甲午中日战争结束后，清政府加强了对东北旗兵的整顿和建设。
1898年，清帝下谕令，现在时局艰难，练兵为当务之急，热河、察哈尔均属边疆要地，所设额兵着该都统认真训练，并督同协佐等员将一切军械整顿齐备，各该旗余丁精壮可用者谅必不可少，亦着逐名挑选，随同训练，仍将办理情形随时具奏。
据热河都统色楞额在奏折中称，热河额设弁兵2200名，又设炮兵100名，历经前任都统崇礼、寿荫先后奏请，由前锋马甲内抽练鸟枪步队500名，马队300名，又于余丁内挑练壮丁250名，其余额兵派充各处堆拨暨经理旗务、奏咨、书算等事，此外，围场尚有旧练马队100名，嗣又将原练步队200名改为马队100名。但是，本境常川训练的马步兵仅1050名，“统计所属一府一厅六州县两盟二七旗，有数千里，马贼游勇伏莽未除，近又矿务大兴，处处需兵弹压，实有不敷分布之势”[192]。
色楞额所采取的整顿办法是：
（1）在余丁内挑选精壮随同训练，新建步队1营。除已练壮丁250名不计外，其壮丁可用者复挑选250名，拟合前挑的壮丁共为1营，一律训练。其稍幼各余丁仍饬该佐领训练，以备日后陆续选用。
（2）多练马队，建立马队2营。由前锋马甲抽练200名，合前练的马队300名，共为2营。
（3）加强炮队训练。其额设炮兵100名，向按春秋两季操演，嗣后改为经常性的练习，务使演放炮位手眼娴熟。
此外，对于那些未经抽练的额设各兵，其派充园庭外围三十九处堆拨，狮子园兼喀剌河屯行宫以及热河各库、各庙等处堆拨，暨二十佐旗务，要加强对他们的训练，“务使一兵可得一兵之用”[193]。
清末新政时，锡良在热河建立练军和抬枪营。
1903年，热河都统锡良将直隶练军右营管带游击尹德盛所带原营马队抽调东北，作为热河自练之军，并将八旗原练强胜军的步队后营（系属募勇），并原练丰字步队200人，添募300人，合成步队1营，一并归尹德盛统领，名叫热河练军。同时又新募卫队100名，专饬训练新操，所有各营饷项除强胜马队1营仍由直隶协饷支领外，其新添马步各1营及卫队100名，均由奏明新增税务项下动支。计划先将三营募练齐整，分扎赤峰围场、丰宁等属，以固西北一路。其杨玉书所统8营于东南驻防，仍驻朝边建昌、平泉等属，以防土匪勾结。
又据山海关副都统倭恒额奏，八旗弁兵除委署骁骑校领、催前锋80名外，马甲共720名，步甲300名，其中颇有精壮，堪以训练之兵，此项抬枪200杆现已告成，自应挑选成营，由佐领内挑选管带1员，防校内挑哨官5员，委官内挑哨兵5名，领催前锋内挑队长50名，执掌号令，枪兵450名，“拟请仿照各驻防常备军之例，改作常备抬枪营”[194]。
直到宣统年间，据察哈尔都统溥良等人奏称，察哈尔全防仅有巡防马队1营，步队1营，弁兵700余名，所存枪支大都为旧式毛瑟枪，不大适用于作战。于是溥良电商军谘府陆军部，计划抽练察哈尔八旗兵队，请拨款协济。但是清政府无款可拨。虽如此，溥良还是计划就察哈尔八旗兵中挑选精壮编练马步队1000名，“不足则兼招土著，互相维持。并与口内巡防马步三营一律添换新式快枪，以结其心，以壮其气”[195]。
在东北驻防方面，由于政府对旗务的不重视，旗兵中存在严重的问题，而汰弱留强的整顿工作仍是军事工作的主线。
1904年据奉天将军增祺奏，自从庚子乱后，所有从前招募的新军以及盛奉各军，有全行溃散者，有未全行溃散者。经增祺“设法收集，汰弱留强，酌留马步五六千名，以为缉捕盗贼之用，其余收取枪械，一概裁撤”[196]。
但是，不管如何整顿，旗兵中的缺额和不操演等问题依然存在。
1909年，据东三省总督锡良奏，盛京内外城的八旗驻防，原设兵额大约20000名，饷项约银40万两，“迩岁饷糈照支，差操久废，又以库款支绌，旗饷仅照六成，并按每年三季折减发放，而旗署办公复摊公费，每兵实领不及原项之半，兵有空名，饷无实惠，是以近年旗兵出缺皆未挑补，积旷兵缺一千余名，如以此项旷饷改练旗兵，化无用为有用，拟挑选旗丁照陆军新制先练步兵一营，分驻三陵借资守御”[197]。
