清军平吴战事结束后，淮军就面临着是留防还是遣撤的问题。
清代的制度和惯例，军务结束后，旗兵必须返回防地，绿营必须返回汛地，勇营必须遣散归农，统兵将帅各归建制。这是清代的传统。湘军被遣散，其中一个重要因素，就是与这种制度有关，当然曾国藩裁撤湘军也有其个人因素。
当时，江苏、南京、浙江等地军务平定之后，大部分的军队都在遣撤的范围之内，如浙江左宗棠部裁遣了40多营，只留了20000余人援助福建。但是李鸿章的淮军却裁减最少，这其中与曾国藩对李鸿章的鼓励支持，以及李鸿章个人因素有很大关系。
从李鸿章个人来说，他并不希望遣散淮军，这与他所从事的政治军事活动有极大关系，他是个激流勇进有所追求的政治人物。这点是他与曾国藩最大的不同之处，很多人推崇曾国藩，但曾国藩对于中国的近代化建设未必作出较大的贡献，李鸿章虽然贪恋官场，但他有志于中国的军事改革和希望中国能自强，希望建立一支近代化的中国军队，这正是他想保全淮军、讲求务实的宏大规划。
李鸿章认为，当时中国的军队，“靖内患或有余，御外侮则不足，如不及早自强，变易兵制，讲求军实，还是因循数百年绿营相沿旧规，可危实甚”。兵制关系国家根本，必须尽裁疲弱，厚给粮饷，废弃弓箭，专精火器。革去分汛，化散为整。选用能将，勤操苦练，然后绿营可恃。海口师船概行屏逐，先制夹板火轮，再制巨炮兵船，然后水路可恃。为朝廷远大之计，仍须及时变易绿营旧制，选留劲旅，厚给粮饷，精求火器，择置能将，才能挽救危机，“否则天下事终不可为矣”[53]。这是李鸿章保留淮军的主要意图，也是根本原因。保全淮军，必须有理由和用武之地，否则朝廷不会听之任之。当时朝廷支持李鸿章的原因，就是当时中国外有外患，内有内乱尚未完全平定，对外需要重兵支持国防，对内更需重兵镇压内乱，而绿营、八旗又不能担当这样的任务，只有留住淮军才是最好的出路。
当时第二次鸦片战争刚结束，占领天津的洋兵刚刚撤去，英法官方又不断请代中国练兵。国内方面，东南太平军的余党没有完全消灭，中原地区捻军正盛，西南、西北少数民族的起义也时有发生，镇压内乱还在进行当中，各地需兵正急，湘军已被裁撤，淮军自不能裁撤，这也是在情理之中。当时中枢大臣、地方督抚，都有谋求自强的想法和建议。李鸿章给朝廷的建议，更具有权威性，也能打动人心，所以留存淮军也是众望所归。
加上当时清政府对在华北地区的捻军毫无办法，1865年5月，剿捻统帅科尔沁亲王僧格林沁全军覆灭于山东曹州，京师大为震动。北方再也没有什么像样的军队可以去剿杀捻军，僧格林沁在北方剿捻用了十年左右的时间，仍不免于全军覆败，这与江南大营、江北大营的溃败一样，原来的经制兵已经失去了作战能力，号称勇猛的满蒙骑兵也不足为恃，清政府原有的军队至此已彻底败坏，已没有可用的经制兵，所以不得不保留淮军，不得不把希望放在李鸿章身上。
曾国藩解散湘军，对李鸿章的淮军而言就是一个报国图存的大好机会，只是清政府整个机体已经发生了腐败，即使注入新鲜血液也很难挽救其灭亡的命运。(www.xing528.com)
曾国藩和李鸿章被清政府委以重任，要剿杀捻军，所统率军队主要还是淮军，还有少量的湘军队伍，计淮军最初为铭、盛、鼎、树四军共27000余人，湘军有9000人左右。
随后，曾国藩、李鸿章的平捻队伍大大扩充，令李昭庆招练马队2000人，增派杨鼎勋所部勋、松、桂三军10000人；刘秉璋所统庆字、荣字、常字各营6000人；刘士奇所统奇字营3500人，吴毓芬所统华字营2000人；王永胜所在地统开字营5500人，再加上铭军添募的新营，总计淮军直接参战及应援之师，大约有60000人。留在江苏驻防的军队还有6000人左右[54]。
后来，李鸿章代曾国藩督师，攻击捻军的军队实力又增加了。新增的有：李昭庆一军扩充到19营，号称武毅军；添调魁字2营，亲兵1营，凤字7营，共5000人；唐仁廉马队3营。当时淮军用于剿捻军的军队，人数已增加到70000人以上[55]。
当时淮军的重点任务是剿杀东捻军，湘军的重点任务在于剿杀陕西的西捻军。淮军在东捻的任务结束后，裁减了一部分营伍，主要是出于节省粮饷的需要，被裁减的这些营伍，包括李昭庆所领的泉字1营、武毅2营、忠朴2营、亲兵1营、先锋营、春字营，孔昭右所统华字3营，张桂芳所统桂字3营，郑国魁所统魁字2营，郑国谟水师亲兵1营，吴毓兰华字2营，符国华抚标水师1营，人数在10000人左右[56]。
淮军平东捻后，马上就加入平西捻的战斗，平西捻任务结束后，淮军又不得不进行裁减，1868年被裁减的淮军有：铭军马队1营；鼎军马队3营，步队8营；武毅军马队7营，步队10营；盛军马队2营；仁军马队3营；树军步队3营；勋军马队3营，步队10营，共计有50营。
其余留存的部众有：铭军马步28营，凤军马步4营，庆军马队3营、步队8营，勋军5营，开花炮队1营，武毅军步队5营，鼎军7营，盛军步队9营、马队3营，炮队2营，共计75营[57]。
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