嘉庆初年，川楚发生白莲教起义，清政府派绿营兵征剿了十年，始终没有平定，最后还是靠乡勇来收功。
到了道光年间，绿营兵已经完全不能在战场上进行有效的战斗了。鸦片战争，中国绿营兵有60多万，布防东南的绿营兵也不下10万，结果还是惨败，清政府与英国签下了屈辱的城下之盟，即所谓的中英《南京条约》，给中国带来了极大的伤害。
到了太平天国运动时期，绿营兵在战斗中总是溃败。
太平军在广西金田起义时，最初不过2000人，而广西额兵有23000人，土兵有14000人，总兵力有37000人，但不能抵抗只有2000人的太平军。广西兵不可用，他省可以类推。其后，捻军回民等起义，全赖湘淮营勇剿除勘定，绿营遇战必溃，溃不成军[20]。
洪秀全领导的太平军，从2000多人发展到百万大军，在南京建立新都，打下了长江中下游地区，在18省的战场上，在15年的大战中，各地的绿营规制最终都被太平军给破坏了。事平之后，清政府下令各省恢复绿营旧制，但实际上形同虚设，很难规复到原来的样子了。
太平军攻占永安时，人数一两万人，当时广西额兵有23000人，士兵14000人，再加上先后从云、贵、川、楚、粤、皖等省调来陆续进入广西，围攻永安太平军的绿营兵有80000人。在兵力上是绝对压倒太平军的，但是清朝绿营兵却未能打败太平军。
当时，清政府先是派林则徐为钦差大臣入桂督师，行到广东林则徐就病死了，改命李星沅代为钦差大臣，不久李星沅也病死军中，清政府又改命赛尚阿出督师，广西提督向荣与广州副将乌兰泰意见不合，绿营始终跟在太平军屁股后面不能有所作为。而来征战的士兵，大部分人都抽鸦片，无胆无艺，临阵专恃放炮，远远看到敌军，就把炮火放完，放完就逃走。
只有向荣自统的湖南兵算是比较好的，向荣初入广西时，每打一次胜仗，就奖励每个士兵银一两，后来李星沅到广西，下令减为三钱，军队于是喧哗，誓言不出力，后来才又改为一两，可见士不用命，兵心骄横，已经到了极点。
太平军进入湖南后军力发展很快，入道州，克江华、永明、郴州等城，如入无人之境。攻长沙时，长沙城内及城外的绿营兵有七万人左右，将帅有一大学士，二个巡抚，三个提督，十一个总兵，可是都是率军环太平军四面而营，不敢进剿，只能在四面围着。太平军很快攻占岳州。岳州参将阿克东阿弃城逃走。逃到武昌后，让兵士造假谎报殉难，又亲自装点棺殓。提督是一省的军营大将，参将也是武职大员，可他们却是如此怯懦怕死，可知绿营这些带兵大将已经腐败无能。
太平军进攻的态势可谓是势如破竹，绿营兵在他们面前纷纷崩溃，不堪一击。从金田起义，到攻占南京，为时不过两年三个月左右。太平军以疾风扫落叶的攻势席卷了中国东南地区，打烂了桂、湘、鄂、皖、江、苏六省以及从云、贵、川、粤四省调入广西作战的绿营兵[21]。(www.xing528.com)
太平军攻下南京后，当时清朝绿营兵最多的是江南的向荣所部“江南大营”（共有兵勇七万余）和江北的琦善所部“江北大营”。向荣和琦善都是钦差大臣，向荣率所部绿营一直尾追太平军到金陵城外，扎营于城东孝陵卫。琦善和直隶提督陈金绶、内阁学士胜保，率领直隶、陕西、黑龙江马步各营也赶到扬州城外扎营，即江北大营。
