市场操纵主观犯意的证明本身便是难题，短线操纵则是“难上加难”，突出表现在：（1）短线操纵持续时间较一般操纵短，在二级市场的持续异动转瞬即逝，收集、固定证据的难度大；（2）短线操纵的交易行为与市场上一些正常交易行为极为相似，如果不加细致甄别，可能会将其混同；（3）短线操纵是高智商违法的产物，其肇生原因之一就在于规避法律和监管者对传统长线坐庄模式的打击，违法者总会以种种理由为自己的操纵行为辩解，意图将自己的行为归结成一种正常的“投资行为”或“盈利模式”，而绝不承认自己有操纵市场的主观故意。
由此，以传统的方法（如刑法里证明“故意杀人”或“故意伤害”的方法）去证明短线操纵的主观故意基本是一项“不可能的任务”，必须从证据学的角度探讨新的证明方法。目前看来可以有两个角度：
一是降低证明标准，即通过市场上的异动来判断操纵行为的存在，进而通过操纵行为来推定嫌疑人的主观故意。这种推理方法的关键在于证明行为人的行为“异于常人”，如频繁、大量高买低卖，买卖证券方向与其投资建议方向相反等等，进而推定投资人进行的不是正常的交易行为，有操纵市场的主观故意。这种方法的实质在于将“主观归责”标准转化为“客观验证”标准，降低了举证难度。(www.xing528.com)
二是转移举证责任，当行为人操作反常并影响证券价格或交易量时，推定行为人具有操纵市场的主观故意。行为人可以自行举证辩驳否认主观犯意的存在，其所作的证明如果不能构成其从事异常交易的正当理由，则行为人市场操纵主观故意的推定成立。采用推定方法减轻了监管者的举证和推理责任，将证明责任的“球”抛给了嫌疑人。
当然，二者也可以结合起来，即先证明行为人参与了拉抬、打压、做尾盘、虚假申报等交易行为，影响了股价或交易量，与正常交易行为不同，构成操纵行为，再以此推定行为人具有操纵的主观故意，要求行为人自证其无辜。这种主客观结合的证明方法，可能更适合我国证券市场的实际情况。
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