捻军平定后，曾国藩被调任直隶总督，当时陕甘总督左宗棠、安徽巡抚英翰、左都御史毛昶熙等人向朝廷建议，以淮军镇守近畿，得到了朝廷的采用。清政府于是命淮军中最精锐的铭军廿余营留驻山东张秋，以待曾国藩调遣。清政府命潘鼎新回任山东藩司，留鼎军7营分防鲁境。江苏省则以董凤高的凤字4营、吴长庆的庆字马步11营留驻徐州。刘玉龙的开花炮队留驻下关。以段喆所统勋字5营于沿江布防。李鸿章因为回任湖广总督，自带武毅军5营，盛军马步炮队14营，进驻湖北。
这样，淮军在平定捻军后的驻防区域，比原来扩大了不少。在这之前，淮军只有江苏一省的防地，现在防地扩大到四个省。直隶和山东为畿辅重地，江苏和湖北为财赋重地，淮军驻防的这四个省份，这为后来淮军的发展提供了重要的基地和立足之资。
1868年平捻结束后，约有一年的时间淮军没有大的军事活动。到1870年，李鸿章奉命去督办贵州军务，正在筹备率旧部前往，清政府又马上改派李鸿章率淮军援助陕西。李鸿章即于当年4月由湖北起程，前往陕甘，进驻西安，筹划陕西全局剿防事宜。
正当此时，天津教案发生，中外局势变得紧张。清政府下令李鸿章带所部淮军马上赶赴近畿一带驻扎。李鸿章于是派郭松林、周盛传率部先出发，他本人则于8月自西安出发，带兵前往直隶。很快，清政府即下令任命李鸿章为直隶总督，从此，淮军得以长期驻守北疆门户，担任国防重任。
因此，李鸿章担任直隶总督后，淮军驻防情况发生了一些变化。
首先还有一部分淮军在支援陕西镇压回民起义，这部分淮军还有两万人左右，他们是铭军马步28营，郭松林所部武毅军步队10营，徐邦道马队2营，共40营。这部分军队的实力不错。
留防江苏省的淮军有庆军8营，刘玉龙炮队1营，勋军5营，裁并3营，已于同治九年初调到湖北，并入西征军中，凤字军则改为徐州防军，不再计入。
留防山东省的淮军，有鼎军7营，已在同治八年遣散。(www.xing528.com)
山西省，从1870年起，有张树屏新募的树字6营。
湖北省，有郭松林带回湖北驻防的武毅军马步10营，被裁减后也只留下7营。
驻防畿辅的，有周盛传的盛军，唐仁廉的仁字营马队，共12000人，以及丁寿昌新募药字营2营3哨。
以上这些驻防的淮军，总人数约为45000人，所驻防区为江苏、湖北、山西、陕西、直隶五省。其中江苏、山西两省军饷，全由地方承担[58]。
1871年，援陕西的淮军撤回16营，驻防江苏。1874年，因日本侵犯台湾，沈葆桢受命赴台查办，李鸿章即派淮军13营随沈葆桢到台湾，同时把驻在陕西的淮军也先后撤回，分扎于江苏、山东作为接应。在这些防区中，直隶仍是重中之重。
1875年援台军务结束后，淮军驻防基本固定下来，其驻防直隶、江苏的情况为：淮军分防直隶保定及天津各海口，护卫亲军盛仁马步水师，并各台局护运粮饷、军械，共计33营，提督刘盛体所部铭字马步全军17营，由山东济宁州调扎张秋一带为南北洋策应之师，又福建陆路提督唐定奎统领铭武步队13营，与直隶正定镇总兵吴长庆所统庆字亲兵8营，及续已裁撤刘玉龙开花炮队1营，均调防江苏分驻沿江南北岸炮台并分扎上海及吴淞海口的武毅右军5营，驻防徐宿的马队5营，共计分驻各地的淮军为95营[59]。
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