学科的划分与部门法的划分是不同的，后者主要是以有无作为调整对象的特殊社会关系或者一定层次的利益关系为标准。[5]而学科的划分主要是看有没有独立的研究对象。虽然反恐刑法不是一个独立的部门法，但是反恐刑法学有独立的研究对象：恐怖犯罪，这是单纯的反恐法学科和刑法学科都无法单独涵盖的。反恐法和刑法在反恐刑法学中的关系是多维度、多层次的，并不是简单的叠加关系。
1.反恐法与刑法的交叉关系。二者的交叉关系是由恐怖犯罪的双重违法性所引起的，违法的双重性也导致了法律责任的双重性。《反恐法》对管辖的规定[6]，依法追究刑事责任的行为的列举，反恐怖主义工作领导机构、有关部门的工作人员在反恐怖主义工作中的刑事责任的规定[7]，都是二者交叉的体现。《反恐法》是一部综合性的反恐法律，在《反恐法》中规定刑事方面的内容，主要是出于内容完备、结构完整的系统性考虑，如果要具体对行为人定罪、量刑，还是需要依靠刑法的具体规定。
2.反恐法与刑法的互动关系。《反恐法》中不但规定了恐怖犯罪，还规定了尚不构成犯罪的恐怖活动行为和极端主义行为的情形及治安处罚措施，而且还对负有反恐职责的相关部门、机构、人员的法律责任作出规定，从反恐的纵向维度来看，包含事前的预防、事中的处置和事后的恢复。[8]当然，恐怖犯罪的犯罪圈并不是固定不变的，会随着我国反恐形势的变化、刑事政策的变化等扩大或者缩小恐怖犯罪的犯罪圈。在《刑法修正案（九）》出台前，我国的刑法中并没有极端主义犯罪的规定，当我们认识到极端主义是恐怖主义的思想基础，要反恐首先要反极端主义之后，把情节严重的极端主义行为“犯罪化”就变得很有必要。当我们认识到“反恐”更要“防恐”后，我们把对被恐怖犯罪侵害的法益的保护提前，在刑法中规定抽象危险犯、帮助犯和预备犯正犯化、增加附加财产刑的适用。目前，我国在恐怖犯罪领域更多的是“犯罪化”，不排除以后恐怖犯罪领域的“除罪化”，这也是刑法谦抑性的应有之义。[9]
3.反恐法与刑法的衔接关系。有学者认为，刑法与反恐法的衔接至少包含以下几个层次：
一是立法模式的衔接。我国目前采取的是单轨制立法模式，恐怖犯罪的罪名和量刑都是由《刑法》统一规定的，虽然《反恐法》中也有相关条款，但都是宣示性的规定，而且《反恐法》第七十九条所列举的应当依法追究刑事责任的情形和《刑法》中的恐怖犯罪罪名，并不是完全对应的，缺乏和极端主义犯罪相关的规定。《反恐法》中只规定犯罪行为，不规定法律后果的恐怖犯罪条款，造成了“只能反、不能罚”的困境，反恐法的实施效果会打折扣。因此，在立法模式衔接上，在目前改变单轨制恐怖犯罪立法模式不现实的情况下，可以有两种解决途径：第一是按照《刑法》标准，完善《反恐法》中依法应当追究刑事责任的情形；第二是把《反恐法》中刑事方面的规定删除，恐怖犯罪的定罪量刑问题全部交给刑法处理。
二是立法空间的衔接，即两法应当明确各自的立法空间，在此基础上确定衔接处。如上文所述，刑法主要规定恐怖犯罪的定罪和量刑，以及刑法总则中规定的具有普遍适用性的原则及制度；而反恐法主要规范反恐的基本原则以及反恐的事前、事中和事后环节。(www.xing528.com)
三是“法意”的衔接，即两法的宗旨、目的的衔接。惩罚犯罪和保护人民是刑法的宗旨、目的，惩罚犯罪的最终目的是保护人民，保护犯罪嫌疑人和被告人的合法权利也是应有之义。[10]通过对比分析《刑法》和《反恐法》的规定，能够发现刑法侧重于事后惩罚犯罪和对合法权利的保护，而反恐法侧重于预防恐怖主义和对恐怖活动的主动打击，对恐怖主义要始终保持高压严打。反恐刑法学要协调二者的目的、宗旨，做好“法意”的衔接，不但打击恐怖犯罪，也要尊重和保障人权，维护公民和组织的合法权益。[11]
