探索多元化的经费分类使用模式。国外先进科研机构因其性质不同，经费来源也不同；同时，对于不同的经费来源，开展科学研究的类型也不同。对于美国国家实验室、DARPA、NIH、马普学会等承担国家战略任务的科研机构，科研经费以政府拨款为主，辅以其他外部经费。为了保障科学研究不偏离国家目标，美国能源部规定其下属国家实验室的外部经费应限制在总经费的20%以内。IMEC以与工业界开展产业联合项目研发为重要特色，产业联合项目经费成为其重要的经费来源；圣塔菲研究所的主要经费来源为私人捐助，因而其开展的多是探索性、高风险、不计成果的科学研究。新型研发机构可借鉴国外科研机构不同经费来源适应不同科研需求的经验，以政府财政经费投入为主，承担国家战略任务，并将外部经费限制在一定比例内，保障国家目标不偏移；与产业界联合开展超前1—3年的应用型技术研发，助力产业革新与经济社会发展；接受私人捐赠，用以开展高风险的、超前3—10年的、一旦成功将产生颠覆性的科研探索，提升科研容错能力。
赋予科研机构较强的经费配置主导权。马普学会实行科研经费自主管理和使用，具有较强的科研经费配置主导权，配套采取有效的经费管理评估监管机制，保障了经费的“专款专用”。新型研发机构应自主确定重点研究领域、编制预算、自主支配和使用经费，并且在特殊情况下可以适时调整预算，允许按相应比例申请经费“超支”和“结转”。同时，应灵活设立经费配置模式，强化评估机制在经费管理使用中的激励和诊断作用。对于研究时间长、耗资大、成果溢出慢，但具有前瞻引领和原始创新的基础研究项目，需要创新经费配置方式和经费评估机制，给予稳定、不受时间限制的研究经费保障，尝试引入科研项目“风险投入”的做法，大力鼓励创新的同时也宽容失败，积极塑造轻松、包容和创新的科研氛围。(www.xing528.com)
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