鉴于主要保护对象是体量较大、地域分布集中在不同块段、相对比较稳定的喀斯特地质地貌景观这一特点，将武隆喀斯特世界自然遗产进行功能分区和分区保护是最科学的方法。武隆喀斯特世界自然遗产划分为核心景观区和重要景观区；缓冲区内划分出生态保育和风景环境保护区、服务接待区和一般控制区。
核心景观区（品位最高、符合世界自然遗产标准的特殊自然景观分布的区域）
规划要点：严格保护本区内的自然景观。
最重要的保护对象是：芙蓉洞、汽坑洞，三座天生桥及其间的天坑、中石院天坑、天生桥所在的羊水河峡谷、龙水峡地缝式峡谷，后坪箐口天坑、二王洞、三王洞等。保护好谷地、峡谷和地下河中的水流的水质和水量；芙蓉江峡谷两岸岸坡地带为珍稀动物活动的重要的场所，对其自然生态环境严加保护；严禁对原有地貌和地质形成物作任何人为的改变，严禁开山取石、引水。
重要景观区（不可再生的、具重要科学价值、美学价值和旅游价值，但尚未达到“世界上最杰出的”的这一标准的自然景观分布区域，此区紧邻核心自然景观，和核心景观区共同组成武隆喀斯特世界自然遗产）
规划要点：核心景观区的规划要求基本适用于本功能区，只是在严格程度上略有放松。此区内有少量居民点，应尽量控制人口总量。对于破坏景观或与环境不协调的现有建筑、构筑物应于拆除或改造，严格控制居民点建设，发展生态农业。
主要保护对象：芙蓉江盘古河至芙蓉洞峡谷段及谷坡以上部分；洞坝洞、新路口洞等天星其他竖井洞穴；白果伏流；仙人洞、七十二岔洞、龙泉洞等洞穴；天生桥群东面和西南部的天坑等；二王洞及三王洞上游的若干冲蚀型天坑、阎王沟峡谷等。（图6-5，6-6）
这些景观的重要性虽然比不上三座天生桥、芙蓉洞、箐口天坑、二王洞、三王洞等，但它们也是罕见的自然景观，并且是整个喀斯特地貌—水文系统的重要组成部分，在探讨地壳发育演化历史方面有不可替代的作用，为重要保护对象。
图6-5 竖井探测
图6-6 阎王沟峡谷(www.xing528.com)
生态保育和风景环境保护区（这一区域面积较大，包括武隆喀斯特世界自然遗产周边的山地、各河流的河源区。）
生态保育区主要指生物群落或生态环境受人为干扰较少，地貌景观有一定价值，基本保持原生状态或具有恢复原来生态环境的潜力的森林分布区。它们是珍稀动物栖息地。缓冲区内的生态保育区主要是在芙蓉江风景名胜区和后坪片区内，有大量珍稀动植物，区内人口稀少，生态保育甚好。在天生桥景区的外围也有大片风景环境区。
生态保育区要完整保护现有生态系统和地带性植被。对局部次生林、人工林根据植被抚育和绿化规划进行封山育林，力求恢复原有的石灰岩山区的地带性植被；保护好所有的地物地貌，禁止开矿采石、伐木毁林、捕猎动物；除保护设施外，不得修建建筑物；只能开展适量的旅游活动，必须按规划确立的游线对游人开放。
风景环境保护区的首要功能是保护好水源的水量和水质，特别要保护好天生桥景区上游的水质和水量，切实保护好芙蓉江的水质。
服务接待区（旅游服务接待中心基地）
应慎重选择服务接待中心基地。旅游服务接待中心基地的建设必须结合当地的自然环境条件和经济发展条件，以免造成对当地环境的过大压力，及对景观资源造成冲击。武隆喀斯特世界自然遗产内不安排服务接待基地，接待服务主要由武隆区城区承担，位于芙蓉江和乌江交汇处的江口镇承担次要接待功能。江口镇在缓冲区范围之内，已有一定基础设施，且位于芙蓉江芙蓉洞遗产地的下游，只要严格限制旅游服务设施和居民人口的过度增长，不会对遗产地的环境造成负面影响。
一般控制区（缓冲区内除风景环境和生态保育区、服务接待区这两个功能区以外的区域）
目前主要包括农村居民点及其周围的农田、果园等生产用地。该区景观价值虽不十分突出，却是喀斯特景观不可分割的组成部分。应特别注意以下几点：保护基本农田，喀斯特区宜耕地数量少，应特别珍惜；维护村落的自然环境，如中石院天坑和其内的村落，是自然景观和人文景观完美结合的典型；禁止对风景资源的直接破坏或间接干扰，禁止盲目开山采石，禁止滥伐捕猎；严格控制各项建设用地规模，控制建筑密度和容积率。建筑物的体量、风格、色彩应具有民居特色，形成与环境相协调的田园风光；改进农业生产结构，积极推进生态农业，提高经济效益，力求与风景游览协调。
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