咸丰以后，由于制兵不可用，全赖防勇平乱和驻防，但内地安定以后，防军的无用也明显地体现出来。尤其是到了洋务运动后期，防军的问题越来越多，弊端也越来越严重了，其中勇丁混杂，军籍空虚，就是一个重要问题。
晚清时期，中国军队的腐败现象确实已经不堪设想了。八旗、绿营兵的孱弱现象就不用说了，即使是淮军、湘军向来号称骁强，而承平已久，三十余年不见其有更多的制度上的变革，原先军中的幼者渐变而壮，壮者渐变而老，老者渐变而亡，没有什么战斗力了。以这样的军队来折冲御侮，难有希望，他们大半都是退缩不前的人，即使有愿意戮力疆场的人，也是少数。而统领及营哨各官弁，每每从而摧勒之，或者克扣，或者摊派，每月四两二钱的饷项，最后能拿到手的不及洋银三四圆，而又每年大多只发十个月的饷额，则每营例设五百名者，实数不及二百人，“以致统领营哨各官弁无一不宦毫充盈，日徜徉于花天酒地中，视各勇如奴隶如犬马，而尚望其杀敌，果能乎？”[28]
防军因为是招募而来，所谓招募时间一久自然就会濡染很深，那么招募的防军也与原来的绿营差不多了。练兵一久，其弊端百出，练兵也与原来的绿营差不多了。所谓的长江水师，后来自身的弊端更是不少。1867年德弁西铎提建议，1881年德弁瑞乃尔也提建议，请中国及时采用德国军事制度，改练陆兵，“指陈详书，无如积习已久，势难聚更”[29]。
这说明当时中国防军士兵的来源成分很复杂，有不少游手无赖的人充当勇丁。他们平时忙于应酬，游惰成性，与原来的绿营无异。
今各省所留之勇营，大抵当年之精卒百战之余生也。然少年壮，壮者老，老者死，辗转募补，游手无赖，混杂其间，统率各员，以缺额为故，常侵销为能事，酬应奔竟，取悦当途，勇丁亦多有游惰性成沾染，嗜好渐与营兵无异。自上而下在津淮军、新疆湘军、长江水师三大支外，各省零星数营驻防边远，疆吏之耳目不及，将领之习气益深，器械朽窳，勇丁甚少，甚或毫无纪律，酗酒渔色，散处民间，大吏偶有访闻，或将更调，则借端规避。百计弥缝，务遂其私而后已。谶者谓，不出三十载，勇营之弊有更甚于营兵者，方今外患循生，内忧未已，厘金不减，捐纳不停。此项饷需，岁竭度支之半，民力尽矣，国计虚矣，各弁勇收殓挥霍之赀，皆四海穷民之泪珠膏血也。[30]
防军的积弊与八旗、绿营比起来，又各有不同。八旗兵的弊端是时势所为，所谓天也。绿营兵的弊端是法制为之，所谓人也。防军的出现，可谓是尽人力以回天运。八旗兵经历了二百年，逐渐衰落，情有可原。可是，防军才几十年，就产生了严重的积弊，那就不好为它说项了。绿营兵的问题是因为其制度中饷薄势分而造成的，这还情有可原。可是，防军中勇营的饷银如此优厚，而积弊还如此严重，那更让人怀疑了。
防军成员多来自田间，他们朴实耐劳，历行战阵，骁勇善战，战斗力强，八旗、绿营是不能比的。可是战事平息后，承平既久，“不知战事，酣泰嬉游，亦耽安逸，且有所谓游勇者，忽而入伍，忽而离营，诳骗劫掠，无所不为。恶习渐染，欺负良民。一经当勇，终身不能归农”[31]。
因此，防军的士兵来源成分十分复杂。绿营全都用土著，柔脆、文弱者皆可以补伍。又兼营生计，借以糊口，苏抚标兵多有工刺绣者，舍长枪大戟而用细针密线，传为笑柄。勇营则可募于风气强悍之区，以类相从，自成劲旅。所以能胜于绿营。问题在于，洋务运动时期防军仓促召募，择乞丐闲民，滥竽充数，或平时缺额，急则滥补，这是一个严重的积弊。
1895年，广西按察使胡燏棻在上奏中指出，防军的重大问题是兵源太杂，并说募兵不可太杂。他强调说：“今各处所招之勇，急于成军，不暇选择，乞丐无赖混杂其中，艺未练成，驱以赴敌，一经临阵，望风而遁，反以利器资敌，沿途更肆焚劫，日后又投别军，仍蹈前辙，以致屡战屡败。”
胡燏棻认为，要改掉这个弊端，“必先由本籍地方官查取住址亲族，年在十六以上二十以下者，方许入营当勇，以杜将来逃亡之弊，到营时先验材，不入格者当即剔退”[32]。
在随后的军机大臣奏议复胡燏棻、伍廷芳各折，其中谈到各省防营缺额之弊依然十分严重，大抵八成队伍居多，月饷不足养赡身家，每营长夫徒为将弁分肥之举，所以拟请裁去虚额，统以八成为定额，即以所裁之饷加给统领、营哨各官薪水，酌增勇饷，核定夫额，操演必仿西制，于所留八成内汰去老弱，另行招募各省武备学堂卒业学生，即酌派本省教习。未设省份或于聂士成、袁世凯两军内咨取教习，先行挑选二成，练熟后即于其中挑选哨官、哨长分拨六成之内，一律改为新法[33]。
此外，防军分营分哨驻扎，逐渐变成了塘汛之兵，各种克扣摊派，也都有原来绿营之弊的毛病了。(www.xing528.com)