东北有外火器营，原先比较厉害，但自从庚子变乱后，枪械不齐，火药无出，停止了枪操，因此整顿外火器营仍是一项重要的工作。
1905年，据管理满洲火器营和硕礼亲王世铎等奏，外火器营自从1773年分建以来，其枪操阵式及马步各项技艺操练素称娴熟，历蒙阅伍褒赐优隆。1898年恭备皇太后、皇上在本营教场阅看八卦阵式及马步各项技艺，渥蒙优奖。是该营操式技艺久在圣明洞鉴之中。但是，从庚子以后，该营的枪械不齐，火药无出，并暂停止枪操。仅逐日操练马步各项技艺，演习阵式步伐，以致比年以来未能日求进步。
同时，对于一些围场驻防的旗兵进行了裁撤。
1907年，据署直隶总督杨士骧等奏，查阅围场，初设蒙古游牧80名，起于何年无案可查。康熙、雍正、嘉庆年间，陆续添设京旗蒙古满洲兵920名，合以初设蒙兵，共计1000名，管理该兵之翼长防御骁骑校各员亦皆京旗拨补，遇有缺出仍由京旗带引。如今把他们裁撤，除酌留员缺分管旗籍外，余令各归京旗，按原品由各该旗遇缺即补，其不愿归京旗者，准由热河驻防，另定插补，章程未经补缺之先查照裁缺新章一律准食原俸，俾免觖望，其裁兵中有年力精壮者，将来热河续练驻防常备军时酌量挑选，俾可随时效力。此外各兵户口不下20000人，拟留翼长2员，骁骑校2员，领催8名，移驻唐山营分管旗籍，以备续挑常备军时按册挑选。又留牧长1名，牧兵12名，经理阿敦马匹，计于原设官18员内酌留4员，原设兵1000名内酌留21名，“其余官兵均应裁撤”[198]。(www.xing528.com)
陆军部等会奏，查围场驻防自设立以后，户口繁滋，不下20000人，一旦裁撤，听其散漫无归，不唯流离失所，且恐恃众生非，今该都统等请留翼长骁骑校各2员领催8名分管旗籍，又已裁各旗兵拟给随缺地亩有租可食，裁兵中有年力精壮者将来热河续练常备军时酌量挑选，俾可随时效力。“所拟均属周妥，自应准如所奏办理。所留官员兵丁仍按季造册报部备查。至裁缺官员令各归京旗，按原品遇缺即补，其不愿说旗者准由热河另插补章程”，“倘各员京旗地方存有产业仍愿回京者可听自便”[199]。
在黑龙江驻防旗兵方面，也进行了裁撤、整顿和变通，组建了新的常备军。
1906年，据署黑龙江将军程德全在其奏折“统筹善后折”中称：
一是裁撤养育兵770名。通省八旗原设纳粮兵额名叫养育兵，计770名，每名岁给饷银12两，遇闰增加，丰年每年纳粮22仓石，否则以次递减岁收三成，则全行豁免，并分别接济。但兵丁素昧农务，年丰则购粮以入官，岁歉则仰给予接济，虽说由饷扣还，大抵奏请豁免。徒耗有用之款，而兵丁益形困惫，这是应当裁撤的。
二是裁撤各旗中的旧有各匠役。各旗设有修理鸟枪、弓鞍、铜铁各匠，计150余名，每名岁领饷银12两，“无论现在工价腾踊百倍，当时非区区之饷所能雇用，即所谓匠者亦恐并无其人，何必专设，致多虚耗”，这也是应当裁撤的。
三是裁撤名存实亡的火器营。火器营设于1684年，征罗刹之役，专为经理炮位。但是，庚子而后，荡然无存，该营即无所事事，这是应当裁撤的。
四是裁撤水师营。水师营建于1683年，当时勘定俄侵边界，经将军萨普素调吉林等处官丁、水手驾船来江，额设总管1员，及四品以下官，分扎黑龙江等城，共设兵船、粮船大小百余号，向章十年新修，五年补修，共需银三万六千余两，“以此巨款造有名无实之船，甚无谓也。况庚子后，船只无存，正宜及时并罢”，这是应当撤裁的。
五是建立常备军。当时共计全省的制兵，领催、前锋、披甲共13000余名，分隶各旗，春秋例操，霜降后将军暨副都统行围校猎，以观技勇，自校猎不行，加以先后奏调出征者40余次，大都亡于战阵，其凯旋者又以功自矜，习于安逸，举精锐之士悉变为疲软，与内省绿营痼弊相同。“现在环球角力，皆以扩张军政为务，若犹故步自封，何异泥古方以疗今病。拟请照练兵处定章汰弱留强，编为常备军，以一兵食二兵之饷，择协佐等为将领，并由湖北、直隶武备学堂中调取教习认真训练，至拟裁之水师营兵户，查明向驻某城即就近编入某城汉军旗佐，一体当差，升转以免偏枯，此应变通者。”[200]
