在诉前程序中，为了更好地履行监督职责，检察机关除了向行政机关调取证据外，还有必要自行调查收集证据。行政公益诉讼调整的是国家机关之间的关系，检察机关在诉前程序中向行政机关发出检察建议时应当有充分的证据证明其关于行政机关行政违法、公共利益因此遭受损害的结论成立，这也是行政机关需在两个月内予以答复的正当性所在。[24] 基于调查取证的结论情况，检察机关才能有效开展相关的公益诉讼。因而，有必要在法律层面予以明确，建议在《行政诉讼法》或者《中华人民共和国人民检察院组织法》中明确规定检察机关在公益诉讼中的调查取证权，并建立配套制度予以保障。
第一，建立健全检察院办案方式的一体化。也就是说，在检察机关内部建立相对统一的办案机制，从而能有效发挥相应的技术手段与优势，针对环境保护案件进行有效侦查。检察机关可以与拥有技术措施的相关部门合作，尤其是环保林业渔业等行政部门，通过灵活多变的方式进行交流与互助，例如案件咨询、联席会议等方式，从而建立完善的信息交流共享、情报及时传递、案件有效移送的制度模式。
第二，进一步保障检察机关的调查权。在公益诉讼中，收集相关证据是检察机关监督的前提，所以应该保障检察机关的调查取证权，并要求相关部门积极予以配合，否则便可以施加国家强制力，为检察机关的调查取证带来便利。(www.xing528.com)
第三，建立检察机关调查核实的救济机制。检察机关作为公益诉讼的主体，积极要求行政机关配合检察机关的调查工作，对于不配合的单位及个人，上报其上级部门，从而能够通过行政级别施压的方式，保障检察机关能够有效地调查核实相关情况。如果涉及违法或者犯罪，检察机关可以采取建议方式先行要求行政机关自觉改正，在建议无效时，依据法律规范，还可以要求上级检察机关的介入与支持，从而对行政机关形成监督合力，共同服务于公益诉讼。
第四，加强与中立单位的合作，有效开展评估。在行政公益诉讼过程中，所涉及的企业大部分具有较强的经济实力，因而对其调查监督，需要具备相应的财会与管理知识。此时，仅仅依靠作为法律监督机关的检察机关单独行动，时常心有余而力不足。那么，可以考虑将具有专门性的调查问题委托给相关鉴定或评估机构。因此，需要进一步完善鉴定评估制度，制定鉴定评估工作流程，建立鉴定评估单位的资源库、专家库，借助更专业的机构和单位以及相关专业领域专家的力量，强化调查取证能力。
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