自肃清以后，不次裁撤，存勇无多，名叫防营，大吏以幅员辽阔伏莽未清，又或民气强悍借资镇慑，于是分营、分哨驻扎，复因局卡分布，教堂林立，并有分棚保护之举，遂致聚处之勇亦渐为塘汛之兵，且为节省之故，饷章核减，而近日勇营颇讲应酬，于是克扣摊派，无不踵绿营之弊。诚知昔日勇营之胜于旗绿，而末流之弊非具本法，则不必别言救弊。事势之不同，法制之当变，又有当别论。[34]
对于勇丁虚额的问题，在同治末年时，吏部左侍郎胡家玉就已经上奏说，军营勇丁，随时招募立营，自应据实办理，方能兵归实用，饷不虚靡。“各营勇数多不过七八成，少不及五六成，捏报虚额，冒支军粮，此等情弊，殊堪痛恨。当此经费支绌之时，岂可任其陋习相沿，漫无稽查。着各省督抚于现有各营认真查核，务按实在数目，归并立营，如查有营官以少报多情事，立即从严惩办，以儆效尤。此外，陕、甘、贵州等省现有他省派往助剿之营，如有勇额不足情事，各该督抚访有确据，亦着随时奏闻。并着遵照兵部奏定章程，每届三月将勇数造册报部，不得任意迟延，稍涉含混。”[35]
以浙江省为例，据浙江巡抚恽祖翼于光绪二十六年所奏，浙江所有水陆防练各营，数量已经超过了八旗、绿营制兵，一旦防海有事，则必然会增募勇营。募勇不难，选将为难，才武之将非难，廉耻之将为难，勇丁视营哨为勤惰，营哨视统领为廉耻。一些将领军符入手，即不顾操练，忘记缉捕为何事，讲求应酬，鱼肉其勇。凡统万人者往往岁逾万金尚是廉将，此尤指醵助公费坐扣截旷而言，而浮冒克减以图自肥者尤不与焉。各弊之中，莫大于缺额，人人能言之，今且有不缺额而缺额者，如每营五百人，派员不意洞察之人俱在也，乃统领、营哨早筹及点名抽查一层，暗于各勇中区分等第，就技艺之浅深定给饷之多寡，貌托师出有名，实已鲸吞过半，术愈出而愈奇，勇日练而日弱，盗日防而日多，而狃于发捻战功者，尚谓中国防营捍外侮不足，平内患有余。“长此不改，恐内患亦不易平。”[36]
关于缺额问题，到了光绪末年，清政府一直想进行整治，但效果仍不明显。
关于武营扣饷、缺额问题，清政府曾下定罪名。
1896年6月，根据浙江道监察御史彭述奏，武营扣饷、缺额积弊已深，请严定罪名，着刑部奏。同时，刑部尚书臣松桂等人也上奏，云南、江南、安徽、奉天、广西等省，经该将军、督抚先将奏参在案，或请革职，永不叙用，或请降调。此前1895年有云南奏参之案，而江南、安徽、奉天等省也相继有此参案。随后，广西省继之。云南虽参曾绍梅等，而张以仁继之，江南虽参冯士元，而沈茂胜等继之，刘祖贤等又继之。安徽虽参周云田，而徐思忠等又继之，都是因为惩治从宽的原因。
因此，彭述奏请旨饬令刑部严定罪名，此后如敢再犯，按律惩治，以肃军政，而儆效尤。以盗官粮而论，若承委放支而冒支者，以监守自盗论；载盗窃漕粮数至一百石以上者，拟绞监候；又监守盗仓库钱粮数在一千两以上者，拟斩监候。各省督抚及各路统兵大员，认真稽查，有弊必究，有犯必惩，自足以儆贪婪。
结果，清政府并没有照此另立新章，其理由是：此等案件自光绪十一年以来，仅止已革台湾道刘敖一案，此外并不多见。“此后遇有武营扣饷、缺额等弊，一经审实，即行查照律例影坛，分别治罪，不得以革职留营及永不叙用等词含糊完结，以除积弊而肃军政。”[37]
1898年，懿旨：国家筹饷养兵，原期御侮折冲，得备缓急之用，无如积弊相沿，缺额吞饷种种蒙蔽以致习气日深，营制日坏，朝廷怀念时艰，若武备再不修明，积习情形何时克振，各省统带大臣手握军符，干城重寄，自应激发天良，以身报国，毋得瞻徇情面，自便私图，特谆谆训谕，嗣后各该大臣务当督率将弁，汰弱留强，激励兵丁，认真训练，凡属血气之伦谁无尊君亲上之心，但使信赏必罚，自能作其忠义，一旦疆场有事，士卒用命，咸晓然以国耻为耻，同仇敌忾，悉成节制之师，庶不负整军经武至意[38]。
1901年，清帝下谕令：恽祖翼奏，浙省防营，痼习太深，请饬严加整顿一折，昨已谕令许应骙、余联沅确切查明，如统带、营哨各官有习气太重，缺额尤著者，即行立予正法，以昭炯戒，防营种种积弊，浙省如此，他省亦必不免。且恐更有甚于此者，言之殊堪痛恨，时局艰难至此，封疆大吏若不激发天良，痛除积习，认真整顿，何以挽颓风而肃军政，着各省督抚一律严查，如有缺额等项情弊，即行据奏参，执法重惩，不准稍涉宽纵，倘各该督抚仍复瞻徇情面，扶同隐饬，别经发觉，定当一律从严惩处，决不宽贷[39]。
1902年，清帝又下谕令：各省防营缺额、扣饷，几成积习，叠经谕令该督抚查禁，并将不肖营官随时惩办，不啻三令五申，乃闻近日此等情弊沿复不免，着各该督抚严行稽核，嗣后如有缺额不足及克扣军饷，即行严参究办，其情节较重者，查出即行奏请正法，该督抚等务当破除情面，认真整顿，毋得稍存姑息，以肃军纪[40]。
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