我国股份合作企业，从以上所述的自80年代自发产生以来，大概经历了三个发展阶段。
（一）萌芽阶段（大致自1982年到1987年）
在此阶段，股份合作企业正处于起步时期，股份合作制这种形式正应各地农民的现实需求崭露头角，并形成了自己的雏形。而当时家庭联产承包责任制正轰轰烈烈地实施并暴露出问题，此新兴的企业形式的诞生，无疑为农村经济注入了一股鲜活的力量，受到广大农村的欢迎。比较典型的有三个地区：浙江省温州市、山东省淄博市周村区、安徽省阜阳地区。就以温州为例，温州地区是我国农村经济体制改革后个体私营经济发展最快的地区之一，而这种经济形式在发展的过程中凸显出一些问题，如，缺少资金，规模过小，交易成本过大等等。而股份合作企业这种形式正是温州个体家庭工业自发寻求的一种联合和合作形式。据调查，当时温州地区在80年代初就已经出现了2万多家的联户企业。
（二）实践阶段（大致自1987年到1990年）(www.xing528.com)
在这个时期，由于党中央及政府对股份合作制的发展给予了支持和肯定，并进行了一些实验，因此全国各地农村在继续对股份合作制进行探索和实践的同时，逐步走向规范化的轨道，显示出了成批产生，规范设立或改造的特点。如上述的1987年中央5号文件中所提出的建立农村改革实验区便是当时的重要项目之一。根据文件精神，改革试验的内容主要有六项：（1）明晰企业财产权属，合理确定股权，探索企业的资产管理机制；（2）探索股份合作企业的积累机制；（3）探索股份合作企业政企分开、两权分离的管理机制；（4）探索股份合作企业亏损或破产时资产的补偿和处理办法，建立盈亏共负的风险利益机制；（5）建章立制，为各类股份合作企业提供示范；（6）建立与股份合作企业相适应的股票流通市场，制定股票管理办法，建立股权流转机制。围绕着这些试验内容，试验区还成立了专门的领导小组及办公室。如温州市为了更好的试验，还发布了《关于农村股份合作企业若干问题的暂行规定》。最终，试验区对股份合作企业的试验取得了成功，这为下个阶段的股份合作企业的全面推广提供了很好的示范，以及理论上的指导。
（三）推广阶段（大致自1990年至今）
此阶段，股份合作企业发展更加迅猛，由于在农村进行的成功实验以及所取得的一系列成果，城市也开始青睐这种企业形式，因此，股份合作企业在农村继续规范推广的同时，也迈开步伐向城市挺进了。其逐渐成为城市集体企业和中小型国有企业改制的重要选择形式，被大范围的推广之后，相应的规定也纷纷制定出来用以规范。此时，股份合作企业显示出了巨大的活力。根据国家体改委联系的综合改革试点市县的不完全统计，国有小企业改革所选择的主要形式就是股份合作制，约占总数的35%。1996—1997年山东省诸城市在进行产权制度改革的国有小企业中，实行股份合作制的有210家，占改制企业的77.2%，江苏淮阴市也将160家国有小企业改制为股份合作企业[21]。到了2002年底股份合作企业又有了长足的发展，浙江温州市股份合作企业的数量比1992年增加近7倍，实力和规模也越来越大了[22]。在农村，股份合作企业已经成功由实验期走向成熟，1990年农业部发布的《农民股份合作企业暂行规定》正是一个标志，第一次对股份合作企业进行了比较全面的系统的规定。而在城市，股份合作企业也成为了中小企业改革的重要选择形式。山东省诸城市、广东省顺德市、四川省宜宾市、上海市等分别进行了城市中小企业股份合作制改革的实验。[23]而全国各地方政府和和政府有关部门也分别制定了各种有关股份合作企业的规定、条例、暂行办法等法规和规章。如1993年轻工部的《轻工集体企业股份合作制试行办法》，1994年劳动部的《劳动就业服务企业实行股份合作制的规定》，1997年煤炭部的《关于煤炭行业发展股份合作制企业的若干意见》。
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