首先，需要明确的一个基本认识是建设工程价款结算技术本身就是非常复杂的，政府投资或以政府投资为主的建设工程更具有体量大、难度高、专业性强的特点，这些工程价款有的高达几十亿元。对于工程造价问题，不同部门人员都有不同的意见。从开工到竣工，工程施工过程中难免会对原有图纸进行修改，因此建设单位与施工方要经过大量的沟通协调才能对价款达成一致，双方最后确认的合同价款是互相妥协的结果而并非就是工程的客观价格。而这种合理的差异应当被第三方审计机关所理解并尊重。
其次，强制规定“以审计结果作为结算依据”在实践中会带来拖欠工程款的问题。审计法和其实施条例并未对项目审计时限作出具体规定。在实践中，由于竣工审计的拖延导致施工方不能及时取得工程款的现象屡见不鲜，甚至有的工程完工几年后施工方也难以拿到工程款。而这些被拖欠的工程款里不仅包括企业盼望的利润和材料供应商的货款，也包含了许许多多工人的辛苦钱和职工薪酬。如果因为审计的拖延而导致施工方不能按时取得工程款，不仅侵犯了施工方的按时获得经济利益权，影响施工单位的资金供应和正常运转，也可能引发严重的社会问题，甚至破坏社会和谐稳定。
再者，“以审计结果作为竣工结算依据”实质上是剥夺了施工企业对工程价款的话语权。政府投资的建设工程也属于政府采购行为，一般要经过招投标程序选择施工单位。根据招标投标法，双方应按照招标文件和投标文件签订合同，根据合同约定的价款进行结算。如果强制以审计结果作为结算依据，则会对招标投标法的价格磋商机制造成破坏[8]。此外，由于审计机关的人员配置不足，实践中对政府投资的工程审计一般由审计机关指定给社会上的审计事务所承担。而这些事务所的收费方式是根据“审减额提成”，这就意味着审减的金额越大，他们的报酬越多。由于这种明显的利益关联，事务所很难保证独立性和中立性，这样的审计结果也就难以保证公允。可以看出，这种“审减抽成”的做法极大损害了施工方的经济利益。(www.xing528.com)
最后，根据审计法规定，被审计机关对审计机关的决定不服的，可以申请行政复议或提起行政诉讼。而在政府投资的建设工程施工合同中，被审计单位是使用财政资金的政府部门，而不是合同的相对方施工单位。但以审计结果为结算依据的规定最终影响的是施工方，如果施工方不服审计机关的审计决定该如何救济呢？审计法对此并未规定。由此可见，地方性法规中规定以审计结果为结算依据完全剥夺了合同相对方的话语权。
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