机构职能交叉重叠是我国风险规制组织架构中面临的突出问题，这种多头管理的体制至少在两个方面影响了政府规制风险的能力：一方面，多头管理导致执法资源分割，大大影响了执行力——由于法律职权、技术设备分散在不同机构手中，对同一事项的规制需要其他部门的配合，这种协调需要大量的成本；另一方面，多头管理导致对责任政治的背离——它导致职责划分不清，形成规制失败后却无人对失败负责的情况，从而使规制机构缺乏积极履行职责和适应情况变化的政治压力。
客观而言，现代国家的规制任务不断加重，往往导致在原有机构之上新设机构，却没有对新旧机构之间的职责做出明确的划分，这是很多国家存在的一个现象。[47]但比较一些发达国家的做法，至少有两点值得借鉴：
第一，由于法律对监管机构的职责和监管目标有明确规定，因此，即使存在职责相互重叠，监管机构也很难推卸自己的责任。以美国对转基因生物的管理为例：食品药品监督管理局 （FDA） 依据 《联邦食品、药物和化妆品法》，负责确保经过基因工程制成的或衍生的食品与其对应的用传统方法制成的常规食品同样安全，其目标是确保食用安全；农业部 （US-DA） 及其下属的动植物检验检疫局 （APHIS） 负责抗病虫害转基因植物的进口、洲际释放、环境释放等，其目标是确保种植安全；环保署 （EPA）依据 《联邦杀虫剂、杀菌剂、杀鼠剂法》，负责微生物或植物杀虫剂、现有农药的新用途、新微生物制剂监管，目标是为了确保环境安全。由于法律清楚界定了各自领域的监管目标，只要发生事故导致自身监管目标未实现，均要承担责任。同时，一些法律还设置了兜底条款，例如，根据 《有毒物质管理法案》，美国环保署要对所有未受其他机构管理的化学物质（如非用于食品、药物、化妆品和农药） 进行管理，特别是针对用于工业的转基因微生物，这样避免了监管空白。
第二，各机构之间有制度化的协调机制。仍以美国对转基因生物技术的监管为例，由于各个部门根据各自负责执行的法律从不同角度监管转基因生物产品，可能发生冲突。1984年，美国白宫科技政策办公室 （STP）公布了 《转基因管理的协调框架》，确定对转基因产品在现有的法律框架下进行授权和管理，1986年，OSTP完成了这个框架，规定：食品药品监督管理局 （DA） 负责转基因食品和饲料进入食用市场的监管；农业部 （US-DA） 及其下属的动植物检验检疫局 （PHIS） 负责抗病虫害转基因植物的进口、洲际释放、环境释放等；环保署 （EPA） 负责微生物或植物杀虫剂、现有农药的新用途、新微生物制剂监管。此外，APHIS 和EPA 共同构建了抗除草剂类转基因植物的管理框架，其中APHIS 主要负责植物，尤其是抗除草剂转基因植物的管理，EPA 主要负责抗除草剂植物的农药及相应除草剂的使用的管理，同时二者又共同针对植物和微生物的田间试验阶段进行监管和许可。[48](www.xing528.com)
因此，借鉴上述做法，我国风险规制领域监管机构设置的科学化应当同整体的行政管理体制改革同步推进，并坚持两点：
第一，坚持职权法定。监管部门的职责确定要奉行职权法定原则，即监管机构基于法律而行政，职能边界和履职方式由法律确定，“无法律即无行政”。这要求建立立法先行的长效机制，监管机构职能范围的设定严格遵循职权法定要求，政府根据社会生活变化需要调整职能范围或者在不同监管机构间调整职权配置的，应当通过立法或者修改法律，不得随意以形势变化为名任意调整，导致职权交叉与不清晰。
第二，建立部门间制度化的协调机制。当下部门间协调的制度化程度低，主要还是通过领导人的权威性来协调解决问题，这导致行政机构间无法整合力量，公共行政沦为部门行政。因此，加快部门间协调制度的建设，通过建立协调启动制度和部门间的协调程序制度，强化监督和追责制度，加强综合性协调机构和机制的建设，突破传统的 “一事一协调” “一时一协调” 的限制，来建立部门间协调的长效机制。
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