对《商君书》的记载和征引，最早见于《韩非子》。《韩非子·五蠹》：“今境内之民皆言治，藏商管之法者家有之。”《韩非子·内储说上》谓：“公孙鞅曰：‘刑重其轻者，轻者不至，重者不来，是谓以刑去刑。’”[2]此句见于今本《商君书·靳令》。
到了汉代，《淮南子》曾提到过《商君书》中《启塞》篇，所谓“启”者，与“开”字同[3]。司马迁在《史记·秦本纪》中提到过《商君》一书[4]，《商君列传》中对《商君书》的内容也多有化用，其在末尾云：“余尝读商君《开塞》《耕战》书，与其人行事相类。”[5]刘向在《新序》中对商鞅的事迹多有论及，在《善谋》篇中更有对《更法》篇的大幅引用。[6]《汉书·艺文志》法家类：“《商君》二十九篇。”班固注云：“名鞅，姬姓，卫后也。相秦孝公，有列传。”又兵权谋家类：“《公孙鞅》二十七篇。”另外，《汉志》农家类中载：“《神农》二十篇。”颜师古注曰：‘刘向《别录》云，疑李悝及商君所说。’”[7]由此可见，汉时商君学说实广泛涉及法、兵、农诸领域，汉后的著录主要见于法家一类。
魏晋南北朝时期，由于目录学著作多已失传，所以今天能见到有关《商君书》的著录比较少。《三国志·蜀书·先主传》裴松之引《诸葛亮集》谓刘备在遗诏中叮嘱刘禅云：“闲暇历观诸子及《六韬》《商君书》，益人意智。”[8]将《商君书》和诸子及兵书《六韬》并列。魏时郑默著《中经》，后晋人荀勖因之而作《中经新薄》，将《汉志》中的“七分法”变为“四分法”，并将《汉志》中诸子、兵书、术数等并为乙部，又将诸子分为“古诸子”和“近世诸子”两类，故此时若《商君书》被收录，应该是被列入乙部，至于是被列入乙部中的“古诸子”还是“兵书”类，还是两者都有，由于文献缺失不得而知。《晋书·庾峻列传》：“唯有处士之名而无爵列于朝者，《商君》谓之六蝎。”[9]可见时人或对《商君书》较为熟悉。刘宋时王俭撰有《七志》，其体例仿《汉志》，设有“诸子志”和“军兵志”等七类，汉时商鞅著作分属法家类和兵权谋家类，由于文献失传，不知王氏是否收录或将其归属何类。梁时阮孝绪又撰有《七录》，复将诸子与兵书合为“子兵”一类，故若此时《商君书》被阮氏收录，其应入列“子兵”一类，具体情况也由于文献失传不得而知。又梁庾仲容《子抄》法家类：“《商子》五卷。”[10]由上述可知，虽然此时能见到对《商君书》的著录较少，但是也一直有流传。
隋唐时期，《隋书·经籍志》法家类谓：“《商君书》五卷。秦相卫鞅撰。”[11]其书名沿用《三国志》中裴松之注的记载，卷数则和《子抄》相同，但也只有卷数而并未言及篇数，因此五卷本《商君书》到底有多少篇仍然是疑问。另外，《群书治要》中辑录了《六法》《修权》《定分》三篇，并谓其来自《商君子》。[12]。而大概介于《隋志》和《唐志》之间的《日本国见在书目》谓：“《商君书》三卷。”[13]可见，《商君书》大概在唐朝时已经流传到了海外，并且在卷数上和《子抄》《隋志》的五卷本有差异。无独有偶，马总《意林》谓：“《商君书》四卷。”[14]并对《商君书》的内容有所摘引，其卷数亦不同于《子抄》和《隋志》，可见“五卷”并非隋唐时固定卷数。此外，《北堂书钞》《艺文类聚》《文选注》《长短经》等俱有对《商君书》的征引，且均谓来自“商君书”，可见隋唐时《商君书》主要以“商君书”一名行世。五代刘昫《旧唐书》谓：“《商子》五卷，商鞅撰。”[15]将《商君书》又称为“商子”，五代以后，《商君书》则主要以“商子”一名行世。
宋时，欧阳修所编的《新唐书》谓：“《商君书》五卷。”注云：“商鞅，或作《商子》。”[16]《崇文总目》：“《商子》五卷。商鞅撰。”[17]《中兴馆阁书目辑考》：“《商子》五卷，战国时公孙鞅撰……今是书具存共二十六篇，本二十九篇，今三篇亡。”[18]《艺芸书舍本郡斋读书志》：“《商子》五卷，右秦公孙鞅撰。……鞅封于商，故以名其书，本二十九篇，今亡者三篇。”[19]《直斋书录解题》：“《商子》五卷，秦相卫公孙鞅撰，或称商君者，其封邑也。《汉志》二十九篇，今二十六篇，又亡其一。”[20]由上可知，宋时《商君书》主要被称为“商子”，且篇数已由《汉志》法家类的二十九篇减少到了二十六篇，《直斋书录解题》谓南宋时又佚一篇，故宋末时实仅存二十五篇而已。《遂初堂书目》：“《商子》。”[21]未标卷数作者，并将其归入杂家类，不知何据。另《黄氏日钞》：“《商子》者，公孙鞅之书也。始于《墾》章，督民耕战，其文烦碎不可以句，至今开卷于千载之下，犹为心目紊乱，况当时身披其祸者乎！”[22]今本《商君书》以《更法》为第一章，《墾令》为第二章，黄氏所称其始于《墾》章，不知其所据何本。除以上著作之外，《太平御览》《文苑英华》《册府元龟》《古今考》《事类备要》《玉海》等众多类书也多有对《商君书》进行征引。(www.xing528.com)
