太平天国和捻军等起义被镇压后，在洋务运动的三十年左右的时间里，清政府决策者知道绿营、八旗很难得到全面的恢复，但又想到养兵可以百年无用，不可一日无备，不得不仍将各路的营勇酌量留存，以资防范。清政府让这些勇营或屯驻于扼要之区，或置于严城之内，或分巡于重要水域，或用于保卫厘金，这些勇营一般都称为防营或防军。
防军起于咸丰、同治年间，它的出现源自于湘军的崛起，由于湘军的出现逐渐改变了清朝原有的军事制度和军事结构，推动了部分省份防军的产生。这实际上是清朝部分推行军制改革的结果，是勇营兵制制度化的一大表现。
清朝以武功开国，八旗、绿营同为经制之兵，具有“拓疆万里，宾服八荒”的战斗力。清中叶以后，由于承平日久，武备渐至荒废松弛。清政府镇压农民起义遂配募勇营用以作战，乾隆年间镇压台湾林爽文起义时首先推行此法，后来在镇压黔湘苗民起义和川陕白莲教起义时沿用此法。清政府临时招募的勇营随募随散，事平即遣回原籍，没有形成一种军事制度。
道光、咸丰期间爆发的太平天国农民起义所造成的军事后果，在晚清军制史上具有划时代的历史意义。颓废已久的制兵在太平军面前望风而溃，各地豪绅、地主纷起募勇自卫，各省督抚和各路统兵大员也纷纷招募勇丁以补制兵空额和溃散之兵，咸丰帝于1853年令长江南北在籍官绅举办团练，但传统的募勇团练在太平军面前已完全丧失了其往日的威力和功效，“是时各省治团练，率名应无实效”[4]。形势的发展迫使清政府在军事制度和军事结构方面进行改革，于是曾国藩的湘军应运崛起。
湘军的出现逐渐改变了清朝原有的军事制度和军事结构，推动了一些重要省份防军的产生，个别省份在湘军崛起后，开始募练防军[5]。
当时，防军的募练多以湘军营制作为蓝本，四川省就是一个典型，该省的防军，始于咸丰、同治年间，当时石达开、蓝天顺、李短搭等扰乱四川，被兵者数十州县，制营又趋窳败，势不能不增加兵力，骆文忠入川，带来湘军数营，故即照湘军编制，募集防军[6]。
防军的正式形成是在太平军和捻军被镇压之后，“自发捻既平之后，忽忽者垂三十年矣，谋国者知营兵无规复之理，而又念自昔养兵可百年无用，不可一日无备，不得不仍将各路之营勇酌量留存，以资防范，或屯于扼要之区，或置诸严城之内，或分巡乎水域，或保卫乎厘金，凡次皆称为防营”[7]。
1875年，清政府任命沈葆桢为南洋通商大臣，李鸿章为北洋通商大臣，大力加强海防建设，湘、淮系勇营实际上就成为南洋、北洋沿海各省的主要驻防部队，并被时人称为“防军”。不过，各省在军事活动中，常把“防军”的范围扩而广之，在原驻防的绿营之外另行招募的勇营，称为“防军”。
由此可知，防军就是在太平军和捻军被镇压之后清政府屯驻留守在长江南北各省险要区域和重要城镇的勇营，所以也称防勇或防营。但是，防军不是某一种军队的具体名称，而是同一性质军队的总体性概念。诸如淮军、湘军、楚军、皖军、蜀军、滇军、黔军、粤军、甘军（包括董军）、豫军（包括毅军和嵩武军）等，这些都属于防军。
各省防军多以本省名称来定其名，一省防军下面的各军，名目纷繁复杂，大多以创始的统领名字定名，如淮军中刘铭传所统的军叫铭军，川军中周达武所统之军叫达字军。留驻边地的防军，则以其随驻之地名来定名，如川军中驻越巂者叫定越军，驻马边者称镇边军，驻雷波者称威远军[8]。(www.xing528.com)
除淮军、楚军等少数军种外，防军基本上是以省为单位，全省防军都隶属于总督或巡抚，督抚为正帅，提督为副帅，在省城设有营务处等机构，负责总管防军营务、军法、军械、器械和粮饷等事务。防军统领、管带、哨官等一般由督抚量才委用，不以各员之本职为轩轾，“盖防军只是一种差使，非如经制员缺之拘于本职矣”[9]。