向荣是嘉庆、道光年间十分有名的大将杨遇春的部下，久经战阵，被称为绿营中第一名大将。但是他所率领绿营兵，平时吸食鸦片，嗜好赌博，养蓄娈童，强奸民妇，到处劫掠，民怨不断。所以这些军队在与太平军决战中不可能建立功业。1856年江南大营被太平军攻破，向荣退保丹阳，忧愤而死。1859年江南大营又一次被太平军攻破，自此，江南大营的绿营军队不复成军。
琦善所部的江北大营同样不堪一击，一样腐败。1858年太平军攻陷江北大营。江南大营和江北大营是当时清政府所能集结的最大规模的绿营队伍，它们的毁灭预示着绿营兵的崩溃，代表全国绿营精锐的主力基本解体。从此再也没有第二支坚强的绿营兵来接替它们的作战任务，绿营兵基本上退出了战场。
绿营的废弛情状，当时朝野，多能指论。有识之士，都极想痛加整饬，以求振作。然其腐败之势，终难以挽回。绿营的废弛情状，在太平军的战役中已充分暴露。于是，在同治初年，清政府开始出台一些改造和整顿绿营的举措。
当时的地方实力派要员李鸿章在同治元年就提出了要改革绿营的兵制，他说：“惟鸿章所深虑者，外国利器强兵百倍中国。盱衡当时兵将，靖内患或有余，御外侮则不足，若不及早自强，亦易兵制，讲求军实，仍循数百年绿营相沿旧规，厝火积薪，可危实甚！兵制关立国之根基，驭夷之枢纽，今昔情势不同，岂可狃于祖宗成法！必须尽裁疲弱，厚给粮饷，废弃弓箭，专精火器，革去分汛，化散为整，选用能将，勤操苦练，然后绿营可恃。”[22]
李鸿章在这里提得很明确，要求改革绿营，必须裁汰所有的疲弱，挑选精壮，厚给粮饷；废弃弓箭，专精火器；革去分汛，化散为整；选用能将，勤操苦练。只要能做到这四点，绿营还是可以成为有用之兵。
当时清政府的财政压力越来越大，负担越来越重，一方面要养八旗、绿营这些无用的所谓经制兵（旗绿各营兵额有77万余人），每年要耗费银一千数百万两，可谓养兵不为不多，费饷不为不巨。另一方面，后来又因为军事的需要，增募了几十万勇营，增加了一项新的勇营之饷，每年要耗费银一千余万两。这样，国家同时养着三种不同的军队，花费这么多钱来养兵，国家安得不贫？民安得不困？正所谓兵越多而力越弱，饷越巨而国越贫[23]。国家财政岁入有常，难以堪此耗费，改革势在必行。因此，直隶总督刘长佑在同治二年五月初二日所上的奏疏中，建议取法湘军营制，对绿营进行改造[24]。
清政府看到了绿营的无用，但又不想把它完全废除。所以1860年6月，清政府谕令长江南北各省在本籍挑补绿营兵额，不得让其废弛[25]。1861年12月，清政府又下令各省以勇丁补绿营兵缺额，以解决“兵日少而勇日增”的问题[26]。这些表明，清政府已开始了对绿营进行改造和整顿。
19世纪中叶，中国内部农民起义发生后，各省兵勇数目到底有多少？
清政府多次都想知道，依据兵部所奏请的“饬各省督抚及各路统兵大臣按期具报兵勇数目”一折，各省兵额例于年终题报到部，岂得借词军务未平，延不造报，任令提、镇、协、营互相徇隐。当时除湖北、四川两省信用依限题到外，其余各省均未依限造报，实属疲玩已极。可见当时各省兵制大都已很乱了，顾不上造册上报了。清政府虽然谕令各路统兵大臣，“着于此次奉旨之日起，限三个月内将现存兵勇名数并管带员名征防处所一并分析报部，此后随时有无增减，均着接限三个月咨报一次，如敢视为具文，延玩不报，即着该部查明严参”[27]。但清政府还是没有得到确切的绿营兵勇数目。
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