金元时期，元脱脱《宋史·艺文志》谓：“《商子》五卷。卫公孙鞅撰。”[23]马端临《文献通考》：“《商子》五卷。”[24]此外，元时《韵府群玉》等对《商君书》亦有较多的征引。
明时，《文渊阁书目》谓：“《商子》，一部一册，阙。”[25]《秘阁书目》：“《商子》一。”[26]《万卷堂书目》官制类：“《商子》一册。”[27]《晁氏宝文堂书目》：“《商子》。”[28]《脈望馆书目》：“《商子》一本，又四本。”[29]《世善堂藏书目录》：“《商子》五卷。”[30]《玄赏斋书目》：“《商子》。”[31]《澹生堂藏书目》：“《商子》一册，五卷。范氏丛书本，汉魏丛书本、廿子全书本。”[32]《徐氏家藏书目》：“《商子》五卷，鞅。”[33]《笠译堂书目》：“《商子》一册。”[34]《国史经籍志》：“《商君书》五卷，汉十九篇，今亡三篇。”[35]（笔者按，《汉志》法家类《商君》二十九篇，此处“十九”当为“二十九”，脱漏一个“二”字）纵观明人的著录情况，主要有以下几个特点：一，有些著作不录作者、卷数、篇数，只是列个书名而已；而有些虽列册数，但篇数、作者都无，且以一册本居多。二，在归类上出现了新的现象，《万卷堂书目》把《商君书》列入“官制”类，这在历史上还是首次。三，《澹生堂藏书目》出现了版本的记载，这在历史上也属首次。另外，《诸子辨》：“《商子》五卷，秦公孙鞅撰。……予家藏本二十六篇，其第二十一篇亡。”[36]《少室山房笔丛》：“二《商子》。一《商鞅》二十九篇；一《商子逸书》亦号‘商子’。”[37]此处所谓的《商子逸书》应是指《宋史·艺文志》中载的“商孝逸《商子新书》三卷”[38]一书，而不是在明代另外出现了一部关于商鞅学说的著作。此外《问奇类林》《山堂肆考》《丹铅总录》等对《商君书》亦有征引。
清时，《四库提要》云：“《商子》五卷。两江总督采进本。……陈振孙《书录解题》云《汉志》二十九篇，今二十八篇，已亡其一。晁公武《读书志》则云，本二十九篇，今亡者三篇。《读书志》成于绍兴二十一年，既云已阙三篇，《书录解题》成于宋末乃反较晁本多二篇。”[39]《皕宋楼藏书志》兵家类：“《商子》五卷，明天一阁刊本，秦商鞅撰；《商子》五卷，严可均手抄本，秦商鞅撰。”[40]著录了两个版本，并将其归之为兵家类。《善本书室藏书志》：“《商子》五卷，明刊本。秦商君公孙鞅著，明钱塘冯观晋叔点评。《汉志》称《商君》，《隋志》始称《商子》，皆载二十九篇。今篇目二十有六，与晁氏《读书志》合，而第二十六、二十一两篇已有目无书。元刊外有范钦本、秦四麟本，此为吾乡冯氏评本，前附《史记·商君传》及嘉靖已末小海道人冯观自序。天启丙寅，观之孙贽始序而刊行，觐有廉访使者木印，其评点皆尚笔气文法，而其间错误不能句读者，或圈以隔之，竖以斥之，与乾隆时西吴严万里枝本往往多合。”[41]《铁琴铜剑楼藏书目录》与之类似：“《商子》五卷，旧抄本。《汉志》称商君，《隋志》始称《商子》，皆载二十九篇。今篇目二十有六，与晁氏《读书志》合，而第二十六、二十一两篇已有目无书，此邑人冯知十所录，以宋本校过。卷首有彦渊冯知十《读书记》二。朱记。”[42]《抱经楼藏书志》：“《商子》五卷，明天一阁刊本，顾王霖旧藏，秦商鞅撰。”[43]《艺风藏书续记》：“《商子》一卷。”[44]《郑堂读书记补逸》：“《商子》五卷，范氏二十种奇书本。……是今本较陈氏时又亡其一篇。而中间阙字甚多，以口代之，是书首末二篇，俱称孝公问，公孙鞅答，使商君自著，安得在孝公后著书，及称其谥，此必其徒所追述，而附合者所亦不免。故其间之事，有《史记》所不载云。”[45]《玉函山房藏书簿录》：“《商子》五卷。……汉志二十九篇，宋佚其三，今有录无书者又二篇。”[46]由上可知，清人对《商君书》的作者、篇数和版本出处等情况考究较多，对文本的真伪、句读情况等也多有关注，各种信息的记录比较完整和详细。就其卷数而言，除“五卷”本外，还有“一卷”本，而篇数则在清时又亡一篇，故今仅余二十四篇，现行本《商君书》就是承清人二十四篇而来。
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