工程结算与审计的冲突在实践中经常发生，早在2001年最高人民法院就答复河南省高级人民法院《最高人民法院关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》，其中指出，审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。2004年发布的《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定了当事人对工程计价方式有约定的，按照约定结算价款。
实践中各地法院基本上也是按照最高人民法院的意见进行裁判的，具体而言，主要形成了以下几个裁判规则：1.建设工程合同的工程价款结算应以当事人约定为准，审计部门对建设资金的审计不影响建设合同的效力及履行。2.当事人对接受行政审计作为确定民事法律关系依据的约定，应当具体明确，而不能通过解释推定的方式。3.涉及公共利益的建设工程可以约定以审计机关的审计结果作为结算依据，明确约定的应当以审计结果作为结算依据。
表 相关司法裁判案例(www.xing528.com)
①参见https：//wenshu.court.gov.cn/website/wenshu/181107ANFZ0BXSK4/index.html？docId=0671731ace8e455faccdab6b00c2cc42
②参见https：//wenshu.court.gov.cn/website/wenshu/181107ANFZ0BXSK4/index.html？docId=9e83cd74300d4ef0adaaabd400c3f637
③参见https：//wenshu.court.gov.cn/website/wenshu/181107ANFZ0BXSK4/index.html？docId=8503963d076e4e52 ad8ca8 b500bedfbc
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