淮军的改造有很多好的经验，但是其中存在的问题也不少，或者说改造中忽略了不少问题，这些问题虽然不能一一罗列出来，但可以就主要存在的问题进行述评。
首先，淮军军官、士兵缺乏军事教育，缺乏朝气，不重视操演等平时的训练。
当时的淮军中，新兵缺少知识，有经验的军官缺乏朝气，军官们经常拒不上操，他们把这当作是丢脸的事，但这又是长期不能不解决的问题，这让李鸿章、周盛传等人束手无策，这些军人虽然属于清朝的官僚阶层，但缺乏职业军人的荣誉感，他们不想做大的改变。周盛传也知道法国和德国都是实行普遍兵役制，但他认为普通兵役制不适合中国的国情。因此，提议勇营兵中每营所拥有的50名长夫应给予机会使之变成士兵。周盛传很赞赏作为淮军特点的家长式统治和人与人之间精诚团结的关系，但他也把许多亲戚安插在他的部队中[48]。在周盛传的部队中有吸鸦片烟、赌博和欺压老百姓等恶习的人比较少，因为他比较关注官兵们的道德和整顿军队风纪。在19世纪70年代和80年代初期，周盛传的部队经常奉命参加工程建设、垦荒、屯田，有时还参加一些救灾活动。
淮军将领中读书人不多，主要将领中，只有潘鼎新是举人，另外如程学启是太平军的降将，刘铭传是盐贩子出身，张树声、张树珊和周盛波、周盛传兄弟则基本上是地痞一类的人物，靠办团练起家。吴长庆出身行伍，曾做过中下级军官。他们这些人出身比较低微，没有理想，重利不重德，所以比起湘军将领来显得逊色一些。1884年中法战争时，张树声、潘鼎新怕死不肯作战被革去督、抚职；中日甲午战争中，叶志超千里大溃逃，这些人毫无道德和忠义可言。
所练操法并不到位，甚至有名无实。如击刺之法，当时所练极不到位。军火之用，以击远为功。讲求短兵相接之法，为一物两用之谋。凡后膛枪必配枪刺，式虽不同，而为用则一。视敌在数十步之内，装于枪口之上，即同长矛。诚遇悍敌，三伏三进，或于山重水复之处，猝然相遇，即不能无肉搏鏖战之虞，故于击远之中，寓近刺之法，以枪杆而兼刀矛之用。凡击刺中手法、身法，平时皆绝意讲求，断非专恃火枪，幸敌之不我近，其意可师。中国所操洋枪队，命中致远，较有规模，而于搏击超距诸术，全废不讲。即如各种后膛枪上所配枪刺，几同虚设，是中国所谓演习西操，尚只得其半也。“远击近功，不可偏废，击刺之法，尤宜考求。”[49]
其次，淮军对士兵的来源复杂，士兵多是为了金钱而来参军的。
淮军是一个大杂烩，在士兵招募方面兼收并蓄，士兵的来源、成分复杂，张树声、刘铭传、周盛传、潘鼎新、吴长庆等有的来自流氓集团，有的来自团练，而战斗力强的程学启部则是由来自太平天国的投降士兵组成。李鸿章受西洋影响很深，武器装备基本以洋枪为主，平息“内乱”的时候，这比仅仅把少量洋枪作为主要装备，武器大多数还是性能略差的国产抬枪鸟、铳的湘军好多了。但是一旦要和敌人进行肉搏战，淮军战斗意志薄弱的缺点就显露无遗。
淮军很多军官是无廉耻之心、唯利是图的小人。李鸿章明知这些人的真实面目，还仍然委以差使，其直接的后果是军纪不振，吏风日下。淮军的风气败坏，李鸿章有着不可推卸的责任。淮军那些由招收团练或收编降兵而来的士兵，其素质远不如同期的湘军。斗志和士气也不如湘军，从来只靠先进的武器装备，其精锐部队刘铭传部居然在正面作战中被捻军打垮。而写《太平天国亲历记》的英国人林利更对淮军不屑一顾，而在西线他见到湘军时却高叫“他们的勇敢是清军中前所未见的”。(www.xing528.com)
第三，在改造过程中对现代通讯的革新所做的努力不够，军中通讯明显落后。
周盛传所部淮军的通讯十分落后。当时一些观察员，如李保、康葛克等到营视察，发现周军中没有安装电报，信息迟缓，感到十分惊讶。谓此等大军，断无不设电报之理。周盛传认为，“西洋陆战擅长之具有五：后膛枪，田鸡炮，地雷，电线，气球。前三者卑军早有讲求，后二者因气球之制尚难仿行。电线原可缓图。电报一节，自属切要之事”[50]。
第四，在新式枪炮的使用和保管方面，并不十分到位。
淮军中有一些军队在使用新式洋枪时未按规矩使用，有的枪曾以沙擦过，枪筒未经上色（上色应每年一次）。中国器具未精，有时制办不能如法，反致枪伤。有的营中枪上刀头常安枪上，枪口必折，口上之星亦伤。有的枪支生锈。当时每营枪子各有专员经营，等操演时再行分给勇丁，并未令其随身带子，以致误事。自用洋械以来，因购办不易，唯恐损伤，无不爱护有加。各营自有专员稽查，每逢半月之久，仍另派文武委员覆勘。唯十、冬、腊三月，日日操演，又值干燥之时，无虞潮湿生锈。要制身后所背皮袋或斜袋，为收存药弹之用，每人应有药子八十颗，每营应有四个装药子的车，每人至少须枪子一百个。营中炮子不好，修饰不净，伤损16尊，后膛内铜圈皆有伤损，大约用久总要渐损[51]。由于一些子药不合用，即宜禀知北洋大臣，转饬中国官厂能否改造适合用的子药，如果不能改造，则须速向欧洲名厂订购。
第五，在武器的革新过程中，所购买的枪炮严重滞后，赶不上时代的发展。
进入19世纪七八十年代，火攻利器，以德人克虏伯炮为最，其小钢炮尤能制胜，炮体轻而易于运动，炮体坚，能命中且炮打得较远，所用开花弹皆炼双层铁体外廛四铜铁片，他弹仅炸四十余片，双层弹可炸百数十片，用药不过40磅，其力竟及14里之远，这是陆军利器。又有气球小炮配用开花弹，其式与抬枪相仿，放平则击敌骑侧，上则击气球，这是水陆利器。田鸡炮可击铁舰，向高放炮，则子落船中炸裂伤人，是水陆专防的利器。洋炮原先都用前膛，自美国后膛枪出，各国仿效，随后德国的马地尼，英国的士乃大等，德国又新出后膛毛瑟枪，美国新出7响至34响后膛枪，每种一分可放5子到22子，远及360丈（约1198米）至800丈（约2664米），总之枪必须后膛，且枪之部件又须件数少而制造精，易于修理。火药则德国的六角七厘药为尤佳，力猛而耐久，弹子亦以双层铜节为最，火药日出日精。
但是，当时各省采办军火之弊病丛生，或委员每通过洋行加价报销，或外洋制造不及，即以旧货装箱混充，或先定者出货有期后定者加价，遂以先订货腾出与后定之人，所有这些都贻误不小。较好的办法是，请饬各国使臣亲赴该国枪炮厂说考精绎，查明该国有无新出枪炮及其价格和枪炮子药价格开单咨明总理衙门查核，遇有应购之船炮、枪炮，即照会该国使臣面议价格随时奏明[52]。
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