两江总督马新贻原来担任浙江巡抚时，就开始用减兵增饷的办法来改造绿营兵，而且得到了清政府的允许。前任两江总督曾国藩在奏改江苏水师折内，曾经议及酌裁陆兵的问题。巡抚丁日昌整顿抚标二营，也有裁兵增饷之议。可见减兵增饷是当时江苏、浙江等省改造绿营的主要办法之一。
当时江苏省的水陆兵额，除新设淮扬镇标等营尚未定案以及水师另案办理外，陆路原额兵为18370名，除缺额未补，实际存兵有12720名，各营人数不齐，多者至千余人，少者或不足百人，大抵以汛地之广狭，分兵丁之多寡，立法之始，但以分防为重，不以合操为主，久之合操固无其事，分防也徒有其名。所以必须精心挑选，改散为整，才能转弱为强达到练兵的目的[81]。
1869年，江苏巡抚丁日昌在江宁时曾与两江总督曾国藩面决拟于苏州添练勇丁三营以固根本，得曾国藩同意。江苏省巡抚所属相当规模兵原额本有1600余人尚未招补足额。从前绿营积习，总是老弱充数，且分防各汛，队伍零星，平日不知枪炮为何物，临时不知战阵为何事，故以之御侮则不足，以之扰民则有余。于是丁日昌与新任两江总督马新贻商议，将酌裁标兵之老弱，补以散勇之精锐，用这种办法来整顿绿营。
马新贻出任两江总督后，对于江苏绿营兵的改造和整顿工作也陆续进行。马新贻认为，练兵非增饷不可，增饷非减兵不可。所以计划在额定之兵内酌挑精壮，再于额定之饷中酌加津贴，或者合练数营，可资得力。马新贻还制定了试办练兵章程。
马新贻也想募勇巡防，这每月需银一万数千两。由于当时江苏省还需专供直隶陕甘淮军之饷，因此，无从筹此巨款。江苏省巡抚所属标兵原额本有1600余人，尚未招补足额。马新贻于是与丁日昌商定，不募勇成营，而是裁汰标兵中的老弱，补以散勇的精锐，这样做对于散勇来说可免滋事，对于标兵而言也可精强。
马新贻考虑到绿营兵的口粮太薄，食物昂贵，无法养其身家，于是将抚标中军城守原额兵1600余人改为1000人，增加薪水口粮，分为左、右两营，每营500人（内计正兵、亲兵等455人，余丁45人），在营中搭盖房屋居住，不令零星分防，不能缺额短数，设参将为营官，统计两营薪水口粮，较绿营原额，每月不过加增饷银千余两，较之另募勇丁数营，则省费较大。同时加强这二两营的训练工作，该兵每日操演洋枪二次，长矛一次，在有空时演习开花洋炮、火箭等项技术，令其习苦耐劳，无事常如有事，有事不致仓皇失措。同时将二营旧额之兵，逐渐裁革。从前苏州省城，额兵虽少，尚有提标12000余人，可以兼顾。而当时离这个提标额兵之数还没有招足十之二三，这是一个大的问题[82]。
总督马新贻于是计划整顿江苏全省的绿营兵。当时全省绿营额兵的现状是口粮太少，分汛太多，遇有征调，很难一呼即集。各汛抽凑之兵，与将素不相习，不能做到如臂之使指，所以分汛不裁，则营兵万难精练。所谓聚则气盛，散则气衰。而问题在于，有人怀疑汛兵概行裁撤，则无以制穷乡僻壤的盗窃，因此如何改革就成了一大问题。
马新贻提出的办法是“并三兵之饷以养一兵，并二弁之饷以养一弁”。马氏认为，当时中国边省的兵额约有五六万人，腹地省份的兵额也有二三万人。改革绿营的办法只能是就原额之饷，挑经战之勇，补绿营之额；选忠勇廉明的将官，以500人为一营，在要隘处所，或合练十余营，或分练五六营，大约每省练有精兵20营，即使有警急也可以乞援他省，这样就不会变生意外。兵随将转，口粮不克扣，则兵无怨言。赏罚分明，则兵皆效命。所以必先选将，而后所练之兵不滋扰。精兵练成之后，各省那些护饷、解犯、守库、守监、分汛各例差，可以一概责成州县派拨、负责。如果是冲繁之处，可以酌给差兵百数十名，发归州县调遣。其饷项仍在绿营原额中拨给除算。这种改革可以把战兵与差兵、汛兵截然分为两途，各有专责，营兵专心防剿，可免外侮的侵陵，改造数年之后，营伍定可一律改观。这种改造绿营的思想与曾国藩不谋而合。
总督马新贻、巡抚丁日昌在成立抚标城守两营的过程中，在对绿营的旧制进行了某些改革，还对一些具体问题做了相关规定：
