政策考量、个人偏好可能深刻地影响风险评估，这反映了服务于监管决策的科学的复杂性：在纯粹科学领域，科学是为知识而知识的，科学家并不回答 “如何做”，而只需回答 “是什么”。在这一导向下，科学家的议程被现有的理论和数据所设定，并满足于一步步推进，“还不知道” 并不构成科学上的失败，它仅仅设定了下一步的研究议程。但是，监管活动必须针对一个具体案件或者政策在有限时间内回答 “如何做”，因此，科学的中立性将可能受到扭曲：一方面，由于研究最终服务于决策，对科学家存在巨大诱惑——无论这种诱惑出于政治压力还是自身的偏好，超越专业能力去直接回答 “如何做”；另一方面，由于监管部门必须在有限的时间内做出决断，即使做出科学判断的信息并不充分，科学家仍需要运用经验与模型估测 “是什么”，但由于估测没有充分的信息做支撑，相应的判断其实只反映了 “我们认为是什么”，这很难说是完全科学的。[66]正如有学者总结的那样，在规制过程中对科学的过度倚重可能忽略了四个重要的问题：①并不是行政机关面临的所有问题均是有科学答案的，经常出现的情况是，当确定了问题以后，管理者才投入资源去研究这个问题；②科学并不能提供所有的答案，科学本身是基于不断变化的理论和不断变化的实验的；③在一个短时间内收集的科学信息很少是有用的；④科学数据往往需要解释。[67]
因此，如果只宽泛地要求风险评估确保科学性，却不提供有效的制度安排防范科学性受到侵蚀，将导致实践中的风险评估在论证方式、对证据的解释、对数据的采用等方面表现出明显的倾向性，这最终会导致科学权威的丧失，使监管决策无法获得公众支持，在科学界亦遭受冷遇。
那么，进一步的问题是，这种政策考量、个人偏好对评估科学性的影响能否被法律克服？这需要具体的分析：
首先，针对风险评估的越界问题，如果法律可以将监管决策明确划分为事实探究和政策形成两个阶段，将风险评估的任务严格限定于前者，将成本效益分析等带有政策权衡的活动放在后者的程序中进行，则可以在很大程度上防止两种分析相互干扰，确保各自按照自身的判断规律进行：让科学部分的分析更加客观，以获得更高的科学权威；让政策的部分权衡更加清晰，使民主机制与法律制度能够更好地对其规范。
其次，针对风险评估内在不确定性形成的政策、偏好影响空间，由于其根源于现代科学内在的局限，或无法根本消除。但是，法律如果针对不同类型的不确定性给出科学的管理方案，则可以在很大程度上限制这种影响的范围：(www.xing528.com)
第一，科学家在不同选择的适当性上，会有大量不同的意见，在考虑是否使用一项研究数据时，往往混杂了事实、经验、直觉、个人价值判断。这时，选择主要依赖于科学经验判断。这类偏好、价值观等对评估的影响是无法根本消除的，但可以通过良好的专家遴选机制等使其得到限制，防止个别的偏好得不到其他观点的制约，累积形成系统性的偏见。[68]
第二，如果没有客观、统一的科学标准，评估者选择某一方法可能基于其政策的含义。例如，上文所论证的，在用尿碘水平判断特定人群碘是否过量时，如果政策考量需要对碘过量持更宽容的态度，则可能将过量作为标准；相反，如果政策考量需要更高程度的谨慎，宁可过度保护而更大程度提示风险，则会选择超过适宜量作为标准。这种政策考量与评估过程的科学内容相关联，是在知识不充分的情况下不得不选择的科学政策。这种政策亦是不可避免的，毕竟，当信息不充分又没有统一的预测方法时，必然使用某些带有政策含义的规则来形成共识。但是，为了防止这种政策考量专断地进行，应通过制度确保以下内容：该评估政策被充分披露并在科学共同体内得到有效讨论与完善；该评估政策有机会随着科学认识的深入而及时得到修正；该评估政策导致风险被夸大或者低估的不确定性被充分披露；科学共同体对该评估政策替代方案的讨论被充分披露。
第三，某些情况下，政策制定者可能基于政治、经济、社会因素已经形成是否规制某一物质的意愿，去干涉、引导、暗示风险评估活动。实际上 《碘盐风险评估》 就无法摆脱此类怀疑，例如，报告透露出，卫生部门是在已确定继续实施全民食盐加碘政策，只是下调碘添加量并授权各省可以根据当地情况对碘添加量进行调整之后，才委托风险评估的。[69]政策定论在前，风险评估在后，风险评估很容易沦为为政策做背书的工具，已经从性质上背离了科学性的要求，是法律不能允许的。
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