即使风险判断符合证据的现实，在证据并不确实、充分的情况下采取预防措施，也可能是过度和不必要的。毕竟，风险预防原则从其概念界定而言是一种目标设定的法则——它聚焦于将保护水平达到一定标准，但却对其措施的影响缺乏兴趣。由于风险预防原则本身并未对预防措施施加任何法律上的限制，风险预防措施超过限度便不是理论上的想象，而具有现实可能性了。这不仅导致个体自由可能被不必要地限制，还可能导致以下严重问题。
1.过度干预不能从整体上消减风险
风险预防的目的在于有效消减风险。但是，基于特定风险采取的预防措施往往忽略了预防本身可能造成的其他风险，从而可能无法在整体上消减风险。具体来说，风险预防措施引发的风险可能源自三个方面：产生替代性的风险；阻止了承担风险可能带来的潜在收益；风险预防措施本身存在风险：[141]
第一，风险预防可能引发替代性的风险。行政机关如果认识到特定的物质、产品或者活动具有风险，并基于风险预防原则对其进行限制甚至禁止。那么，受影响的个体可能会转而使用其他同样具有风险的物质、产品或者进行其他有风险的活动。这样，对某一方面风险的预防可能引发其他方面风险的上升。例如，禁止抗虫类转基因作物的种植，有可能导致农民更多地借助杀虫剂抑制害虫，这同样会对环境和消费者健康产生影响。从风险预防原则的实际使用来看，其预防的往往是新出现的风险，从而促使消费者依赖同样有风险的旧产品。这阻碍了新技术的运用，却没有在总体上消减社会风险。
第二，风险预防可能导致伴随风险的潜在收益丧失，这是一种新的风险。例如，基于对潜在风险的担忧而限制转基因作物开发，将导致本来可以从这一技术中获得的收益丧失：一方面，作为一个人口大国，又处于快速的工业化、城镇化进程之中，耕地、水资源等约束明显，如果没有有效的科技创新和应用，可能影响粮食安全这一战略的实现；同时也妨碍了疾病治疗技术的发展和饥饿问题的解决；另一方面，现代农业转基因技术的发展已经突破早起两种基因打天下 （如前所述，是抗虫和抗除草剂） 的局面，而开发出大量具有影响的改良的转基因作物品种 （例如，黄金大米），过度的规制可能导致无法享受从技术进步中获得的影响改善、疾病治疗等益处。
此外，对于特定物质、产品或者活动进行干预的措施本身可能是带有风险的。决策者在使用风险预防原则时常常忽略预防措施本身引发的新的、独立的风险。实际上，当政府通过一系列的手段规制风险时，它实际上是在进行一项前所未有的努力，即，在科学不确定的情况下防止发生无可挽回的生命、健康损失的需求，与国家只有有限的资源解决社会稳定这一现实之间寻求平衡。过度规制导致这一有限资源的浪费，必然影响解决其他问题的能力。(www.xing528.com)
2.过度的规制会引发巨额成本
考虑到所有的预防措施都会引发一定的社会成本，在大多数情况下，政府都不能以零风险作为预防的目标。但接下来的问题便是：多安全才算是安全？在不确定的情况下，行政机关很难决定使用何种强度的干预措施，而政治压力会促使决策者倾向于从谨慎出发，用比较严格的标准来限制风险。他们试图完全消除可以预见的风险，即使成本巨大而收益甚微。美国环保署的一位官员就声称，就有毒废物清理而言，大约95%的危险物质可以在几个月内就清除，但是我们却要花费很多年去力图清除最后那么一点点废物。[142]
这种成本与效益的比例失调并不能解释为生命、健康的价值不能用金钱来度量。政府只有有限的资源，忽略相称性的做法实际上导致行政机关无法在预防的深度和广度上做出很好的平衡：对某种活动严格的规制所要求的额外资源势必削弱政府规制更多风险的能力。[143]将大量的资源花费在那些收益很小的活动上，由于没有考虑到所丧失的挽救其他生命、健康和财产的机会成本，实际上导致没有在相互竞争的价值间进行清楚的衡量。[144]
风险预防措施潜在负面影响深刻反映了现代社会中风险的复杂性和系统性。集中于特定风险的预防思维有可能忽略了干预措施的系统影响和承受风险的潜在收益，从而无法平衡相互竞争的利益。[145]有学者甚至认为，风险预防原则只有在人们只关注当前需要解决的问题时，才能提供有效的指引。[146]
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