（1）裁减额兵，严禁克扣和缺额。江苏省每月供各省协饷及水师口粮银三四十万两，已经没有余力另行募勇。抚标城守两营，原额月饷银3280两。改革后裁减了600余人，改为二营，兵1000人，每月共支饷4300余两。比原来额设之饷，每月多一千余两。两营薪水口粮每月仍由藩库按照绿营原额饷数支发，其比从前额饷加增银一千余两，暂由厘局解司支发，定章报准后全由司库于地丁正耗项下分别支发。
（2）酌裁汛兵，减少汛兵的数量。随时抽调一二哨轮流开赴所辖各汛进行巡查，尽量把汛防、差兵责成州县官负责。
（3）申明纪律，严肃军纪。规定弁勇无事无签不准出营，如有扰民情事，就地正法。每日操演时有事也不准给签出营，如有临操不到，分别惩责。
（4）每月按时发放口粮。两营口粮，定期于每月23日给发，如营官有克扣，分别参办。
（5）遇征调他处防剿，再照楚军营制，加给薪水公费口粮。
（6）必须认真操演，拟选派久经战阵、熟悉营务的记名提督，督率两营操演，每营派一久经战阵打仗奋勇的副参游一员为帮办。
（7）以勇丁补额兵之缺，所新立的二营，其士兵来源均为剿发捻的久战之勇，限定该兵入营后，必须十年为期，方准乞退；其犯事责革者，放回原籍管束；如营官不得力，再商督臣参撤另补，如有成效者则加奖励。其额设千总、把总、外委、额外等官，有曾经随营打仗熟谙纪律者，挑为哨官哨长，不堪造就者，随时撤革，另行挑补。
（8）对士兵进行知识教育，逢三八五十日，宣讲圣谕及百将传，如营哨官及各兵等不齐集恭听，分别惩责。(www.xing528.com)
（9）将演习洋枪步武阵式分合进退变化错综之法，绘图注说，计一哨操演图说一卷，一营操演图说一卷，一军操演图说一卷，装订成册[83]。
江苏省原来的绿营总数有一万数千人（抚标原额只有1600余人，提臣标兵有一万数千名），零星分布，兵灾以后，提标额兵没有招足十分之二三。李鸿章升任抚臣后，留刘秉璋淮勇十数营驻防苏省；总督曾国藩又饬提督李朝斌兼陆勇驻防（苏省为海防重地），这是防军的另一系统。
基于此，江苏省的督抚对于绿营的整顿和改革还会进一步扩大，其总的精神是将绿营化散为整，化多为精，要做到这点，必须从两方面入手，一是自选将才，优给俸饷；二是裁兵并饷，裁分汛之兵，合为重镇，每镇各练精兵三千人，一省设立数镇，一省得精兵万余人，使兵识将指，将知兵意，如身之使臂，臂之使指。苏省标兵，只宜加增，不宜裁减。只宜变通振作，不宜仍旧因循[84]。
马新贻对绿营的改造是在原绿营的基础上建立新兵，进行训练。他在督标中、左二营，城守左、右二营，共挑出1000人，成立新兵左、右二营；在浦口瓜洲奇兵三营内共挑出500人，作为新兵中营，又在瓜洲、奇兵、扬州、泰州四营内共挑出500人作为新兵前营，以上共2000人，分为四营，均于江宁省城择地驻扎，进行训练。其在省外者，唯徐州镇标向称精劲，令该镇道于各营中挑出1000人，立为徐防新兵左、右二营，与省城四营一律训练。其他没有被挑选的各营之兵，仍留各该处作为分防之用[85]。
对于新建立的新兵，马新贻只有在原有的饷银基础上酌加一定的津贴。其原有的口粮，定例马兵月支二两，战兵月支一两五钱，守兵月支一两。米则各三斗，不分等差。因为司库支绌，全都只发八成。自调营操演后，严申纪律，必须优给口粮，所以在新定章程中，营官月给办公银一百两，其由候补人员派充，并无廉俸可领者，另行酌加薪水。帮带官每日津贴钱八百文，哨官每日津贴钱五百文，什长、亲兵、正兵以及余丁、长夫等项，每人日津贴钱自一百八十文起至八十文止，通计一营，除月支例饷外，每月需用津贴钱一千七百六十二两有奇。此项钱文及营官公费薪水银两，均于军需总局筹款拨给，并不作为定额正饷。
马新贻所建立的新兵进行练兵，其优点在于，就本有之兵挑选精壮，则人不必外募，就本有之饷酌加津贴，则费不致多靡。其训练的方法，参用湘淮各军营制，每日操演两次，专习洋枪、抬炮、长矛，一有空时并令试演开花炮、洋火箭，以为制胜之具。
