洋务运动时期，防军枪械最大的问题是新旧杂用，中西混杂。一省之中的防军，其枪械、炮弹都不统一，全国更不用说了。
八旗兵原来擅长骑射，负有专长，但后来因时局变迁，不得不易弓矢为枪炮。防军改用新式枪炮，但他们的操演并无定式，唯有听命于上级之所好，因此各省的饷章是不一样的，演练方式也是不一样的，所用的枪械也不一致，可谓五花八门。“故金川之勇能习碉剿，传重庆之勇过山越涧如履平地，粤之匪乱则赖洋枪队以成事，唯有可观。然近来讲习洋操，将帅意见各别，延教习则各国不同，购枪炮则诸式互异，兼习则技艺不精，分习则步伐不一，而弊又生矣。”[46]
防军的器械不精，在不同省份的表现是完全不一样的，总的来说操练不讲，军纪不严，器械不精，是一种普遍现象。当时比较精锐的北京神机营，仍沿旧制，所用鸟枪、抬炮，难与洋枪、洋炮争胜，所以在甲午战争后军机大臣在上奏中建议，“请悉用新式枪炮，迅速改练西法”。奉天、吉林、黑龙江三省防练各军操法未能如式，军机大臣提议请将北洋武备学堂新练旗兵分拨赴该三省充当教习，并拨充神机营教习。宋庆营制队伍过于涣散，请统改500人为一营，“亦照新法训练”[47]。
这些弊病，诚如后来袁世凯所奏，从前湘、淮各军所募之初，其选择也备极慎重，所有格式、保结等类非不条理精详，后来日久弊生，仍浸失其本意。结果武备废弛，愈弛疲弱，比比皆是，这主要由于训练的不得法，同时也因为他们选募之不精。
各地防军大都就地选才，滥竽充数，非市井、游惰即革勇、逃卒，混迹其中。操防稍严，辄不耐勤，动不动就离开军营，潜遁他往。作为官长，往往不加严管，漫不顾惜，或缺额不补，或随时募充，往往视兵丁之去留为无关轻重的事情。“往往成军数年，而经练之熟手十无其二三，无异新集之师，几类乌合之众，一旦有警，仓猝出征，兵刃未交，望风而逃，不可收拾。更有甚者，失伍之后，到处结伙抢劫，扰民滋事，无所不为”，“国家岁靡巨饷，乃不获一兵一卒之用，民间反受逃兵溃卒之害”[48]。
在此情况下，光绪末年，清政府曾想对此进行整顿，结果却并不如意。
1900年，清帝下谕：“内阁侍读学士裴维安奏，官军纪律不严请旨惩办一折，行军以纪律为先，果如所奏，官军任意剽掠沿途、抢夺妇女，营官视若故常，拔队时随意留遣至数百人之多，实属大干法纪，若不严行惩办，无以申军律，而顺民情，着岑春煊确切查明，将该管营官从严参办，滋事兵勇即行正法，并饬属妥筹资遣，毋任流离失所。”[49]
此外，防军中普遍存在统将事权不一、上下不能融洽、号令纷歧、刑诛过当等问题，这些问题在一些省份表现得十分严重。
强占强取，这是防军中所存在的严重土匪习气。营勇抢盐之事就是其中之一，这种事情的发生并非偶然。江苏盐琢营哨弁王永昌，自恃与哨官吴家正姻亲，率领属勇到奉贤红庙地方，抢劫穷民张照铨家门外盐斤，导致乡民激怒，烧死多人。该弁勇等行同土匪，固属咎由自取，而该乡民等既能捕获，并不送官究治，辄行致死14人之多，实属凶残，无视法律。地方政府将滋事要犯勒令缉拿，讯明惩办。奉贤县知县陈熊才，疏于防范，该营官等约束不严，均难辞咎。政府下令将陈熊才摘去顶戴，统带缉私营候补道丁兆基摘去翎顶，统带哨官候补游击吴家正即行革职以示惩罚[50]。
防军中强占强取，违犯军法，也是常有的事情，勇丁固有难逃之罪。误犯军法，将帅应有原谅之情，但是也有“法非故犯，亦非误犯，以帑项养育之勇，为将帅自营其私，而勇丁无所沾染，即欺压鞭策过严，又苦克剥太甚，欲留不愿，欲归不得，度日无计，度岁无资，怨气所结”，于是就“或杀数人以示威，或至杀数百人以绝祸，贪暴残刻，耳不忍闻”[51]。
以上这些弊端，有的是防军各营的通弊，有的是此军所有彼军所无。有的带有普遍性，有的带有特殊性。
当时，已有人指出防军问题的严重性。(www.xing528.com)
统将事权不一，勇丁占籍多虚，散处分屯，器械不精，操练不讲，废弛相仍，一复一日，将与当初制兵情形如出一辙。各省将弁虽多，廉洁奉公朴诚之员甚少，将领不能融洽，号令纷歧。所以必须精练勇营，只有合数人分辖之勇统于一人，各处分驻之营聚于一处，才能责任专而纪律严肃。各省防勇，多者万余人，少者亦数千人。如每省选结实可靠的提镇大员，派充总统，将各省营合并驻扎，逐日教练，一律改换后门洋枪，用西人之法以练其纪律，密行操之期以练其筋骨，严约束之令以练其心志，习劳苦之事以练其材武，这样就可以得十数万劲敌之师，自足壮国威而维大局。[52]
