价格工具是实现交易的基本途径和手段。对于传统单边市场而言，产品价格依据产品成本及供求关系状况设定。在供求关系或产品性能一定的前提下，企业的交易量受销售价格影响，例如在通话质量一定的前提下，决定电话用户通话时间长短的因素主要是价格水平，通话费提高会导致通话时间变短，通话费降低会导致通话时间变长。但是在双边市场中，虽然平台产品的价格总水平（平台企业从双边中收取的总费用）对销售量和利润有影响，但价格结构（总价格在市场双边间的分配）的影响更为重要。平台企业的交易量会随着价格结构的变化而波动，这是因为受到交叉网络效应的影响。有的学者把这种现象称为“价格结构非中性”（non-neutrality）。[15]与单边市场相比，双边市场虽然也关注总价格水平，但更关注的是价格结构。因此，价格结构特征是判断双边市场的一个重要依据。
在非中性的价格结构条件下，平台企业针对不同性质的用户制定不同的价格。由于双边用户对于双边市场的价值不同，网络交叉效应强度不同，需求弹性不同，平台企业向这两边不同的用户提供产品的成本和收益也不同，因此平台企业对双边用户的价格策略是不一样的，在定价上通常表现出倾斜性的特征，或称为价格结构的非对称性。平台企业为吸引双边用户参与平台交易，通常会对其中一边用户制定较低的价格，甚至免费提供服务，实质上就是对该边用户采取补贴策略，例如网络搜索平台通常对网络搜索用户免费。平台企业还可以通过投资的方式进行价格补贴，例如微软平台为软件开发商开发软件提供其所需的各种工具、环境等，也是平台纵向一体化的表现。当该边用户被大量地吸引到平台上之后，由于网络所具有的锁定效应，用户对平台会产生黏性，从某种程度上提升了平台转换的成本，这为平台积累基础用户打下了基础。当基础用户具有一定规模之后，另一边的用户规模就会在交叉网络效应的作用下随之增长，平台企业可以根据实际情况对这一边采取收费策略，以弥补在另一边的免费甚至补贴而形成的成本，例如网络搜索平台对广告商收取广告费，软件操作平台对软件使用者收取费用。平台企业可以根据双边用户的不同特征调整对双边用户的价格分配以增加价格敏感度，提高数量较少一方的参与数量，从整体上利用交叉网络效应吸引更多的用户到平台中来交易，进而实现平台利润最大化。平台企业正是通过这种倾斜性的价格结构来构筑双边市场，解决鸡蛋相生的问题。[16](www.xing528.com)
双边市场之所以引起反垄断法的极大关注，主要是由于双边市场不同于传统单边市场的非对称性价格策略。传统产业组织理论认为企业采取低于平均成本的定价策略是破坏市场竞争的一种手段，常常为政府所限制。但是平台企业收取的总价格水平需在双边市场的用户之间进行合理分配，已经脱离了价格等于边际成本的原则。[17]在实施低价的一边，平台企业的价格可能低于向该边用户提供产品的边际成本，甚至实施免费或补贴策略。而在实施收费的另一边，平台企业的价格有可能高于边际成本，有时会远高于边际成本。当然，平台企业对两边用户的价格仍然受到供求关系的制约，一旦价格过高，一些平台用户就会退出该平台。在双边市场中，两边用户的需求是有机整体，对任何一边用户的定价都应该考虑另一边用户的特征以及定价行为对另一边市场构成的影响等因素。不能简单地依据传统的成本定价原理割裂市场两边来对一边市场进行定价。
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