分散型的备案审查机制在四大系统之间无法自行统合，缺乏人大主导的备审制度，易诱发系统内部与外部的矛盾[16]。
首先，不同系统各自备审，职权界定、审查标准、审查程序、审查效力等不够明确使得审查依靠实践探索缓慢前进。如党政联合发文等制定主体隶属多审查系统的规范性文件的备案审查权属存有争议。衔接联动的互动运行主要在人大、政府之间，党内备审系统更为封闭[17]。审查主要依靠内部沟通、反馈不全面，无法消解外界对其随意性、规范性的质疑。
其次，人大政府两系统“叠床架屋式”覆盖产生局部的双重系统备案机制，可能引发审查结果存异，凸显备审机制自身的冲突。梳理发现地方性法规、自治条例、单行条例需向全国人大常委会、国务院备案，地方政府规章需向同级人大及上级政府逐级备案。“备案是储备，为审查而准备；审查才是主要部分”[18]。立法法第一百零一条规定接受备案的机关拥有对备案对象审查程序的立法权[19]，结合中央出台文件多次强调“有备必审”的工作要求，可推知备案机关在接受备案后所可能产生的审查权限。(www.xing528.com)
如设区的市政府规章，立法法第九十八条第（四）项规定的备案主体为：（1）国务院，（2）所在省的人大常委会，（3）所在省的人民政府，（4）同级人大常委会。由于“备案”是否必然能够进行“审查”尚无定论，存在各备案主体均可审查的可能。有学者认为4个主体审查后的制裁措施存在区别可作为接受备案的主体能否进行实质性审查的依据[20]，是否拥有改变或撤销权，或可成为备案审查主体能够进行实质性审查的标志[21]，但除（2）之外的三个备案主体均有撤销权，可进行实质性审查，产生迥异的审查结果当如何？
（1）（3）两主体结论冲突时，基于两者间的领导与被领导关系应由国务院决定；（2）（3）两主体间产生冲突时，根据两者间的监督与被监督关系也可解决[22]。问题在于，“同级人大常委会”同“所在省的人民政府”一个是制定主体的直接民意监督机关，一个是制定主体的直接行政领导机关，其审查结论产生冲突时何以解决？
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