当时江南军务基本平定，在江苏省的湘军基本全部裁撤，仅存星字2营，还有一部分留防的淮军分防。江宁城内只有新建立的新兵4营，显得有些单薄。江苏全省绿营现存之兵，较原额减少了三分之一，但仍可以进行整顿。计划照当时拟定的章程逐渐训练省城之外的其他绿营兵，减兵、增饷和练兵三事相辅而行[86]。
江苏省练兵事宜得到清政府的重视，1870年清政府派曾国藩查阅了江苏省的营伍，然后就当时江苏省的绿营情况进行报告。曾氏在报告中说，江苏省水陆各营大阅之典，自道光三十年以后迄未举行，东南用兵十有余年，绿营几同虚设。军务肃清，稍稍补募，缺额尚多。而挑练改设，日有增损。
曾国藩于1871年8月13日出省校阅，校阅的对象主要有四大兵种：原设的绿营（即经制额兵）、新改的水师（即曾国藩在同治七年冬月所奏且经兵部议准）、挑练的新兵（即就各营挑出另练，马新贻、丁日昌所奏准）、留防的勇营（昔年未撤的勇营）[87]。它们是当时江苏省的主要水陆军队。综计全省陆营41营，水营11营，挑选的新兵营11营，留防各勇有12营，兵数则原额33400名，现存24200名，其中多寡参差不一，有已逾原额之半者，有不及原额三分之一的，兵数较多之营，演阵尚有可观，其畸零不成队者，数营合操，仍难整齐，缓急殊不足持。
曾国藩指出，从当时的水陆各军情形来看，必须对陆军进行改造和整顿的内容大约有以下几点：
（1）差兵和操兵必须分为二途。向例，营兵差、操二字混在一处，差兵负责护饷、押犯、缉捕等事，他们散处塘汛，各专责成。操兵负责习技、练阵、听令等事，必须聚处营盘，同受约束。差兵和操兵之事迥不相同。中国陆军改革大都以聚处扎营为主，如神机营、直隶练军和江宁苏州的新兵，都是在额兵之中另挑立营，他们屯聚常练，就不能散处当差，而各项差使又不能尽废。将来经制之兵应当分别差兵和操兵，差兵宜散而少，其官以分塘、分汛为额；操兵宜聚而多，其官以分营、分哨为额，这是绿营旧制中必须进行改革的地方。
（2）练兵要加饷减兵。向例，绿旗饷银，马兵二两，战兵一两五钱，守兵一两，米则一律日支八合三勺，即使照数满发犹不足以供事畜之资，而各省司库支绌，还有只发七成八成的。勇丁口食，或多至一倍二倍。兵丁或小贸营生，或生艺糊口，应名充数，出征则毫无斗志。这些是全国绿营的通病。目前直隶练军和江苏新兵各营，皆已加饷，但加饷而不裁兵，则度支立匮，断不足以持久，这也是绿营旧制中必须要改革的地方。
（3）改用洋枪、洋炮。向例，绿营各营军械都是用鸟枪门药，风则吹散，雨则沾湿，实不利于战阵。近年各处兵勇，都在用洋枪铜帽，精而且捷，风气一开，人人以鸟枪门药为苦。军事最贵神速，而最忌迟钝。因此绿营改革，不能不全用洋枪，而各项器械，也有当用洋制者。这是绿营旧制中必须进行改革的地方。
（4）改造水师，筹款造船。向例各路水师，并不讲求船只，造船经费，不取之于司库，但令官员摊派，或由绅富捐办。兵丁仍用马战守名目，这是典型的名实不符。号为水师，即宜居住舟中，官兵皆以狎水为能，但有头舵、枪炮之分，并无马兵战守之名，或者由支河而渐及大洋，由小舟而渐及巨艇，由防内而渐及御外，这才是水师的真义。将来各省水师，似皆宜筹造船之费，以船为家，但可兼操陆队，不能分管陆汛。这是绿营旧制中应当改革的地方。
以上四点，是曾国藩向清政府所提出的如何变革绿营的建议。这些变革绿营的措施，有些已在一些省份陆续推行。如水师先重视船只一节，曾国藩于1868年奏改章程，随后马新贻修造外海、内洋、里河各船只，大致有所筹备，操演也颇勤劳。其军械全用洋枪一节，各省也在逐渐筹款，自行变革。其差兵与操兵分为两途，以及酌加饷数这两个内容，是关系到旧章的改革问题，关系到全局的问题，如果没有特旨饬改，或由部臣议定通行，外省臣工不敢遽议更张。曾国藩强调说：“臣前改水师，已自觉其卤莽，今阅陆营，岂敢复有变更，惟当就缺额最多之营，饬令招足一半，认真操练，稍复旧观”。[88]
曾国藩在奏折中所提出来的问题用意深远，他内心希望清政府对绿营进行全面改制，以期绿营能成为一种有用的经制之兵。
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