江苏省在战事平定后，由于饷需比较困难，所以计划在陆军六万人中分别裁撤，酌留三万人，扼守地方，作为防军。当时裁撤勇丁是为了节省饷需起见，但是如果办理不好，就会流弊很多。且经过各处办理，裁勇一事，“办理甚难”[10]。所以留防勇营驻守要隘，乃是一种难以改变的趋势。清政府的意思是：“不如就未散之勇，令原管将官统带回籍，如经过募勇省份，即可裁留应用，否则酌量何省需用即拨往何省”，“此项勇丁，即或募勇各省不能全数留用，而带回原籍遣散，较之随地遣散亦属妥协”，“着曾国藩、左宗棠、李鸿章斟酌情形妥筹办理”[11]。
19世纪70年代到80年代，据两江总督沈葆桢奏，江苏现存防勇为17000余人。“除分扎江宁苏松扬徐各府外，沿江守护炮台之勇，本苦不足。所以弥缝其缺者赖淮勇耳”[12]，当时淮军分防江苏省的铭军枪炮步队14营。
防军与绿营相比，它确实具有很多不同的特点：
其一，从性质上看，绿营属于国家经制之兵，清朝国军，兵权统于兵部，集于皇帝，饷权归于户部；防军虽然在无形之中取得了“国军”的地位，但它是粮饷取于国家，而其用人权、饷权归于各省督抚的军队，是一种地方性的、半私人性的军队，所以康有为有清末“一兵一卒一饷一糈朝廷皆拱手而待之督抚”的评说[13]。
其二，从驻防特点和饷章而言，绿营最大的特点和导致其腐败的重要原因之一就是“差使太多而分汛皆畸零之数”，“口粮太少而应募皆老弱之人”，以湖南省为例，长沙协营额兵七百余人，所辖十三州县，衡阳协营额兵四百余人，所辖七县，其间城池、塘汛、仓库、监狱及护饷、解犯等事处处须兵，零星别散，口粮一项，绿营马兵月支银二两，战兵月支银一两五钱，守兵月支银一两，米则月各三斗，这丁点口粮，即使照数满发，仍不足以供事蓄之资，何况有的只发七成、八成左右[14]。防军则明显不同了，防军驻防集中，而粮饷优厚，防军或分防沿边，或扼守险要区域，或驻守郡县重镇，化零为整，“合驻营盘，气皆团结”[15]。如四川省，同治、光绪年间全省防军共三十余营，除驻防边地各军外，其余择要地进行驻守（江口、重庆、泸州等地）。防军的饷银也比绿营优厚，除山东和湖南省防军饷银有所减少外，其余湖北、福建、浙江等十余省的防军饷银都是四两左右，就是每年扣发两个月，每人每月还可以得银三两左右，绿营“战兵守兵之粮皆不及焉，守兵步兵更无论矣”[16]。
其三，从灵活性而言，绿营兵有定额，马步战守各有兵籍，缺退有补，兵皆土著，驻防各有固定汛地，遇有征剿战事即出征，事毕各归原汛，人数和驻地不轻易变动，固定性较强，灵活性不够；防军则具有更大的机动灵活性，随变性也大。防军不是国家定额制兵，没有固定人数，人数之多寡视各省情况而定，就是一省的防军其人数也时有变动，比如江西防军在1871年为6000多人，1883年为7800余人，1899年为8000人[17]。全国各地的防军，据1898年户部、兵部的统计，共有271212名[18]。防军也没有固定不变的汛地，如山西皇甫川、包头一带屯驻的防军，在1877年前为卓胜军，其后为曾国荃所部湘毅军，1880年湘毅军调防山海关一带，该处又转为张树屏所部树军驻守[19]。
晚清时期，防军的官制系统受到严格的限制。清代八旗军制，其官阶自有一个完整的体系。绿营官阶也自成体系。防军系统虽具规模，但官阶方面却不能自成体系，而只能依照绿营制度。绿营职官自有定额，防军将领的升迁基本上不能走出绿营制度的圈圈。由于受到定额的限制，使得一些有战功的防军将领不能任职。这种情况在同治年间曾有人对此提出一些建议。1864年沈葆桢曾提议，武功人员，其无缺可补者，自提镇以至都守，仍照实缺给予俸银米石。后来曾国藩又提出，以勇营将领补绿营小缺，其实际意义在于虽已为总兵、副将的将领仍用补绿营千总、把总的实缺，这一建议得到清政府的同意[20]。在晚清时期，这成为防军将领的唯一出路。
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