清政府在中日甲午战争后进行的所谓练兵，是具有一定道理的，因为当时中国武备废弛已非一日，御侮之资则又非兵不可，正所谓防备又不可一日疏忽。以当时中国幅员之广，各口防兵统而计之，何止数百万。但是自从荡平内乱以后，各防营坐镇雍容，除每月例操阵式、步伐外，莫不虚靡饷项，行所无事，而操演时统带既未必亲临，营官亦未能督率。“鼓声未起而头站已先行也。金声已止而末站犹未临也。旗门乍开而笑声或大作也，洋号已止而枪声或不闻也。在上者固视为具文，在下者皆虚应故事，此种空有其表之兵，以之扰民则有余，以之御寇则不足，以之耗饷则有余，以之制胜则更不足。”[53]大凡各口防营，有兵几等于无兵。
1879年底，湖北提督郭松林已经指出了防军的弊病。郭松林跟随李鸿章统兵十余年，转战于江苏、闽、浙、直、皖、豫、鄂、陕等省，历经各种战斗，对于兵情的了解还是比较透彻的。
清末时，清政府对于防营所存在的积弊，多次下谕令要进行整顿。这也包括政府对水师的整顿期望。
1903年，清帝下谕：“署江西巡抚复岩奏请整顿军政一折，据称，江西内河水师积弊甚深，如孱弱充数，短雇应名，擅离炮船，上岸滋事，久已习为故常，而每遇更换营官、哨弁，均须垫支顶脚银两，营弁既输巨资，即取偿于空额及接手之员，恶习相沿，营务万难起色，现拟更定营制，遇有各项情弊，随时撤参，并严禁顶脚名目，等语。此等积弊恐他省皆所不免，营务废弛至此，言之实堪痛恨。着各省将军督抚一体严查禁革，切实整顿，如再敢阳奉阴违，即行从严参办，并予按法重惩，总期力除甸习，饷不虚靡，兵归实用，以符朝廷绥靖地方之至意。”[54]
以云南省为例，该省从防军到新军的演变过程中，不管是防军还是新军，都存在饷、械、将三大问题。
“军兴以来，滇饷俭于天下，盖当时所谓练兵者，但以本地之人击本地之贼，未尝征调远出，事平则优游坐食，与绿营无殊。故遂习而安之，其饷章固无湘、楚、淮、军悬绝，营制亦判。然不同偷惰因循安于固陋。一旦束以新操，更不胜其繁重，加以迩来银价日贱，物价日昂。食用愈形支绌，以故应募者渐稀，而已入伍者亦畏，而思遁。”[55]
这就是因为防军的军饷不够而造成的问题。饷不够丰，就会造成其他问题，如器械不精良、操练不努力等。
后来，滇省防军改练续备军，“日递加银数分者，所以遵军情也。然虽有增加，而视湘淮军制尚有不及者。又限于财力，苟合苟完也。饷既略充，器械不精良，操练亦难见效。谕旨亦虑及之，现在各国禁运军械出口，无从购办。滇省前由津沪拨济枪支多系旧式，已不合用。而运道维艰，需费过巨，拟设局扩充制造，又以工匠难求，款项无出。今日行军根本所系尚须设法以求之者，至将领之才，滇省尤缺。现设相当规模营新操，学堂挑选技法弁，都守以下年力精壮志趣向上者，入堂学习，冀开风气，以备将领教习之材。然外国将才由学问而出，加以阅历则其事顺而易，中国将才由阅历而出，返之学问，则其事逆而难，此其大比较也”[56]。
这三个问题甚至影响到后来新军的建设。云南省后来的常备兵和续备军建设中，限于经费，其军队士兵的数量就不会很多。常备兵的建设，只有步队12营，炮队3哨，工程队1哨，合共4000人。续备兵的建设，只有步队24营，合共6000人。后虽有扩军计划，但始终不能如愿，难有大的进展。
总而言之，防军作为一种新式军种，在洋务运动时期，存在诸多的问题，诚如时人所指出的：它的士兵是当年百战之余生，“然少者壮，壮者老，老者死，辗转募补游手无赖，屏杂其间，统率各员以缺额为故常，侵饷为能事，酬应奔竞取悦当途，勇丁亦多有游惰，性成沾染，嗜好渐兴，营兵无异。自天津淮军、新疆湘军、长江水师三大支外，各省零星数营驻防，边远疆吏之耳目不及，将领之习气益深，器械朽窳，勇丁甚少，甚或毫无纪律，酗酒、渔色，散处民间，大吏偶有访闻，或将更调，则借端规避，百计弥缝，务遂其私而后已，识者谓，不出三十载，勇营之弊将有更甚于营兵者”[57]。
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