医疗保险基金的支付涉及医疗保险制度的补偿公平。除了要按照社会医疗保险基金的筹资水平决定医疗保险基金的支付水平，更为重要的是要充分化解参保人的疾病风险。与费用总额控制不同，权利导向的平衡更应重视医疗保险基金支付结构。一方面，需要确定参保人自付水平和保险支付水平。一个较为理性的标准是参保人参保后不会因病致贫、因病返贫。还需要同时考虑对道德风险的防控。保险支付水平过高可能会导致较高的道德风险，导致医疗保险费用快速上涨，社会医疗保险基金不堪重负，政府也会陷入保障性支出负担过重的危机。保险支付水平过低则可能会难以实现医疗保险对于疾病风险的化解需要，更不能满足居民主体的生存权和发展权要求。因此，在权利导向中这种支付结构的重构需要考虑激励与约束问题。另一方面，医疗卫生资源配置公平性的引导。当前“看病难”的一个深层次的原因是我国医疗卫生资源配置的结构不合理。所以，医疗费用的支付应该引导参保人从社区首诊到逐级转诊制度，把常见病、慢性病放在社区首诊，并且通过较为基础的全科医生进行日常维护和诊断，更有效地利用医疗资源，在不同医疗机构之间制定出不同的保险费用报销标准。
平等权利的医疗保险基金支出指标提取主要可以由以下几个方面组成。
首先，三大目录变量（基本医疗保险药品目录、诊疗项目目录、医疗服务设施标准等）。三大目录变量是医疗保险支付的依据，参保主体权利的实现，正是通过三大目录变量实现，纳入保险目录内的药品、检查和服务才能够被社会医疗保险基金偿付，否则不予偿付。所以，作为提升医疗保险质量和水平的重要变量，调整三大目录的覆盖范围，可以提升医疗保险基金的保障水平，随着医疗技术的进步、医药研发的发展，新的药品、检查、设备被纳入社会医疗保险报销中，提升了社会医疗保险基金的支付水平，同时也增加了社会医疗保险基金的开支。2017年12月1日，上海社会医疗保险药品目录将国家社会医疗保险药品目录新增的375个药品全部列入报销范围，公布了新的肿瘤靶向药个人定额自付标准，提高了基本医疗保障水平。
其次，费用控制政策变量（起付线、共付线和封顶线）。平等的权利关系、参保人对于自身社会医疗保险报销的权利请求将会改变费用控制政策。在维持一定的政策稳定后，针对不同级别的医院，设置不同的诊疗项目，不同的报销标准，将会影响医疗保险金的支出状况。(www.xing528.com)
再次，就医者年龄变量（如：“老人”“中人”“新人”等）。由于制度的转轨需要，“老人”“中人”“新人”的人口结构也将不断变化。随着制度年龄的延长，老人逐步退出，新人比例逐步增多，将有助于医疗保险基金分散风险。
最后，医疗机构的变量（一级医院、二级医院、三级医院）。具体而言，国际上较为通用的做法是2002年由世界卫生组织提出来的个人现金自付在家庭消费中的比重，一般为15%和40%。低于15%的比重，可以认为家庭受到卫生费用支出的影响不大，即不会造成因病返贫、因病致贫的标准。[53]
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