四是“法语”的衔接，即法律用语的协调一致。《反恐法》引入恐怖主义、极端主义、恐怖活动、恐怖活动组织、恐怖活动人员、恐怖事件、恐怖活动犯罪、极端主义犯罪、恐怖活动罪犯、极端主义罪犯等概念，《刑法》中也有恐怖活动组织、恐怖活动、恐怖主义、极端主义等概念，从整体上来讲，二者实现了有效衔接。但是，《刑法》第三百一十一条规定了拒绝提供恐怖主义犯罪、极端主义犯罪证据罪，这里的“恐怖主义犯罪”和“恐怖活动犯罪”有何关系，是只是语言表达上的不同，还是有更深的立意用意？从恐怖主义犯罪和极端主义犯罪并列列举来看，恐怖主义犯罪和恐怖活动犯罪的内涵和外延应该是一致的，再考虑到最高人民法院、最高人民检察院、公安部和司法部联合发布的《关于办理恐怖活动和极端主义犯罪案件适用法律若干问题的意见》中使用的是“恐怖活动犯罪”的表述，出于法条表述一致的考虑，建议把《刑法》第三百一十一条中的“恐怖主义犯罪”的表述改为“恐怖活动犯罪”，避免二者在“法语”上的衔接漏洞。
五是管辖的衔接，即《刑法》与《反恐法》在恐怖主义犯罪刑事管辖权方面的规定的衔接。[12]因为在中华人民共和国领域外对中华人民共和国国家、公民或者机构实施的恐怖活动犯罪的主体，包括中华人民共和国公民也包括非中华人民共和国公民，这是《反恐法》对恐怖活动犯罪属人管辖、保护管辖和普遍管辖的规定，和属地管辖共同构成我国的刑事管辖制度。针对恐怖活动犯罪的保护管辖和普遍管辖原则也反映出我国不向任何恐怖活动组织和人员作出妥协，不向任何恐怖活动人员提供庇护或者给予难民地位的反恐思想。[13]《刑法》对属人管辖和保护管辖作出了例外规定，而《反恐法》对恐怖活动犯罪的属人管辖和保护管辖并没有作出例外规定，二者在管辖的衔接上出现了不一致的情况。笔者以为，鉴于恐怖活动犯罪和普通刑事犯罪在性质上的不同，而且在反恐领域，《反恐法》和《刑法》相比是特别法，依据特别法优于普通法的原则，针对恐怖活动犯罪的属人管辖和保护管辖不应该有额外的限制，这也是我国针对恐怖主义的“不妥协”原则的体现。当然，我们必须承认要追究在我国领域外对我国国家、公民或者机构实施恐怖活动犯罪的我国公民和外国公民的刑事责任存在现实困境，为了解决这个问题，我国《反恐法》对“国际合作”作了专章规定。[14]反恐的“国内”和“国际”战场密不可分、相互影响，国际反恐的成就也会让国内反恐受益。
六是罪名体系的衔接，即两法在具体罪名设置上的衔接。在罪名体系上，恐怖犯罪应该包括恐怖活动犯罪和极端主义犯罪两种形态，《刑法》中既有恐怖活动犯罪的罪名，也有极端主义犯罪的罪名，但是《反恐法》第七十九条只有恐怖活动犯罪的列举式规定，并没有极端主义犯罪的列举式规定，这不能不说是一个衔接上的漏洞。有学者提出，我国《刑法》在妨害社会管理秩序罪一章中有“入境发展黑社会组织罪”“包庇、纵容黑社会性质组织罪”“包庇毒品犯罪分子罪”这三个罪名。和黑社会性质犯罪和毒品犯罪相比，恐怖活动犯罪和极端主义犯罪有更大、更深层次的社会危害性，因此，可以在《刑法》中增加入境发展恐怖活动组织罪，包庇、纵容恐怖活动组织罪，窝藏、包庇恐怖犯罪分子罪。[15]设立“入境发展恐怖活动组织罪”可以解决打击境外的“三股势力”到我国境内发展恐怖活动组织时无法可依的问题；而“包庇、纵容恐怖活动组织罪”可以使我国反恐斗争中危害严重的“两面人”得到更合适的定罪量刑；我国《刑法》中虽然也有“窝藏、包庇罪”，但是“窝藏、包庇恐怖犯罪分子罪”可以加大对为恐怖犯罪分子提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿的行为以及作虚假证明、帮助掩盖罪行的，帮助隐藏、转移或者毁灭证据的，帮助取得虚假身份或者身份证件的行为的打击力度。[16]
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