1901年，清政府谕令，各省制兵防勇，积弊甚深，耗饷颇巨，值此时艰饷绌，亟宜严行整顿，汰弱留强，着核实、剔除素称得力及练习洋操卓有成效者不用裁撤外，所有各省原有之绿营防勇均限于本年内裁去十分之二三，及上年有事时奏请添派之勇营，一并酌裁，以免虚靡，并把遵守办理的情况在两个月内覆奏。自此，地方各省开始了大规模裁汰绿营兵的工作。
当时，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞上奏提出建议，认为各省绿营不论挑练之兵原营之兵，不论马步战守，限定每年裁二十分之一，计百人裁五，统限20年裁竣，应裁者每名发给恩饷一年，责成各省督抚、藩司每年饷银粮米就现在应发之数于二十成中扣发一成，其何营应开除几名，令各该营自行按数开除，只有计成扣饷不发，最为简易。而分为20年之限尤属从宽销除，这样逐渐裁减，不会有其他的担心。各省间有不便裁汰者，如湖南镇有一些改土归流之地，并无土著农民，民人皆系兵籍，以入伍食粮为业。绥靖镇也是。请将这两个镇之兵不裁。但将绿营改为勇营，一切营制汛地名目章程，照勇营办理。“绿营规制始于前明，以五百余年养成之痼疾，若能以二十年扫除之，即已非易。至于武职大小各员缺则拟请概勿裁汰。绿营可裁而武职之缺不能裁。”[203]
这期间，清政府对军队的建设从两个渠道进行，一方面建立新式的陆军，另一方面对旧的军队进行裁汰和改造。此前的改造过程中，一些精锐的绿营被改造成为练军，有一小部分也曾被改造为防军，当然武器改革都是以使用洋枪的方式进行的。但是，此后在改造旧式军队的过程中，没有被裁汰的绿营大部分都改建为巡警，使之完全成为一种警备队式的地方军。
当时清政府军事改造的总体精神是，将绿营、防勇通盘筹划，更定兵制，把所有陆军分为三个等级：首先是常备军，挑选年少精壮，优给饷项，严加训练，按省份大小酌定一、二支军队于省份及扼要处所屯驻。其次是续备军，分扎训练，饷数差减，也按省份大小酌定若干营，延请教习，实力训练，以成劲旅。最后是巡警军，应将旧有各营裁去老弱浮惰，饷或仍旧，或酌增，另定操章，酌量归并，分拨各处，兼归州县钤束，为巡防警察之用。清政府要地方各省“务于三个月内复奏”[204]。
清政府作如此政策上的转变，主要是因为洋务运动时期中国军队的改造没有取得明显的成效，自同治中兴以来的40余年，地方各省的防营仍多沿袭湘淮旧制，虽有挑练绿营制兵的实践，但是规制未变，习气也不能除，靡饷无数，反而更加疲弱。有人甚至认为，防勇练兵虽不足以敌外洋之兵，而百练节制之师，用以剿捕土匪尚有余。其实这种观点已经相当落后了。他们不知道由于外洋枪炮的流入，土匪已经掌握了这些新式枪炮，加上这些土匪又多出自散勇，习知军中情势，大非乌合之众可比，如果不急于讲求练兵之道，恐怕要消灭这些土匪都有些困难了。(www.xing528.com)
1906年，政务处和兵部等奏，巡警部尚书徐世昌等奏“绿营疲弱请一律改为巡警以收实用”一折，略称，查绿营久称窳败，巡警亟应振兴，现在朝廷特设专部，整理京外警务，以为保民要政，各省兴办巡警，应需经费颇巨，自应将绿营挑改巡警，化无用为有用。该尚书等所请，挑选制兵改编巡警，以饷项充警费，及设立学堂，教练各办法，均尚妥协。拟请饬各督抚查照该部原奏，认真办理，以重警政而节虚靡。至绿营旧设官缺，并准俟该部拟定各省巡警官制及一切行政详细章程，再行奏明，请旨分别办理[205]。
如黑龙江的绿营制兵全都被改为巡警。八成马步队10营，合将弁兵丁共3300余名，仿照吉林省光绪二十九年变通营制饷章办理[206]。
这样，1906年，清政府将绿营一律全部裁撤，改为巡警军。至此，自清以来的绿营兵制结束了它的历史使命，但是绿营兵的裁改，一直延续到清政府被推翻，有一些边区省份的绿营，到民国时才被裁完[207]。如江苏省，江南提标新兵中副两营是由绿营制兵挑练成军，自经节次裁汰，一律改为巡警军，每营官弁兵丁321名。
到1911年，由于辛亥革命的发生，清帝下谕令，陆军部会奏，遵议各省绿营巡防队拟请一律暂缓裁减一折，据称裁减绿营巡防队，是顾全财政起见，唯当此时局难危，绿营巡防队可以辅助陆军巡警所不及等语，“所有宣统三年预算案内各省奏明碍难裁减之，绿营巡防队均着免其裁减，并四年预算除直隶、江赣等省仍照奏各案办理外，余着一律暂免裁减”[208]。
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