立法看，从20世纪70年代以来，为应对毒品、恐怖活动、腐败及严重犯罪的日益国际化、有组织化趋势，西方诸国纷纷调整本国没收法律，突破过分拘泥的制度约束，扩大没收的适用范围，以实现最强的打击犯罪的效果。如美国从1970年《反有组织犯罪及腐化组织法》（Racketeer Influenced and Corrupt Organizations Act）开始，没收成为剥夺犯罪收益、收取犯罪工具的重要手段，并最终依托美国2001年《爱国者法》（USA PATRIOT Act）发挥了强大效力。英国2002年《犯罪收益法》（Proceeds of Crime Act 2002）在针对犯罪收益和资产的没收中引入了民事程序，没收措施的设置也日臻完善。德国在刑法中设置了“扩大追缴”制度，全面提高了对有组织犯罪收益的剥夺力度。日本则通过1991年《毒品特例法》在没收中引入了举证责任倒置、保全措施等具有明显的有利于打击犯罪的制度。[42]可以看到，各国的没收手段日趋丰富、范围逐渐扩大、没收方式更加灵活，其目的就是为了更彻底、有力地打击犯罪。因此，在程序设计的诉讼价值和诉讼目的上更加支持秩序恢复、打击犯罪。当然，由于这一程序涉及被告人及利害关系人的重大财产权益，又采取了独立没收的方式，国外立法中也十分注重对正当权益的保障，围绕当事人的知悉权、救济权设置了通知、公告、异议、上诉、宪法诉讼及赔偿等诉讼机制，努力实现诉讼公正与诉讼效益、打击犯罪与保障人权的动态平衡。而反观我国违法所得没收程序的设置理念，既没有根据诉讼效益和恢复秩序、打击犯罪等价值、目的设置完善的犯罪收益调查、查扣、没收、处置措施，也没有根据诉讼公正和人权保障理念为当事人提供充分参与审前程序、执行程序的机会，没有具体设计上诉、再审及法律监督等当事人获得及时救济的法律机制。(www.xing528.com)
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