淮军建军之初，营伍规制，皆仿湘军，没有什么变化。其组织以营为单位，设营官1人。每营分前、后、左、右4哨，每哨设哨官1人，管理全哨。每哨正勇，分为8队，其配置为：第一，五两队为抬枪队（每队12人），第二，四、六、八各队为刀矛队（每队10人），第三，七两队为小枪队。各队有什长1名，伙勇1名；每哨官有护勇5名，伙勇1名。合计连哨官、哨长、什长、护勇、正勇、伙勇，每哨共108人，合四哨共432人。此外，营官还有亲兵6队，不置哨官、哨长，其配置为：第一、三两队为劈山炮队，第二、四、六各队为刀矛队，第五队为小枪队。各队置什长1名，亲兵10名，伙勇1名，计六队共72名。连亲兵和四哨合计，每营官统带504名。综合一营的武力，计劈山炮2队，抬枪8队，小枪9队，刀矛19队，共为38队，这是淮军的营制[3]。
湘淮军制度，每营用长夫多达180人，具体为：营官及帮办人员48名，搬运火药、火绳及一切军装等项30名，每哨哨官、哨长及护勇4名，每一劈山炮队3名，每一抬队3名，每一刀矛队2名，每一小枪队2名，合计全营180名。长夫的职事性质，很像现代的工兵，只是没有达到现代工兵的境界，但这已是中国兵制的一大进步了。
所以，全营正额，自营官以至长夫，共计685人。
淮军以营为单位，营以上没有固定的编制。一般是两营以上到数十营，就设有统领，其性质和职权没有作严格的规定。有的统领只有几个营（如张树声的树字营只有6营），有的则多达十几营以上（如刘铭传的铭字营有20营以上）。
淮军的粮饷制度，基本上全仿湘军，具体为：
营官：薪水银50两，办公费银150两，全额给发，不得扣压。凡营中帮办及管帐目，军装、书记、医生、工匠薪粮，并制办旗帜、号衣各费，在办公费内开支。
哨官：日给银三钱。
哨长：日给银二钱。
什长：日给银一钱六分。(www.xing528.com)
亲兵及护勇：日给银一钱五分。
正勇：日给银一钱四分。
伙勇：日给银一钱一分。
长夫：日给银一钱。
总计每一营的薪粮，遇大建月支银两千八百九十二两二钱，遇小建月支银两千八百零二两四钱六分。
统领薪粮：除自带之一营薪水、公费依价照支外，凡统至三千人以上者，每月加公费银一百两，加夫十名。统至五千人以上者，每月加公费银二百两，加夫二十名。统至万人以上者，每月加公费银三百两，加夫三十名。
小口粮：凡新立营头及奉札招勇，未经大营点名，其勇夫、勇丁，均有小口粮。至大营上宪委员点名后，再起支大口粮。小口粮之制，勇丁、勇夫一例，每名日给制钱一百文[4]。
抚恤制度方面，作战阵亡、受伤，都有恤赏。湘军最初规定，阵亡者，恤银60两；受伤者，上等赏银30两，中等20两，下等10两。后来一律减半，成为一种制度。淮军也以此作为军中的抚恤制度，规定：阵亡者恤银50两；受伤者，头等赏15两，二等赏10两，三等赏5两；残疾者另加[5]。
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