在新建的常备军中，增加防饷，提高他们的待遇。
1906年，在程德全电奏的催动下，得到清政府拨下十万两银子的部拨军事经费。当时清政府下谕令，“悉前据奏请饬催东北边防经费，又请拨解巡防兵饷，业经饬度支部议奏，兹据电奏，边防紧要，待款接济，着度支部将经费暨巡防兵饷迅即分别饬催筹拨，寻部奏明年起由部加拨防饷银十万两”[201]。
在改建常备军的同时，还把部分旗兵或部分制兵改建为巡防营。
当时全省制兵有13000余名，如果一律改练常备，非但教习不敷分用，且恐财力也有所不足。于是程德全计划将齐齐哈尔制兵全饷并呼兰、通肯两城，除拨苏林两营各二佐外，下余之饷均作改练常备军之用。应由省城先倡遵奏定募兵章程，按格挑选，并遵入伍制略次第推广，务使练一兵得一兵之用。其墨尔根、黑龙江、呼伦贝尔、北团林子、巴彦苏苏各营，改为巡防营，“照巡警章程饷外另筹贴补，以足四两五钱之数，为改练常备军地步，酌加兵饷不再添兵，似费而实省也”[202]。
程德全在改造旗兵的过程中，还提出了要变通旗制，并上奏了“变通旗制折”。
程德全在奏折中称，臣饬各城仿照中、左、右三军营制饷章赶紧挑练。据报起练者马步七营零一哨。此项薪饷皆由各城旗俸饷内筹拨，所有管带哨官、哨长皆令协佐领骁骑校兼充，各营之兵仍照原奏由甲兵西丹之内挑用入伍，如不敷再由土著内挑选，常川演练，唯各旗若不稍留甲兵，倘有差役，势必无人应命，拟各佐各留兵12名，共留甲兵2064名，以充佐下之差，“如此变通办理庶于营务两有裨益”[203]。
黑龙江省旧编的八旗，凡隶于旗者皆可为兵。原设领催、前锋、披甲、养育兵、水手等共13000余名，分防戍边，并供差役，春秋皆有例操，霜降后将军暨各城副都统行围校猎以肄技勇。厥后协饷积欠，猎操久停，丰镐赳桓，狃于宴安。光绪三十一年，程署将军筹办善后折内声明，大加裁并，分饬各城照章编练马步各队。行省既设，重加整顿，故将巡防各军划一归巡防营务处管理，嗣照部颁章程编伍加饷。唯以款项不敷，将巡防议裁，截饷加给官兵，并酌拨此项饷银津贴，副都统以下各官以资挹注，仍每佐留兵十二名，以应差役，旧驻之吉林水师，奏请裁撤，拨入汉军，这是变通兵制之大略。“江省八旗官兵编制之初，具有深意，何图法久弊生，世局多变，强邻侵我藩离，已有反客为主之势，而我则旧制陵夷，官兵之困情庸弱，已无复昔时尚武之遣风，急起而变通之，庶几稍自振拨而另辟新机，以为因应对待之策，此存心国防者所当次第组织也。”[204]
黑龙江旗务官兵的整顿工作也在进行，对一些没必要的官职进行裁撤，对一些官制进行变通。
黑龙江省官兵可谓是武功丕著，清朝定鼎编列八旗镇，虽说也是重镇，但是因为闭关自守，为部落的政治，所以固我边陲者固视设官开垦为末计，并不提倡。时间一长，曾经的精强，最终归于疲软，俸饷所入，不足自存，于是摊派之事起，而贫弱之患不能得到解决，不能加以变通，内治腐败，又如何能对外？
前吉林将军达桂，署黑龙江将军程德全有鉴于此，于1904年、1905年，曾多次疏请裁理刑员外，并裁减副都统、协领为入手之办法。徐世昌出任东北时，正值改行省官制之际，程署将军改署巡抚，又与往复商议，于是又裁撤主事、笔帖式、仓官、屯官等缺，裁缺各员，或以对品官阶奏请选补，或改为学员分送学堂肄业，武职则副都统原设7缺，除齐齐哈尔、呼兰、通肯、布特哈4缺，先已奏裁外，其余像爱珲、呼伦贝尔、墨尔根，均请改为兵备道总管，原有八缺，只存其7，副总管36缺，今存其8，其余协领佐领改为满汉蒙公缺者居多，满洲防御悉数裁撤，从前总管以下共1500余员，“今则仅存其半矣，此变通官制之大略也”[205]。
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