政府作为公共利益的维护者面临两个共生但又冲突的目标：一方面，必须建立预防机制，以免人民无助地暴露于风险之中；另一方面，又必须塑造有利于产业发展、科技进步的环境，以满足人们对发展的诉求。因此，实践中，政府监管必须既确保潜在受影响的法益得到充分保护，又要防止过于浮滥地规制风险而导致一些创新性的活动动辄得咎。[31]
然而，产生于工业化、技术进步不间断进程中的风险，其本质特征便是不确定，政府如果对其基于预防目的采取规制手段，必然是欠缺经验法则，也必然依赖不断变化的科学预测。其结果便可能是，政府在采取风险预防与控制手段时，人民能够清楚地感受到其行为自由受到限制或被科以义务，但是，相对于具体受到限制的另一端，究竟有多少风险因此被控制或降低了，却不易感受。至于国家所欲确保的安全是否真已达到，更是往往不得而知。[32]在多种法益难以平衡的情况下，有关科技运用的监管决策不可避免地陷入进退维谷的境地。
实际上，前述关于农业转基因生物技术对健康、环境影响，大量不确定性的存在引发了广泛的争论，且各种争论难以获得共识：反对人士认为，由于转基因生物技术的广泛运用可能发生严重并不可逆转的危害，因此，应该等待科学进一步发展并消除不确定性的前提下才能应用科技成果；而支持转基因技术的则主张，转基因食品商业化十多年来，至今未曾出现过转基因食品安全事件，因而是安全的，不构成现实的威胁，不应采取措施限制，以免损害国家对高新技术的掌握并影响产业的竞争力。[33]
信息不充分导致监管决策处于左右为难的境地并引发监管政策的进退维谷，而且很难依据科学证据与法律规范决策。对此，表现最为典型的便是我国对于转基因水稻商业化种植的审批流程：1999年，农业部受理了华中农业大学研发的转基因水稻安全评价申请，经省政府部门审核、安委会评价和农业部批准，研发单位于1999～2000年开展了中间试验、2001～2002年开展了环境释放，2003～2004年开展了生产性试验，2004年申请转基因水稻生产应用安全证书。然而，对转基因技术的巨大争论导致决策者对是否将其推广于水稻这一主要粮食作物非常谨慎。
为了推动决策部门予以审批，主持该项研究的中科院院士张启发领衔5名院士和其他11名专家，以中国科学院学部 “我国转基因作物研究和产业化发展策略” 咨询组的名义，发布了 《对我国转基因作物研究和产业化发展策略的建议》 并上交国务院，该建议主张，转基因水稻已经完成了商品化生产的各种安全评价程序和实验环节，未发现存在安全性风险，具备了区域性商品化生产的条件，应迅速批准商品化生产，从而达到占领市场先机、增收和改善生态环境的、促进我国农业生物技术企业的形成等效益。[34]对此，专注于推动抵制转基因生物技术的绿色和平组织 （Green-Peace） 立即予以回应，发布了 《中国转基因水稻对健康和环境的风险》。[35]
绿色和平组织等反对转基因的组织动员起到了一定的作用，监管部门对转基因水稻的安全评价采取了相当慎重的立场，根据其安委会的意见，除申请单位提供的技术资料外，2004～2008年，农业部转基因生物安全监测机构对转基因水稻的分子特征、环境安全和食用安全的部分指标又进行了检测验证。[36](www.xing528.com)
与此同时，为了确保在国际科技竞争中不落后，2005年，国务院将转基因生物新品种培育列为中长期科技发展的16个重大专项之一。[37]2006年，由国家发展和改革委员会将生物产业的发展目标定位为 “十一五” 规划 “具良好竞争前景的战略产业”，对其加以高度重视，并特别强调要发展具有自主知识产权的成果 （专利权归属国内）。[38]2008年7月9日，国务院常务会议原则通过并决定启动 “转基因生物新品种培育” 科技重大专项，投入资金超过200亿元。2010年中央一号文件提出：“继续实施转基因生物新品种培育科技重大专项，抓紧开发具有重要应用价值和自主知识产权的功能基因和生物新品种，在科学评估、依法管理基础上，推进转基因新品种产业化”。[39]
在上述背景下，历经近5年的安全评价，2009年，农业部向转基因抗虫水稻 “华恢1 号” 及杂交种 “Bt 汕优63” 发放了生产应用安全证书。然而，似乎意识到这一决策将引发重大的争论，农业部选择了以低调的方式来公布这一具有重要意义的信息：早在2008年12月农业部主持召开的农业转基因生物安全管理部际联席会议，就同意发放安全证书，但直到2009年8月才由农业部农业转基因生物安全管理办公室正式批准，并在10月下旬才在其主办的 “中国生物安全网” 上公布[40]，并且混杂在 “2009年第二批农业转基因生物安全证书批准清单” 中，最先也由一家国外通讯社发现。[41]
此后，随着绿色和平组织发布这一消息和 《商务周刊》 《第一财经日报》 《中国经营报》 等多家媒体的跟进，这一事件逐渐进入公众视野。[42]一些权威的科学家对此也表达了谨慎的观点。[43]决策程序的不透明引发了舆论的严厉质疑，农业部在当年 “两会” 前后以 “答记者问” 和 “问答”等形式，陆续公布了与转基因水稻安全证书有关的部分信息。[44]同时，北京律师魏汝久向农业部申请政府信息公开，要求获取转基因水稻品系 “华恢1号” 和 “Bt汕优63” 的相关信息。农业部在书面答复中公开了转基因水稻涉及的知识产权，以及农业转基因生物安全委员会成员名单这两项信息。但是，拒绝公开两种转基因水稻的实验研究、中间试验、环境释放和生产性试验阶段的详细试验情况。
同时，对决策程序的疑虑迅速与对转基因作物本身安全性的担忧叠加，并转化为政治层面的压力，在2010年的 “两会” 中，人大和政协均有不少代表提案要求对转基因作物加强监管或者暂缓转基因粮食作物的商业化。[45]这些提案应当起到了明显的效果，已经获得安全证书的转基因水稻，其品种审定程序则被中止，至今未被受理。[46]农业部的负责人亦表示，对于农业转基因生物技术的产业化运用暂时没有时间表。[47]
这些争论深刻地反映了政府面临风险议题的一个基本环境：在认定农业转基因生物技术影响与长期效应方面，科学研究与证明仍未被完全厘清，因此决策者一方面必须对转基因科技开发、应用中涉及的基本权益例如研究自由、经营自由、财产权保障等一般意义上的行为自由等予以考量；另一方面也必须对风险承受者之法益予以兼顾，并保护消费者与产品制造者享有是否选择用转基因与非转基因产品的自由。对农业转基因生物技术的规制反映了政府对高科技应用引发的风险进行规制时面临的一个共性问题，实际上，这种争论近年来在有关气候变化、纳米技术、特高压等方面均广泛存在，其根源在于不确定导致信息不充分，无论是支持该技术或者反对该技术的人士都能够使用科学结论攻击对方，并指责对方错误地使用了相关科学知识。
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