防军营制主要是以湘军为蓝本，但由于各省督抚大多自定本省防军的营制饷章，所以差异也很大，就是一省之中也有一定的区别。总体而言，防军的营制、饷章始终未能全国统一，始终都有所差异。
饷章一项，同治光绪年间，四川省驻有川军、楚军、黔军和东军，楚军口粮最为优厚，每名每月支银四两五钱，黔军月支银三两九钱，东军月支银三两三钱，川军月支银三两[21]。西北地区的防军还有行饷、坐饷之别，行饷较坐饷为优，行饷每月支口粮四两二钱，坐饷则三两三钱。新疆大部分防军在1881年将行粮改支坐粮，甘肃各路防军自1895年河湟军务平定后全部改行饷为坐饷[22]。
防军的饷银规章制度一般都是以淮军的制度为基础，略有变动。但一切都依样支销，照常领给，而所谓的营官，大都坐拥厚薪，高抬身价，时常虚报空额，所以防营也常不足额。这是当时所有防营所面临的重大问题，淮军也存在同样的情况。一般的防营勇数，“八折者有之，七折者有之，甚至于不过二三折亦有之者，既已大减夫人数矣，而其所发之饷项尚须例扣，每一关饷各扣若干，其所扣为何事，则名目繁多，各勇丁于心不敢声张一字，否则开除”[23]。
但是，各营要补足人数颇不容易，所以原先所担心的制兵不足，到了此时又开始担心营勇的不足了。有的营勇到后来也没有什么战斗力了（有形容说他们手无缚鸡之力，未免有些言过其实），有的不敢施放洋枪，加上口粮不足，有的中途逃走，临阵脱逃更是不可胜计。因此，营兵不足则招勇以变其法，那么营勇不足又将以何法进行变革？这是当时中国所面临的重大军事课题。
晚清军政最大的变化就是废兵而用勇，但是用勇以后问题依然严重存在。虽然以文臣掌兵事，但是地方上武员越来越多，几与文职相埒，而品秩之尊甚至超过文臣，一兵犯法，府县不得整治，必请于营员，然后可以系之于狱，不然一营必然会哗变。这样，防营权力可以超过了地方的府县之权，凡提镇大营兵众而悍，往往扰害地方，细民饮泣不敢告官，这样防营不仅不卫民反而害民了。武职如此害民，所以有人建议，要全部裁汰武职。
但是，地方上总有动乱发生，州县有盗劫，照例必须派营勘察，有解押犯人例须弁兵护送，真要废掉武职，这些差役问题又如何解决呢？所以政府总是说例不可废，可平时很少见到有营弁捕获凶盗各犯的。承平之世，虚靡饷粮，无所事事，如何能望他们折冲御侮？所以要想除养兵之弊，必尽汰武职而后可以，地方上则建立府兵和县兵，按日分操炮械[24]。
到了后期，各省防军的兵源多是招募而成，而且根本没有时间进行认真挑选，也不能及时进行有效的训练。一旦有事，很难应敌。勇营兵源这种招之而来麾之即去的办法，在制度上并不完善，最后却又容易流为匪徒，徒靡国家无数饷糈，而终不得一兵之用。这是勇营兵源上所面临的共同问题。(www.xing528.com)
自从曾国藩、江忠源、胡林翼、李续宾等创练楚勇，不用一兵，是因为他们深知绿营废弛已久，习气太深，万不足以杀敌取胜，而以楚将练楚勇，恩信素孚，法制严密，所以历久而能成功。但是李续宾、唐训方以楚勇出剿淮北之捻，刘长佑以楚勇出剿直隶的骑马贼，均不能马到成功，原因之一是他们离乡太远，南北异宜，勇性未能驯服，所以不能拼其死力，不能成功。
曾国藩有鉴于此，所以在金陵克复、东南军事将竣之际，即将所部湘勇全行遣撤，但是让李鸿章暂留淮勇，以备中原剿杀捻军，主要是考虑到要因地制宜。因为捻军是安徽、河南、山东三省的民众纠合而成，其隶属皖籍者大都是淮北人。李鸿章籍隶庐州，实在淮南，所部淮勇则庐州六安、安庆、扬州人居多，都是滨江之处，对长江上下的防剿最宜，军士战于其乡，也比较得力。
1862年，李鸿章由安庆开赴上海，湘勇因为离家乡太远大都有些不欲服从。而淮勇则可以克服这些毛病，所以能前往剿匪。李鸿章于是与曾国藩商议，就其乡里团练那些久战的战士选将束伍，逐渐添募，如程学启、刘铭传、潘鼎新、周盛波等，刚开始仅为营官，只带数百人作战。后来因为他们打仗可靠，各增募至数千人，最后成为淮勇最劲之兵。他们在江淮一带，南北必可指挥如意，把他们逐渐调移山东、河南边境，也可以勉强相从。但是清政府如果用他们去剿杀西北一带的马贼和回民叛乱，李鸿章却并不愿意前往（说是水土不服）[25]。
太平军被消灭后，李鸿章认为当时中国的大患在捻与回，必须先图灭捻，再图平定回民叛乱。如果以现饷养现兵，约计河南可养士兵15000人，山东可养士兵20000人，安徽可养士兵10000人，江苏可养士兵60000人到70000人，湖北可养士兵40000人到50000人。各省督抚果能熟悉韬略，认真筹饷练兵，使一兵得一兵之用，通力合作，则兵与饷可以渐足，一二年间就可以奏效[26]。其实，李鸿章十分狡猾，他不愿意率军到西北镇压西北少数民族起义，就想出各种理由和借口。
防军的创设，其最初的职责和用意在于镇压地方，这个问题在哪里呢？就是在制兵之外又增加制兵了。光绪二十六年，浙江巡抚恽祖翼指出了这个问题的严重性，他说：“中兴以来，惩制兵之失，创用募勇，无事则练，有事则战，因时制宜，意甚善也。吏治不饬，有司视保甲为具文，不能实力编排，渐致寇攘充斥，于是发勇剿办，择要留防，转似所募防营，专为州县强压地方而设，于制兵以外，复增制兵，而数且倍之，殊非创用募勇之初意。”[27]
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