抗清失败以后，朱集璜投水身亡。这对十九岁的朱柏庐的影响是巨大的。父亲垂身示范，朱柏庐非常敬仰父亲高洁的人格，恨不能追随父亲于地下。然而作为长子，他在父亲死后既要奉养寡母，又要抚养弟弟。“其弟用白、用皞俱幼，用商遗腹未生”，当时朱柏庐的二弟和三弟都年幼，而四弟是遗腹子。他与父亲一样，认为殉国尽忠是士大夫的责任和义务。父亲殉难而死，自己虽然出于尽孝的家庭责任而生，但未能追随父亲殉国尽忠是朱柏庐一生的遗憾和愧疚。这种愧疚伴随着他的余生，他曾经深深地自谴道：“恶德过于山积，不复可以为人！”
父亲殉难后，朱柏庐“自比王裒庐墓攀柏之义，自号曰‘柏庐’”。王裒为三国曹魏人，其父王仪被司马昭所滥杀，他痛感父亲死于非命，从此不仕于晋朝，朝廷三征七辟皆不就。王裒“庐于墓侧，旦夕常至墓所，拜跪，攀柏悲号，涕泪著树，树为之枯。”这就是“庐墓攀柏”的典故来源。朱柏庐比于王裒，自号柏庐，不仅以此来表达对父亲的怀念，还表明了自己隐居守节、不仕新朝、甘为遗民的志向。
秉承父亲遗志的朱柏庐在《清史稿》中被列为“孝义第一”。后来与徐枋、杨无咎并称为“吴中三高士”。徐枋，字昭法，别字俟斋，因其坚贞气节“与宣城沈寿民、嘉兴巢鸣盛称‘海内三遗民’”。杨无咎，字震百，号易亭。其父杨廷枢在明末殉难，他“杜门隐居十七余年。与徐枋、朱用纯相友善，三人者并以先人死忠，乃益用名节相砥砺，时称‘吴中三高士’”。(www.xing528.com)
城破父亡之后，朱柏庐与家人“脱身兵火之中，备极流离艰苦”，全部家产荡然无存，甚至于“箸头几脚，靡有遗者”。虽然家庭经济极为困难，但朱柏庐从不轻易接受他人的馈赠，自尊自立。据记载，他“僻居陋巷，布袍幅巾，裹足不出。自束脯外，决不泛受人惠”。为了养家糊口，家境贫寒又不愿做官的朱柏庐别无选择，只能去当家庭塾师。约从顺治六年开始，朱柏庐到别人家当家庭塾师。自此，朱柏庐一生以理学为本，潜心治学，教书育人，直至生命的最后。
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