作为学科范畴的国学，在教学中必须有一定的界限和范围，才能进行相对持续和稳定的教学。如何做到精与博的结合，学与德的融通，是在推行国学教育时首先遇到的实践难题。在大学教育的课程体系里，学科交叉和学科渗透就成为国学学科课程设置和教学过程中不可避免、也是必然采用的方式：“它必须与其他学科发生内在的关系，故国学教育的课程体系不必与其学科体系完全重合，这样更有利于国学专业的学生培养健全的人格。”[9]
目前，国内各高校的国学班都是以文史哲三系交叉或渗透为课程设计的主体框架和思路，或者依托于其中某一个系（学院）如历史系、哲学系、中文系等，又同时以其他方面为辅助，也兼顾到艺术类的教育内容。如北京大学国学研究院聘请了文学、哲学、历史、考古等学科的教师担任导师。2002年起招收博士生，旨在培养跨学科新型人才。[10]武汉大学的国学实验班由哲学学院、历史学院、文学学院、高级研究中心等联合办学。2008年，华中科技大学在中国古代史、汉语史、中国哲学、文献学等学科方向的基础上组建国学研究院。[11]
目前各高校中设置的国学课程，学科交叉和渗透成为鲜明的特色。如中国人民大学国学院的主要课程有：国学通论、中国哲学史、中国通史、中国文学史、《左传》研读、《诗经》研读、文字音韵训诂、版本目录校勘、《孟子》研读、《老子》《庄子》研读、《楚辞》研读、《周易》研读、《汉书》研读、《史通》研读、海外汉学研究、乐府诗研究、杜诗研究、宋词研究、中国古代文学批评、考古学通论、中国思想史研究、古代诗文写作、文献精读与论文写作、西方学术专题等等。武汉大学弘毅学堂国学班的主干课程有：马克思主义中国画的理论与实践、国学通论、四书研读、诗经（附楚辞）研读、古代经学与经典注释学、文献研究方法论、文字学、音韵学、训诂学、先秦哲学、宋元明清哲学、柏拉图《理想国》释义与研读、《圣经》研读、四部要籍概述、史学方法与社会理论、中国古代小说源流等。山东大学的尼山学堂古典实验班开设的课程主要有《周易》《尚书》《诗经》《周礼》《仪礼》《礼记》《左传》《四书》《说文解字》《史记》《汉书》《资治通鉴》《史通》《老子》《庄子》《墨子》《荀子》《世说新语》《楚辞》《昭明文选》《文心雕龙》等导读，希罗多德《历史》、《荷马史诗》、康德哲学等西方原典的导读，还有文字学、音韵学、训诂学、古希腊罗马史、当代世界儒学、前沿学术讲座等。[12](www.xing528.com)
以上高校国学院或国学班的课程设计中，涉及人文社科的研究方向非常深广，但基本是以先秦典籍（主要是儒学经典）的研读为主，同时兼顾其他通识类课程，大多在教学模式上“参酌中国古代书院和牛津、剑桥导师指导阅读及讨论的方法”[13]，在教材选用上力求直接采用原典原著。不仅大大拓展了文史哲学科培养的人才知识结构的狭窄问题，也鲜明地强化了研究的深度。目前国学教育课程设置的特点主要有二：“一是强化学生阅读古代经典著作的能力，二是增加了思想史课程的比重。”[14]自近代以来，国学等同于中国传统文化和传统学术的观念较为普及，在目前尚无法确定国学作为一级学科的学科边界的情况下，尊重和依循目前国内高校的主要课程设置，即以经典学习为主体课程，注重思想史的纵的贯通，并根据各高校各自的学科特色、培养方向或区域特色等进行相关课程的设置，应是目前国学教育的切实可行的主要方向。
对于国学课程设置中的交叉和渗透问题，吴根友在《当代中国大学如何安排“国学”学科？》一文中，建议国学教育的课程体系有一定的灵活性，而这种灵活性也就使得国学教育的学科渗透和各学科浑融的特色更为明显：“综合性大学的国学学科的课程可能偏重于基本经典的教育与研究，而一些专科性质的国学院系，可以更多地偏重于具体的技艺，如中医学院偏重于与中医相关的国学经典……”[15]国乐、国画、书法等可以成为非艺术类学校国学教育的辅助。对“国学”学科而言，“不同的学校可以在分享核心课程的前提下，设置不同的课程体系。具体说来，基本的经典教育，经、史、子、集、中国宗教五类重要经典的研读，是所有国学学科要设置的基本核心课程。其他内容的教育则取决于不同学校的办学理念、办学的传统、现有的师资力量等现实情况而有所取舍。”[16]综上论之，目前国内的国学班或国学教育都尚处于实验或探索阶段。并没有固定的课程体系或者培养模式。就中小学的国学教育而言，以经典导读作为主体，辅助以适合中小学生的传统才艺和文化知识的培养，也是目前各地中小学国学教育的主要发展方向。即建立在以经学经典的学习和传统文化知识（也包括技艺）层面的文史哲艺的综合型学习的基础上。
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