洋务运动时期，清政府还对新疆旗务、东北地区的旗务进行过整顿。
新疆省旗务整顿之前首先要做的是大力补足八旗名额，力图恢复原来的旗务和秩序，恢复原来的旗务生活。
1867年清帝下谕令，福济、锡纶奏现存满兵请改地安插一折。伊犁、巴燕岱、乌鲁木齐、古城、吐鲁番各城的驻防满兵，自回逆倡乱以后，迁徙流亡，所余仅一百五十人。锋镝余生，殊堪矜悯。若留于西路征剿，亦不成一队。自应照福济等所请改地安置，即着于绥远城、热河、张家口三处分别安插，毋庸改隶京旗，福济等即按定人数妥筹，赀遣分隶各处，仍照该官兵等原有职任，钱粮坐补，以示体恤。此项官兵到时，定安、麒庆、文盛等仍责令照常操演，毋令游手好闲，坐耗饷糈[180]。
1882年据新疆巡抚张曜奏，伊犁收复，新疆大定，当日之先务在于裁汰勇丁，以节饷项。同时对于规复兵制，永固边防也是有益的。营制变通有三个方面：增骑兵，重火器，设游击之师。这是新疆与他省不同的地方，只有变通营制才能巩固边防。至于各城兵额，督办新疆军务刘锦棠陈明，请就关外现裁营勇，选其精壮耐劳者编成制兵，改行饷为坐粮，实为良策。这种方法，与当时多数省份所推行的改勇为兵的做法是一样的，但在新疆却是整理旗务的一种有效方法。另外，对于旗营，参用屯田的办法，可以兵食两足，这是很有好处的，“关外多一精兵，关内少一游勇，隐弭无数事端”[181]。(www.xing528.com)
伊犁的满营官兵，自从兵灾后死亡相继，男妇丁口仅存1300人左右。1882年，原任将军金顺奏请由锡伯营挑选壮丁3200名作为新满洲，以补充惠远城满营4000人的名额。1888年，前将军色楞会奏，拟请又减为3504名，嗣经部议核驳，不准减名额。
伊犁满营，1887年据锡纶奏报，仅存勇妇1300人。于是锡纶将军请设官兵3504名，计丁口34100余名，是所设官兵浮于所存勇妇之数十倍。但是却未便率准支给俸饷。伊犁满营当时所存丁口为1300余名，金顺奏请挑拨锡伯新满营9500余名，合计新旧满营丁口10000余名，并没有34100余名之多。因此，计划增设满营官兵1000名，在旧的满营人数内挑足1000名，仍挑留锡伯新满洲1000名，共2000名，以资捍卫，“对于边防大有裨益”[182]。可见，新疆满营员额的补充虽在不断努力，但要补足原来的数额仍有一定的困难，这也是一项长期的工作。
另外，新疆伊犁等地如何养旗兵的问题，也有一个办法，就是养兵之费半资屯田，其法是以旗汉兵每年分拨四成屯田，六成差操，“更番为之，故可持久”。后来这种成法被运用到东北地区的旗营，吉林及呼兰一带荒地极多，其经制兵内仿伊犁成法抽调若干成，授地垦荒，引渠浇灌，“以资生计”[183]。
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